create method to test HMM model as string
[jalview.git] / test / jalview / renderer / ResidueShaderTest.java
1 package jalview.renderer;
2
3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
4 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
5 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
6
7 import jalview.analysis.Conservation;
8 import jalview.datamodel.Profile;
9 import jalview.datamodel.ProfileI;
10 import jalview.datamodel.Profiles;
11 import jalview.datamodel.Sequence;
12 import jalview.datamodel.SequenceI;
13 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
14
15 import java.awt.Color;
16 import java.util.Collections;
17
18 import org.testng.annotations.Test;
19
20 public class ResidueShaderTest
21 {
22
23   @Test(groups = "Functional")
24   public void testAboveThreshold()
25   {
26     /*
27      * make up profiles for this alignment:
28      * AR-Q
29      * AR--
30      * SR-T
31      * SR-T
32      */
33     ProfileI[] profiles = new ProfileI[4];
34     profiles[0] = new Profile(4, 0, 2, "AS");
35     profiles[1] = new Profile(4, 0, 4, "R");
36     profiles[2] = new Profile(4, 4, 0, "");
37     profiles[3] = new Profile(4, 1, 2, "T");
38     ResidueShader ccs = new ResidueShader(new PIDColourScheme());
39     ccs.setConsensus(new Profiles(profiles));
40
41     /*
42      * no threshold
43      */
44     ccs.setThreshold(0, true);
45     assertTrue(ccs.aboveThreshold('a', 0));
46     assertTrue(ccs.aboveThreshold('S', 0));
47     assertTrue(ccs.aboveThreshold('W', 0));
48     assertTrue(ccs.aboveThreshold('R', 1));
49     assertTrue(ccs.aboveThreshold('W', 2));
50     assertTrue(ccs.aboveThreshold('t', 3));
51     assertTrue(ccs.aboveThreshold('Q', 3));
52
53     /*
54      * with threshold, include gaps
55      */
56     ccs.setThreshold(60, false);
57     assertFalse(ccs.aboveThreshold('a', 0));
58     assertFalse(ccs.aboveThreshold('S', 0));
59     assertTrue(ccs.aboveThreshold('R', 1));
60     assertFalse(ccs.aboveThreshold('W', 2));
61     assertFalse(ccs.aboveThreshold('t', 3)); // 50% < 60%
62
63     /*
64      * with threshold, ignore gaps
65      */
66     ccs.setThreshold(60, true);
67     assertFalse(ccs.aboveThreshold('a', 0));
68     assertFalse(ccs.aboveThreshold('S', 0));
69     assertTrue(ccs.aboveThreshold('R', 1));
70     assertFalse(ccs.aboveThreshold('W', 2));
71     assertTrue(ccs.aboveThreshold('t', 3)); // 67% > 60%
72   }
73
74   /**
75    * Test colour bleaching based on conservation score and conservation slider.
76    * Scores of 10 or 11 should leave colours unchanged. Gap is always white.
77    */
78   @Test(groups = "Functional")
79   public void testApplyConservation()
80   {
81     ResidueShader ccs = new ResidueShader(new PIDColourScheme());
82
83     // no conservation present - no fading
84     assertEquals(Color.RED, ccs.applyConservation(Color.RED, 12));
85
86     /*
87      * stub Conservation to return a given consensus string
88      */
89     final String consSequence = "0123456789+*-";
90     Conservation cons = new Conservation(null,
91             Collections.<SequenceI> emptyList(), 0, 0)
92     {
93       @Override
94       public SequenceI getConsSequence()
95       {
96         return new Sequence("seq", consSequence);
97       }
98     };
99     ccs.setConservation(cons);
100
101     // column out of range:
102     assertEquals(Color.RED,
103             ccs.applyConservation(Color.RED, consSequence.length()));
104
105     /*
106      * with 100% threshold, 'fade factor' is 
107      * (11-score)/10 * 100/20 = (11-score)/2
108      * which is >= 1 for all scores i.e. all fade to white except +, *
109      */
110     ccs.setConservationInc(100);
111     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(Color.RED, 0));
112     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(Color.RED, 1));
113     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(Color.RED, 2));
114     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(Color.RED, 3));
115     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(Color.RED, 4));
116     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(Color.RED, 5));
117     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(Color.RED, 6));
118     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(Color.RED, 7));
119     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(Color.RED, 8));
120     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(Color.RED, 9));
121     assertEquals(Color.RED, ccs.applyConservation(Color.RED, 10));
122     assertEquals(Color.RED, ccs.applyConservation(Color.RED, 11));
123     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(Color.RED, 12));
124
125     /*
126      * with 0% threshold, there should be no fading
127      */
128     ccs.setConservationInc(0);
129     assertEquals(Color.RED, ccs.applyConservation(Color.RED, 0));
130     assertEquals(Color.RED, ccs.applyConservation(Color.RED, 1));
131     assertEquals(Color.RED, ccs.applyConservation(Color.RED, 2));
132     assertEquals(Color.RED, ccs.applyConservation(Color.RED, 3));
133     assertEquals(Color.RED, ccs.applyConservation(Color.RED, 4));
134     assertEquals(Color.RED, ccs.applyConservation(Color.RED, 5));
135     assertEquals(Color.RED, ccs.applyConservation(Color.RED, 6));
136     assertEquals(Color.RED, ccs.applyConservation(Color.RED, 7));
137     assertEquals(Color.RED, ccs.applyConservation(Color.RED, 8));
138     assertEquals(Color.RED, ccs.applyConservation(Color.RED, 9));
139     assertEquals(Color.RED, ccs.applyConservation(Color.RED, 10));
140     assertEquals(Color.RED, ccs.applyConservation(Color.RED, 11));
141     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(Color.RED, 12)); // gap
142
143     /*
144      * with 40% threshold, 'fade factor' is 
145      * (11-score)/10 * 40/20 = (11-score)/5
146      * which is {>1, >1, >1, >1, >1, >1, 1, 0.8, 0.6, 0.4} for score 0-9
147      * e.g. score 7 colour fades 80% of the way to white (255, 255, 255)
148      */
149     ccs.setConservationInc(40);
150     Color colour = new Color(155, 105, 55);
151     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(colour, 0));
152     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(colour, 1));
153     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(colour, 2));
154     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(colour, 3));
155     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(colour, 4));
156     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(colour, 5));
157     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(colour, 6));
158     assertEquals(new Color(235, 225, 215), ccs.applyConservation(colour, 7));
159     assertEquals(new Color(215, 195, 175), ccs.applyConservation(colour, 8));
160     assertEquals(new Color(195, 165, 135), ccs.applyConservation(colour, 9));
161     assertEquals(colour, ccs.applyConservation(colour, 10));
162     assertEquals(colour, ccs.applyConservation(colour, 11));
163     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(colour, 12));
164   }
165
166 }