test/jalview/schemes/ColourSchemePropertyTest.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertNull;
   5 import static org.testng.Assert.assertTrue;
   6
   7 import jalview.datamodel.Alignment;
   8 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   9 import jalview.datamodel.Sequence;
  10 import jalview.datamodel.SequenceI;
  11
  12 import java.awt.Color;
  13
  14 import org.testng.annotations.Test;
  15
  16 public class ColourSchemePropertyTest
  17 {
  18   @Test(groups = "Functional")
  19   public void testGetColourName()
  20   {
  21     SequenceI seq = new Sequence("Seq1", "abcd");
  22     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq });
  23     ColourSchemeI cs = new ClustalxColourScheme(al, null);
  24     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Clustal");
  25     cs = new Blosum62ColourScheme();
  26     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Blosum62");
  27     cs = new PIDColourScheme();
  28     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "% Identity");
  29     cs = new HydrophobicColourScheme();
  30     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Hydrophobic");
  31     cs = new ZappoColourScheme();
  32     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Zappo");
  33     cs = new TaylorColourScheme();
  34     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Taylor");
  35     cs = new HelixColourScheme();
  36     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs),
  37             "Helix Propensity");
  38     cs = new StrandColourScheme();
  39     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs),
  40             "Strand Propensity");
  41     cs = new TurnColourScheme();
  42     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Turn Propensity");
  43     cs = new BuriedColourScheme();
  44     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Buried Index");
  45     cs = new NucleotideColourScheme();
  46     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Nucleotide");
  47     cs = new PurinePyrimidineColourScheme();
  48     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs),
  49             "Purine/Pyrimidine");
  50     cs = new TCoffeeColourScheme(al);
  51     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "T-Coffee Scores");
  52     cs = new RNAHelicesColour(al);
  53     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "RNA Helices");
  54     cs = new RNAInteractionColourScheme();
  55     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs),
  56             "RNA Interaction type");
  57     cs = new UserColourScheme();
  58     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "User Defined");
  59
  60     /*
  61      * UserColourScheme may have a bespoke name
  62      */
  63     ((UserColourScheme) cs).setName("stripy");
  64     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "stripy");
  65     ((UserColourScheme) cs).setName("");
  66     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "User Defined");
  67     ((UserColourScheme) cs).setName(null);
  68     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "User Defined");
  69
  70     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(null), "None");
  71   }
  72
  73   @Test(groups = "Functional")
  74   public void testGetColourScheme()
  75   {
  76     SequenceI seq = new Sequence("Seq1", "abcd");
  77     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq });
  78     // the strings here correspond to JalviewColourScheme.toString() values
  79     ColourSchemeI cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, "Clustal");
  80     assertTrue(cs instanceof ClustalxColourScheme);
  81     // not case-sensitive
  82     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, "CLUSTAL");
  83     assertTrue(cs instanceof ClustalxColourScheme);
  84     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, "clustal");
  85     assertTrue(cs instanceof ClustalxColourScheme);
  86     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, "Blosum62");
  87     assertTrue(cs instanceof Blosum62ColourScheme);
  88     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, "% Identity");
  89     assertTrue(cs instanceof PIDColourScheme);
  90     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, "Zappo");
  91     assertTrue(cs instanceof ZappoColourScheme);
  92     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, "Taylor");
  93     assertTrue(cs instanceof TaylorColourScheme);
  94     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, "Hydrophobic");
  95     assertTrue(cs instanceof HydrophobicColourScheme);
  96     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, "Helix Propensity");
  97     assertTrue(cs instanceof HelixColourScheme);
  98     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, "Strand Propensity");
  99     assertTrue(cs instanceof StrandColourScheme);
 100     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, "Turn Propensity");
 101     assertTrue(cs instanceof TurnColourScheme);
 102     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, "Buried Index");
 103     assertTrue(cs instanceof BuriedColourScheme);
 104     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, "Nucleotide");
 105     assertTrue(cs instanceof NucleotideColourScheme);
 106     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, "Purine/Pyrimidine");
 107     assertTrue(cs instanceof PurinePyrimidineColourScheme);
 108     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, "T-Coffee Scores");
 109     assertTrue(cs instanceof TCoffeeColourScheme);
 110     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, "RNA Helices");
 111     assertTrue(cs instanceof RNAHelicesColour);
 112     // 'None' is a special value
 113     assertNull(ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, "None"));
 114     assertNull(ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, "none"));
 115     // default is to convert the name into a fixed colour
 116     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, "elephants");
 117     assertTrue(cs instanceof UserColourScheme);
 118
 119     /*
 120      * explicit aa colours
 121      */
 122     UserColourScheme ucs = (UserColourScheme) ColourSchemeProperty
 123             .getColourScheme(al,
 124             "R,G=red;C=blue;c=green;Q=10,20,30;S,T=11ffdd");
 125     assertEquals(ucs.findColour('H'), Color.white);
 126     assertEquals(ucs.findColour('R'), Color.red);
 127     assertEquals(ucs.findColour('r'), Color.red);
 128     assertEquals(ucs.findColour('G'), Color.red);
 129     assertEquals(ucs.findColour('C'), Color.blue);
 130     assertEquals(ucs.findColour('c'), Color.green);
 131     assertEquals(ucs.findColour('Q'), new Color(10, 20, 30));
 132     assertEquals(ucs.findColour('S'), new Color(0x11ffdd));
 133     assertEquals(ucs.findColour('T'), new Color(0x11ffdd));
 134   }
 135 }