test/jalview/schemes/ColourSchemePropertyTest.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertNull;
   5 import static org.testng.Assert.assertTrue;
   6
   7 import jalview.datamodel.Alignment;
   8 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   9 import jalview.datamodel.Sequence;
  10 import jalview.datamodel.SequenceI;
  11
  12 import org.testng.annotations.Test;
  13
  14 public class ColourSchemePropertyTest
  15 {
  16   @Test
  17   public void testGetColourName()
  18   {
  19     SequenceI seq = new Sequence("Seq1", "abcd");
  20     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq });
  21     ColourSchemeI cs = new ClustalxColourScheme(al, null);
  22     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Clustal");
  23     cs = new Blosum62ColourScheme();
  24     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Blosum62");
  25     cs = new PIDColourScheme();
  26     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "% Identity");
  27     cs = new HydrophobicColourScheme();
  28     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Hydrophobic");
  29     cs = new ZappoColourScheme();
  30     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Zappo");
  31     cs = new TaylorColourScheme();
  32     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Taylor");
  33     cs = new HelixColourScheme();
  34     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs),
  35             "Helix Propensity");
  36     cs = new StrandColourScheme();
  37     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs),
  38             "Strand Propensity");
  39     cs = new TurnColourScheme();
  40     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Turn Propensity");
  41     cs = new BuriedColourScheme();
  42     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Buried Index");
  43     cs = new NucleotideColourScheme();
  44     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Nucleotide");
  45     cs = new PurinePyrimidineColourScheme();
  46     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs),
  47             "Purine/Pyrimidine");
  48     cs = new TCoffeeColourScheme(al);
  49     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "T-Coffee Scores");
  50     cs = new RNAHelicesColour(al);
  51     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "RNA Helices");
  52     cs = new RNAInteractionColourScheme();
  53     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs),
  54             "RNA Interaction type");
  55     cs = new UserColourScheme();
  56     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "User Defined");
  57
  58     /*
  59      * UserColourScheme may have a bespoke name
  60      */
  61     ((UserColourScheme) cs).setName("stripy");
  62     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "stripy");
  63     ((UserColourScheme) cs).setName("");
  64     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "User Defined");
  65     ((UserColourScheme) cs).setName(null);
  66     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "User Defined");
  67
  68     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(null), "None");
  69   }
  70
  71   @Test
  72   public void testGetColourScheme()
  73   {
  74     SequenceI seq = new Sequence("Seq1", "abcd");
  75     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq });
  76     // the strings here correspond to JalviewColourScheme.toString() values
  77     assertTrue(ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, "Clustal") instanceof ClustalxColourScheme);
  78     // not case-sensitive
  79     assertTrue(ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, "CLUSTAL") instanceof ClustalxColourScheme);
  80     assertTrue(ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, "clustal") instanceof ClustalxColourScheme);
  81     assertTrue(ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, "Blosum62") instanceof Blosum62ColourScheme);
  82     assertTrue(ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, "% Identity") instanceof PIDColourScheme);
  83     assertTrue(ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, "Zappo") instanceof ZappoColourScheme);
  84     assertTrue(ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, "Taylor") instanceof TaylorColourScheme);
  85     assertTrue(ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, "Hydrophobic") instanceof HydrophobicColourScheme);
  86     assertTrue(ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, "Helix Propensity") instanceof HelixColourScheme);
  87     assertTrue(ColourSchemeProperty
  88             .getColourScheme(al, "Strand Propensity") instanceof StrandColourScheme);
  89     assertTrue(ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, "Turn Propensity") instanceof TurnColourScheme);
  90     assertTrue(ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, "Buried Index") instanceof BuriedColourScheme);
  91     assertTrue(ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, "Nucleotide") instanceof NucleotideColourScheme);
  92     assertTrue(ColourSchemeProperty
  93             .getColourScheme(al, "Purine/Pyrimidine") instanceof PurinePyrimidineColourScheme);
  94     assertTrue(ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, "T-Coffee Scores") instanceof TCoffeeColourScheme);
  95     assertTrue(ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, "RNA Helices") instanceof RNAHelicesColour);
  96     assertTrue(ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, "User Defined") instanceof UserColourScheme);
  97     // 'None' is a special value
  98     assertNull(ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, "None"));
  99     assertNull(ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, "none"));
 100     // default is to convert the name into a fixed coloour
 101     assertTrue(ColourSchemeProperty.getColourScheme(al, "elephants") instanceof UserColourScheme);
 102   }
 103 }