Merge branch 'develop' of http://source.jalview.org/git/jalview into develop
[jalview.git] / test / jalview / renderer / OverviewRendererTest.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.renderer;
22
23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
24
25 import jalview.datamodel.Alignment;
26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
27 import jalview.datamodel.Sequence;
28 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
29 import jalview.datamodel.SequenceI;
30 import jalview.gui.AlignViewport;
31 import jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer;
32 import jalview.schemes.FeatureColour;
33 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
34 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
35 import jalview.viewmodel.OverviewDimensions;
36 import jalview.viewmodel.OverviewDimensionsShowHidden;
37 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
38
39 import java.awt.Color;
40
41 import org.testng.annotations.Test;
42 public class OverviewRendererTest
43 {
44
45   @Test
46   public void testGetColumnColourFromSequence()
47   {
48     OverviewResColourFinder cf = new OverviewResColourFinder(false,
49             Color.PINK, Color.green); // gapColour, hiddenColour
50     Sequence seq1 = new Sequence("seq1", "PQ-RL-");
51     Sequence seq2 = new Sequence("seq2", "FVE");
52     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
53     AlignmentViewport av = new AlignViewport(al);
54     OverviewDimensions od = new OverviewDimensionsShowHidden(new ViewportRanges(al), false);
55     ResidueShaderI rs = new ResidueShader(new ZappoColourScheme());
56     FeatureRenderer fr = new FeatureRenderer(av);
57     OverviewRenderer or = new OverviewRenderer(fr, od, al, rs, cf);
58
59     // P is magenta (see ResidueProperties.zappo)
60     assertEquals(or.getColumnColourFromSequence(null, seq1, 0), Color.magenta.getRGB());
61     // Q is green
62     assertEquals(or.getColumnColourFromSequence(null, seq1, 1),
63             Color.green.getRGB());
64     // gap is pink (specified in OverviewResColourFinder constructor above)
65     assertEquals(or.getColumnColourFromSequence(null, seq1, 2),
66             Color.pink.getRGB());
67     // F is orange
68     assertEquals(or.getColumnColourFromSequence(null, seq2, 0),
69             Color.orange.getRGB());
70     // E is red
71     assertEquals(or.getColumnColourFromSequence(null, seq2, 2),
72             Color.red.getRGB());
73     // past end of sequence colour as gap (JAL-2929)
74     assertEquals(or.getColumnColourFromSequence(null, seq2, 3),
75             Color.pink.getRGB());
76
77     /*
78      * now add a feature on seq1
79      */
80     seq1.addSequenceFeature(
81             new SequenceFeature("Pfam", "desc", 1, 4, null));
82     fr.findAllFeatures(true);
83     av.setShowSequenceFeatures(true);
84     fr.setColour("Pfam", new FeatureColour(Color.yellow));
85     assertEquals(or.getColumnColourFromSequence(null, seq1, 0),
86             Color.yellow.getRGB());
87
88     // don't show sequence features
89     av.setShowSequenceFeatures(false);
90     assertEquals(or.getColumnColourFromSequence(null, seq1, 0),
91             Color.magenta.getRGB());
92   }
93 }