JAL-1988 JAL-3130 New jlinked JRE in jalview_java2 with modules. Still needs jaxws...
[jalview.git] / test / jalview / renderer / ResidueColourFinderTest.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
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6  * 
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14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.renderer;
22
23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
24
25 import jalview.datamodel.Alignment;
26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
27 import jalview.datamodel.Sequence;
28 import jalview.datamodel.SequenceI;
29 import jalview.gui.AlignViewport;
30 import jalview.gui.JvOptionPane;
31 import jalview.schemes.UserColourScheme;
32 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
33
34 import java.awt.Color;
35
36 import org.testng.annotations.BeforeClass;
37 import org.testng.annotations.Test;
38
39 public class ResidueColourFinderTest
40 {
41
42   @BeforeClass(alwaysRun = true)
43   public void setUpJvOptionPane()
44   {
45     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
46     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
47   }
48
49   @Test(groups = { "Functional" })
50   public void testGetResidueColour_zappo()
51   {
52     SequenceI seq = new Sequence("name", "MATVLGSPRAPAFF"); // FER1_MAIZE...
53     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq });
54     final AlignViewport av = new AlignViewport(al);
55     ResidueColourFinder rcf = new ResidueColourFinder();
56     av.setGlobalColourScheme(new ZappoColourScheme());
57
58     // @see ResidueProperties.zappo
59     assertEquals(Color.pink,
60             rcf.getResidueColour(true, av.getResidueShading(), null, seq, 0,
61                     null)); // M
62     assertEquals(Color.green,
63             rcf.getResidueColour(true, av.getResidueShading(), null, seq, 2,
64                     null)); // T
65     assertEquals(Color.magenta,
66             rcf.getResidueColour(true, av.getResidueShading(), null, seq, 5,
67                     null)); // G
68     assertEquals(Color.orange,
69             rcf.getResidueColour(true, av.getResidueShading(), null, seq,
70                     12,
71                     null)); // F
72
73     // everything is white if showBoxes is false
74     assertEquals(Color.white, rcf.getResidueColour(false,
75             av.getResidueShading(), null, seq, 0, null)); // M
76     assertEquals(Color.white, rcf.getResidueColour(false,
77             av.getResidueShading(), null, seq, 2, null)); // T
78     assertEquals(Color.white, rcf.getResidueColour(false,
79             av.getResidueShading(), null, seq, 5, null)); // G
80     assertEquals(Color.white, rcf.getResidueColour(false,
81             av.getResidueShading(), null, seq, 12, null)); // F
82   }
83
84   @Test(groups = { "Functional" })
85   public void testGetResidueColour_none()
86   {
87     SequenceI seq = new Sequence("name", "MA--TVLGSPRAPAFF");
88     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq });
89     final AlignViewport av = new AlignViewport(al);
90     ResidueColourFinder rcf = new ResidueColourFinder();
91
92     assertEquals(Color.white,
93             rcf.getResidueColour(true, av.getResidueShading(),
94             null, seq, 0, null));
95     assertEquals(Color.white,
96             rcf.getResidueColour(true, av.getResidueShading(),
97             null, seq, 2, null));
98
99     // no change if showBoxes is false
100     assertEquals(Color.white, rcf.getResidueColour(false,
101             av.getResidueShading(), null, seq, 0, null));
102     assertEquals(Color.white, rcf.getResidueColour(false,
103             av.getResidueShading(), null, seq, 2, null));
104   }
105
106   @Test(groups = { "Functional" })
107   public void testGetResidueColour_userdef()
108   {
109     SequenceI seq = new Sequence("name", "MAT--GSPRAPAFF"); // FER1_MAIZE... + a
110                                                             // gap
111     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq });
112     final AlignViewport av = new AlignViewport(al);
113     ResidueColourFinder rcf = new ResidueColourFinder();
114
115     Color[] newColours = new Color[24];
116     for (int i = 0; i < 24; i++)
117     {
118       newColours[i] = null;
119     }
120
121     av.setGlobalColourScheme(new UserColourScheme(newColours));
122
123     // gap colour not specified so gap colour is null
124     // this is consistent with previous behaviour, but may not be correct?
125     assertEquals(null, rcf.getResidueColour(true, av.getResidueShading(),
126             null, seq, 3, null));
127
128     newColours[23] = Color.pink;
129     av.setGlobalColourScheme(new UserColourScheme(newColours));
130
131     // gap colour specified as pink
132     assertEquals(Color.pink, rcf.getResidueColour(true,
133             av.getResidueShading(),
134             null, seq, 3, null));
135
136     // everything is white if showBoxes is false
137     newColours[23] = null;
138     assertEquals(Color.white, rcf.getResidueColour(false,
139             av.getResidueShading(),
140             null, seq, 3, null));
141
142     newColours[23] = Color.pink;
143     av.setGlobalColourScheme(new UserColourScheme(newColours));
144
145     // gap colour specified as pink
146     assertEquals(Color.white, rcf.getResidueColour(false,
147             av.getResidueShading(), null, seq, 3, null));
148   }
149
150   // TODO more tests for getResidueColour covering groups, feature rendering...
151 }