test/jalview/renderer/ResidueColourFinderTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24
  25 import jalview.datamodel.Alignment;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.Sequence;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.gui.AlignViewport;
  30 import jalview.gui.JvOptionPane;
  31 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  32 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  33
  34 import java.awt.Color;
  35
  36 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  37 import org.testng.annotations.Test;
  38
  39 public class ResidueColourFinderTest
  40 {
  41
  42   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  43   public void setUpJvOptionPane()
  44   {
  45     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  46     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  47   }
  48
  49   @Test(groups = { "Functional" })
  50   public void testGetResidueColour_zappo()
  51   {
  52     SequenceI seq = new Sequence("name", "MATVLGSPRAPAFF"); // FER1_MAIZE...
  53     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq });
  54     final AlignViewport av = new AlignViewport(al);
  55     ResidueColourFinder rcf = new ResidueColourFinder();
  56     av.setGlobalColourScheme(new ZappoColourScheme());
  57
  58     // @see ResidueProperties.zappo
  59     assertEquals(Color.pink,
  60             rcf.getResidueColour(true, av.getResidueShading(), null, seq, 0,
  61                     null)); // M
  62     assertEquals(Color.green,
  63             rcf.getResidueColour(true, av.getResidueShading(), null, seq, 2,
  64                     null)); // T
  65     assertEquals(Color.magenta,
  66             rcf.getResidueColour(true, av.getResidueShading(), null, seq, 5,
  67                     null)); // G
  68     assertEquals(Color.orange,
  69             rcf.getResidueColour(true, av.getResidueShading(), null, seq,
  70                     12,
  71                     null)); // F
  72
  73     // everything is white if showBoxes is false
  74     assertEquals(Color.white, rcf.getResidueColour(false,
  75             av.getResidueShading(), null, seq, 0, null)); // M
  76     assertEquals(Color.white, rcf.getResidueColour(false,
  77             av.getResidueShading(), null, seq, 2, null)); // T
  78     assertEquals(Color.white, rcf.getResidueColour(false,
  79             av.getResidueShading(), null, seq, 5, null)); // G
  80     assertEquals(Color.white, rcf.getResidueColour(false,
  81             av.getResidueShading(), null, seq, 12, null)); // F
  82   }
  83
  84   @Test(groups = { "Functional" })
  85   public void testGetResidueColour_none()
  86   {
  87     SequenceI seq = new Sequence("name", "MA--TVLGSPRAPAFF");
  88     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq });
  89     final AlignViewport av = new AlignViewport(al);
  90     ResidueColourFinder rcf = new ResidueColourFinder();
  91
  92     assertEquals(Color.white,
  93             rcf.getResidueColour(true, av.getResidueShading(),
  94             null, seq, 0, null));
  95     assertEquals(Color.white,
  96             rcf.getResidueColour(true, av.getResidueShading(),
  97             null, seq, 2, null));
  98
  99     // no change if showBoxes is false
 100     assertEquals(Color.white, rcf.getResidueColour(false,
 101             av.getResidueShading(), null, seq, 0, null));
 102     assertEquals(Color.white, rcf.getResidueColour(false,
 103             av.getResidueShading(), null, seq, 2, null));
 104   }
 105
 106   @Test(groups = { "Functional" })
 107   public void testGetResidueColour_userdef()
 108   {
 109     SequenceI seq = new Sequence("name", "MAT--GSPRAPAFF"); // FER1_MAIZE... + a
 110                                                             // gap
 111     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq });
 112     final AlignViewport av = new AlignViewport(al);
 113     ResidueColourFinder rcf = new ResidueColourFinder();
 114
 115     Color[] newColours = new Color[24];
 116     for (int i = 0; i < 24; i++)
 117     {
 118       newColours[i] = null;
 119     }
 120
 121     av.setGlobalColourScheme(new UserColourScheme(newColours));
 122
 123     // gap colour not specified so gap colour is null
 124     // this is consistent with previous behaviour, but may not be correct?
 125     assertEquals(null, rcf.getResidueColour(true, av.getResidueShading(),
 126             null, seq, 3, null));
 127
 128     newColours[23] = Color.pink;
 129     av.setGlobalColourScheme(new UserColourScheme(newColours));
 130
 131     // gap colour specified as pink
 132     assertEquals(Color.pink, rcf.getResidueColour(true,
 133             av.getResidueShading(),
 134             null, seq, 3, null));
 135
 136     // everything is white if showBoxes is false
 137     newColours[23] = null;
 138     assertEquals(Color.white, rcf.getResidueColour(false,
 139             av.getResidueShading(),
 140             null, seq, 3, null));
 141
 142     newColours[23] = Color.pink;
 143     av.setGlobalColourScheme(new UserColourScheme(newColours));
 144
 145     // gap colour specified as pink
 146     assertEquals(Color.white, rcf.getResidueColour(false,
 147             av.getResidueShading(), null, seq, 3, null));
 148   }
 149
 150   // TODO more tests for getResidueColour covering groups, feature rendering...
 151 }