test/jalview/schemes/AnnotationColourGradientTest.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4
   5 import jalview.datamodel.Alignment;
   6 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   7 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   8 import jalview.datamodel.Annotation;
   9 import jalview.datamodel.GraphLine;
  10 import jalview.datamodel.Sequence;
  11 import jalview.datamodel.SequenceI;
  12
  13 import java.awt.Color;
  14
  15 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  16 import org.testng.annotations.Test;
  17
  18 public class AnnotationColourGradientTest
  19 {
  20   final static int WIDTH = 11;
  21
  22   final static int THRESHOLD_FIVE = 5;
  23
  24   private AlignmentAnnotation ann;
  25
  26   private SequenceI seq;
  27
  28   private AlignmentI al;
  29
  30   Color minColour = new Color(50, 200, 150);
  31
  32   Color maxColour = new Color(150, 100, 250);
  33
  34   /**
  35    * Setup creates an annotation over 11 columns with values 0-10 and threshold
  36    * 5
  37    */
  38   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  39   public void setUp()
  40   {
  41     Annotation[] anns = new Annotation[WIDTH];
  42     /*
  43      * set annotations with values 0-10, graded colours
  44      */
  45     for (int col = 0; col < WIDTH; col++)
  46     {
  47       int hue = col * 20;
  48       Color colour = new Color(hue, hue, hue);
  49       anns[col] = new Annotation("a", "a", 'a', col, colour);
  50     }
  51
  52     seq = new Sequence("", "");
  53     al = new Alignment(new SequenceI[]{ seq});
  54
  55     /*
  56      * AlignmentAnnotation constructor works out min-max range
  57      */
  58     ann = new AlignmentAnnotation("", "", anns);
  59     ann.setThreshold(new GraphLine(THRESHOLD_FIVE, "", Color.RED));
  60     seq.addAlignmentAnnotation(ann);
  61   }
  62
  63   @Test(groups = "Functional")
  64   public void testShadeCalculation_noThreshold()
  65   {
  66     AnnotationColourGradient testee = new AnnotationColourGradient(ann,
  67             minColour, maxColour, AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD);
  68     for (int col = 0; col < WIDTH; col++)
  69     {
  70       Color result = testee.shadeCalculation(ann, col);
  71       /*
  72        * column <n> is n/10 of the way from minCol to maxCol
  73        */
  74       Color expected = new Color(50 + 10 * col, 200 - 10 * col,
  75               150 + 10 * col);
  76       assertEquals(result, expected, "for column " + col);
  77     }
  78   }
  79
  80   /**
  81    * Test the 'colour above threshold' case
  82    */
  83   @Test(groups = "Functional")
  84   public void testShadeCalculation_aboveThreshold()
  85   {
  86     AnnotationColourGradient testee = new AnnotationColourGradient(ann,
  87             minColour, maxColour, AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD);
  88     for (int col = 0; col < WIDTH; col++)
  89     {
  90       Color result = testee.shadeCalculation(ann, col);
  91       /*
  92        * colour is derived regardless of the threshold value
  93        * (the renderer will suppress colouring if above/below threshold)
  94        */
  95       Color expected = new Color(50 + 10 * col, 200 - 10 * col,
  96               150 + 10 * col);
  97       assertEquals(result, expected, "for column " + col);
  98     }
  99
 100     /*
 101      * now make 6-10 the span of the colour range
 102      * (annotation value == column number in this test)
 103      */
 104     testee.setThresholdIsMinMax(true);
 105     for (int col = 0; col < THRESHOLD_FIVE; col++)
 106     {
 107       /*
 108        * colours below the threshold are computed as before
 109        */
 110       Color expected = new Color(50 + 10 * col, 200 - 10 * col,
 111               150 + 10 * col);
 112       Color result = testee.shadeCalculation(ann, col);
 113       assertEquals(result, expected, "for column " + col);
 114     }
 115     for (int col = THRESHOLD_FIVE; col < WIDTH; col++)
 116     {
 117       /*
 118        * colours for values >= threshold are graduated
 119        * range is 6-10 so steps of 100/5 = 20
 120        */
 121       int factor = col - THRESHOLD_FIVE;
 122       Color expected = new Color(50 + 20 * factor, 200 - 20 * factor,
 123               150 + 20 * factor);
 124       Color result = testee.shadeCalculation(ann, col);
 125       assertEquals(result, expected, "for column " + col);
 126     }
 127   }
 128
 129   /**
 130    * Test the 'colour below threshold' case
 131    */
 132   @Test(groups = "Functional")
 133   public void testShadeCalculation_belowThreshold()
 134   {
 135     AnnotationColourGradient testee = new AnnotationColourGradient(ann,
 136             minColour, maxColour, AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD);
 137
 138     for (int col = 0; col < WIDTH; col++)
 139     {
 140       Color result = testee.shadeCalculation(ann, col);
 141       /*
 142        * colour is derived regardless of the threshold value
 143        * (the renderer will suppress colouring if above/below threshold)
 144        */
 145       Color expected = new Color(50 + 10 * col, 200 - 10 * col,
 146               150 + 10 * col);
 147       assertEquals(result, expected, "for column " + col);
 148     }
 149
 150     /*
 151      * now make 0-5 the span of the colour range
 152      * (annotation value == column number in this test)
 153      */
 154     testee.setThresholdIsMinMax(true);
 155     for (int col = THRESHOLD_FIVE + 1; col < WIDTH; col++)
 156     {
 157       /*
 158        * colours above the threshold are computed as before
 159        */
 160       Color expected = new Color(50 + 10 * col, 200 - 10 * col,
 161               150 + 10 * col);
 162       Color result = testee.shadeCalculation(ann, col);
 163       assertEquals(result, expected, "for column " + col);
 164     }
 165
 166     for (int col = 0; col <= THRESHOLD_FIVE; col++)
 167     {
 168       /*
 169        * colours for values <= threshold are graduated
 170        * range is 0-5 so steps of 100/5 = 20
 171        */
 172       Color expected = new Color(50 + 20 * col, 200 - 20 * col,
 173               150 + 20 * col);
 174       Color result = testee.shadeCalculation(ann, col);
 175       assertEquals(result, expected, "for column " + col);
 176     }
 177   }
 178
 179   /**
 180    * Test the 'colour above threshold' case
 181    */
 182   @Test(groups = "Functional")
 183   public void testFindColour_aboveThreshold()
 184   {
 185     AnnotationColourGradient testee = new AnnotationColourGradient(ann,
 186             minColour, maxColour, AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD);
 187     testee = (AnnotationColourGradient) testee.getInstance(al, null);
 188
 189     for (int col = 0; col < WIDTH; col++)
 190     {
 191       Color result = testee.findColour('a', col, seq);
 192       /*
 193        * expect white below threshold of 5
 194        */
 195       Color expected = col < 5 ? Color.white : new Color(50 + 10 * col,
 196               200 - 10 * col,
 197               150 + 10 * col);
 198       assertEquals(result, expected, "for column " + col);
 199     }
 200
 201     /*
 202      * now make 6-10 the span of the colour range
 203      * (annotation value == column number in this test)
 204      */
 205     testee.setThresholdIsMinMax(true);
 206     for (int col = 0; col < WIDTH; col++)
 207     {
 208       /*
 209        * colours for values >= threshold are graduated
 210        * range is 6-10 so steps of 100/5 = 20
 211        */
 212       int factor = col - THRESHOLD_FIVE;
 213       Color expected = col < 5 ? Color.white : new Color(50 + 20 * factor,
 214               200 - 20 * factor,
 215               150 + 20 * factor);
 216       Color result = testee.findColour('a', col, seq);
 217       assertEquals(result, expected, "for column " + col);
 218     }
 219   }
 220
 221   /**
 222    * Test the 'colour below threshold' case
 223    */
 224   @Test(groups = "Functional")
 225   public void testFindColour_belowThreshold()
 226   {
 227     AnnotationColourGradient testee = new AnnotationColourGradient(ann,
 228             minColour, maxColour, AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD);
 229     testee = (AnnotationColourGradient) testee.getInstance(al, null);
 230
 231     for (int col = 0; col < WIDTH; col++)
 232     {
 233       Color result = testee.findColour('a', col, seq);
 234       Color expected = col > 5 ? Color.white : new Color(50 + 10 * col,
 235               200 - 10 * col, 150 + 10 * col);
 236       assertEquals(result, expected, "for column " + col);
 237     }
 238
 239     /*
 240      * now make 0-5 the span of the colour range
 241      * (annotation value == column number in this test)
 242      */
 243     testee.setThresholdIsMinMax(true);
 244     for (int col = 0; col < WIDTH; col++)
 245     {
 246       /*
 247        * colours for values <= threshold are graduated
 248        * range is 0-5 so steps of 100/5 = 20
 249        */
 250       Color expected = col > 5 ? Color.white : new Color(50 + 20 * col,
 251               200 - 20 * col, 150 + 20 * col);
 252       Color result = testee.findColour('a', col, seq);
 253       assertEquals(result, expected, "for column " + col);
 254     }
 255   }
 256
 257   @Test(groups = "Functional")
 258   public void testFindColour_noThreshold()
 259   {
 260     AnnotationColourGradient testee = new AnnotationColourGradient(ann,
 261             minColour, maxColour, AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD);
 262     testee = (AnnotationColourGradient) testee.getInstance(al, null);
 263
 264     for (int col = 0; col < WIDTH; col++)
 265     {
 266       Color result = testee.findColour('a', col, seq);
 267       /*
 268        * column <n> is n/10 of the way from minCol to maxCol
 269        */
 270       Color expected = new Color(50 + 10 * col, 200 - 10 * col,
 271               150 + 10 * col);
 272       assertEquals(result, expected, "for column " + col);
 273     }
 274   }
 275
 276   @Test(groups = "Functional")
 277   public void testFindColour_originalColours()
 278   {
 279     AnnotationColourGradient testee = new AnnotationColourGradient(ann,
 280             minColour, maxColour, AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD);
 281     testee = (AnnotationColourGradient) testee.getInstance(al, null);
 282
 283     /*
 284      * flag corresponding to 'use original colours' checkbox
 285      * - just use the individual annotation colours
 286      */
 287     testee.setPredefinedColours(true);
 288
 289     /*
 290      * the annotation colour is returned, except for column 0 where it is
 291      * black - in this case the colour scheme colour overrides it
 292      */
 293     for (int col = 0; col < WIDTH; col++)
 294     {
 295       int hue = col * 20;
 296       Color c = col == 0 ? minColour : new Color(hue, hue, hue);
 297       assertEquals(testee.findColour('a', col, seq), c, "for column " + col);
 298     }
 299   }
 300 }