create method to test HMM model as string
[jalview.git] / test / jalview / schemes / Blosum62ColourSchemeTest.java
1 package jalview.schemes;
2
3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
4
5 import java.awt.Color;
6
7 import org.testng.annotations.Test;
8
9 public class Blosum62ColourSchemeTest
10 {
11   /**
12    * Test the method that determines colour as:
13    * <ul>
14    * <li>white if there is no consensus</li>
15    * <li>white if 'residue' is a gap</li>
16    * <li>dark blue if residue matches consensus (or joint consensus)</li>
17    * <li>else, total the residue's Blosum score with the consensus residue(s)</li>
18    * <ul>
19    * <li>if positive, light blue, else white</li>
20    * </ul>
21    * <ul>
22    */
23   @Test
24   public void testFindColour()
25   {
26     ColourSchemeI blosum = new Blosum62ColourScheme();
27     Color lightBlue = new Color(204, 204, 255);
28     Color darkBlue = new Color(154, 154, 255);
29
30     /*
31      * findColour does not use column, sequence or pid score
32      * we assume consensus residue is computed as upper case
33      */
34     assertEquals(blosum.findColour('A', 0, null, "A", 0f), darkBlue);
35     assertEquals(blosum.findColour('a', 0, null, "A", 0f), darkBlue);
36
37     /*
38      * L has a Blosum score of 
39      * -1 with A
40      * -4 with B
41      * 0 with F
42      * 2 with I
43      * -1 with T
44      * 1 with V
45      * etc
46      */
47     assertEquals(blosum.findColour('L', 0, null, "A", 0f), Color.white); // -1
48     assertEquals(blosum.findColour('L', 0, null, "B", 0f), Color.white); // -4
49     assertEquals(blosum.findColour('L', 0, null, "F", 0f), Color.white); // 0
50     assertEquals(blosum.findColour('L', 0, null, "I", 0f), lightBlue); // 2
51     assertEquals(blosum.findColour('L', 0, null, "TV", 0f), Color.white); // 0
52     assertEquals(blosum.findColour('L', 0, null, "IV", 0f), lightBlue); // 3
53     assertEquals(blosum.findColour('L', 0, null, "IT", 0f), lightBlue); // 1
54     assertEquals(blosum.findColour('L', 0, null, "IAT", 0f), Color.white); // 0
55   }
56 }