test/jalview/schemes/Blosum62ColourSchemeTest.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4
   5 import java.awt.Color;
   6
   7 import org.testng.annotations.Test;
   8
   9 public class Blosum62ColourSchemeTest
  10 {
  11   /**
  12    * Test the method that determines colour as:
  13    * <ul>
  14    * <li>white if there is no consensus</li>
  15    * <li>white if 'residue' is a gap</li>
  16    * <li>dark blue if residue matches consensus (or joint consensus)</li>
  17    * <li>else, total the residue's Blosum score with the consensus residue(s)</li>
  18    * <ul>
  19    * <li>if positive, light blue, else white</li>
  20    * </ul>
  21    * <ul>
  22    */
  23   @Test(groups = "Functional")
  24   public void testFindColour()
  25   {
  26     ColourSchemeI blosum = new Blosum62ColourScheme();
  27     Color lightBlue = new Color(204, 204, 255);
  28     Color darkBlue = new Color(154, 154, 255);
  29
  30     /*
  31      * findColour does not use column, sequence or pid score
  32      * we assume consensus residue is computed as upper case
  33      */
  34     assertEquals(blosum.findColour('A', 0, null, "A", 0f), darkBlue);
  35     assertEquals(blosum.findColour('a', 0, null, "A", 0f), darkBlue);
  36
  37     /*
  38      * L has a Blosum score of
  39      * -1 with A
  40      * -4 with B
  41      * 0 with F
  42      * 2 with I
  43      * -1 with T
  44      * 1 with V
  45      * etc
  46      */
  47     assertEquals(blosum.findColour('L', 0, null, "A", 0f), Color.white); // -1
  48     assertEquals(blosum.findColour('L', 0, null, "B", 0f), Color.white); // -4
  49     assertEquals(blosum.findColour('L', 0, null, "F", 0f), Color.white); // 0
  50     assertEquals(blosum.findColour('L', 0, null, "I", 0f), lightBlue); // 2
  51     assertEquals(blosum.findColour('L', 0, null, "TV", 0f), Color.white); // 0
  52     assertEquals(blosum.findColour('L', 0, null, "IV", 0f), lightBlue); // 3
  53     assertEquals(blosum.findColour('L', 0, null, "IT", 0f), lightBlue); // 1
  54     assertEquals(blosum.findColour('L', 0, null, "IAT", 0f), Color.white); // 0
  55   }
  56 }