JAL-4036 Add getDbName to the GFTSPanelI and add an index code message to the index...
[jalview.git] / test / jalview / schemes / ColourSchemePropertyTest.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
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14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.schemes;
22
23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
24 import static org.testng.Assert.assertNull;
25 import static org.testng.Assert.assertTrue;
26
27 import jalview.datamodel.Alignment;
28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
29 import jalview.datamodel.Sequence;
30 import jalview.datamodel.SequenceI;
31
32 import java.awt.Color;
33
34 import org.testng.annotations.Test;
35
36 public class ColourSchemePropertyTest
37 {
38   @Test(groups = "Functional")
39   public void testGetColourName()
40   {
41     SequenceI seq = new Sequence("Seq1", "abcd");
42     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq });
43     ColourSchemeI cs = new ClustalxColourScheme(al, null);
44     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Clustal");
45     cs = new Blosum62ColourScheme();
46     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Blosum62");
47     cs = new PIDColourScheme();
48     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "% Identity");
49     cs = new HydrophobicColourScheme();
50     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Hydrophobic");
51     cs = new ZappoColourScheme();
52     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Zappo");
53     cs = new TaylorColourScheme();
54     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Taylor");
55     cs = new HelixColourScheme();
56     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs),
57             "Helix Propensity");
58     cs = new StrandColourScheme();
59     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs),
60             "Strand Propensity");
61     cs = new TurnColourScheme();
62     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Turn Propensity");
63     cs = new BuriedColourScheme();
64     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Buried Index");
65     cs = new NucleotideColourScheme();
66     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Nucleotide");
67     cs = new PurinePyrimidineColourScheme();
68     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs),
69             "Purine/Pyrimidine");
70     cs = new TCoffeeColourScheme(al);
71     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "T-Coffee Scores");
72     cs = new RNAHelicesColour(al);
73     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "RNA Helices");
74     cs = new RNAInteractionColourScheme();
75     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs),
76             "RNA Interaction type");
77     cs = new UserColourScheme();
78     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "User Defined");
79
80     /*
81      * UserColourScheme may have a bespoke name
82      */
83     ((UserColourScheme) cs).setName("stripy");
84     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "stripy");
85     ((UserColourScheme) cs).setName("");
86     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "User Defined");
87     ((UserColourScheme) cs).setName(null);
88     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "User Defined");
89
90     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(null), "None");
91   }
92
93   @Test(groups = "Functional")
94   public void testGetColourScheme()
95   {
96     SequenceI seq = new Sequence("Seq1", "abcd");
97     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq });
98     // the strings here correspond to JalviewColourScheme.toString() values
99     ColourSchemeI cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al,
100             "Clustal");
101     assertTrue(cs instanceof ClustalxColourScheme);
102     // not case-sensitive
103     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al, "CLUSTAL");
104     assertTrue(cs instanceof ClustalxColourScheme);
105     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al, "clustal");
106     assertTrue(cs instanceof ClustalxColourScheme);
107     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al, "Blosum62");
108     assertTrue(cs instanceof Blosum62ColourScheme);
109     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al, "% Identity");
110     assertTrue(cs instanceof PIDColourScheme);
111     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al, "Zappo");
112     assertTrue(cs instanceof ZappoColourScheme);
113     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al, "Taylor");
114     assertTrue(cs instanceof TaylorColourScheme);
115     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al, "Hydrophobic");
116     assertTrue(cs instanceof HydrophobicColourScheme);
117     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al, "Helix Propensity");
118     assertTrue(cs instanceof HelixColourScheme);
119     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al,
120             "Strand Propensity");
121     assertTrue(cs instanceof StrandColourScheme);
122     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al, "Turn Propensity");
123     assertTrue(cs instanceof TurnColourScheme);
124     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al, "Buried Index");
125     assertTrue(cs instanceof BuriedColourScheme);
126     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al, "Nucleotide");
127     assertTrue(cs instanceof NucleotideColourScheme);
128     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al,
129             "Purine/Pyrimidine");
130     assertTrue(cs instanceof PurinePyrimidineColourScheme);
131     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al, "T-Coffee Scores");
132     assertTrue(cs instanceof TCoffeeColourScheme);
133     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al, "RNA Helices");
134     assertTrue(cs instanceof RNAHelicesColour);
135     // 'None' is a special value
136     assertNull(ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al, "None"));
137     assertNull(ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al, "none"));
138     // default is to convert the name into a fixed colour
139     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al, "elephants");
140     assertTrue(cs instanceof UserColourScheme);
141
142     /*
143      * explicit aa colours
144      */
145     UserColourScheme ucs = (UserColourScheme) ColourSchemeProperty
146             .getColourScheme(null, al,
147                     "R,G=red;C=blue;c=green;Q=10,20,30;S,T=11ffdd");
148     assertEquals(ucs.findColour('H'), Color.white);
149     assertEquals(ucs.findColour('R'), Color.red);
150     assertEquals(ucs.findColour('r'), Color.red);
151     assertEquals(ucs.findColour('G'), Color.red);
152     assertEquals(ucs.findColour('C'), Color.blue);
153     assertEquals(ucs.findColour('c'), Color.green);
154     assertEquals(ucs.findColour('Q'), new Color(10, 20, 30));
155     assertEquals(ucs.findColour('S'), new Color(0x11ffdd));
156     assertEquals(ucs.findColour('T'), new Color(0x11ffdd));
157   }
158 }