test/jalview/schemes/ColourSchemePropertyTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertNull;
  25 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  26
  27 import jalview.datamodel.Alignment;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.Sequence;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31
  32 import java.awt.Color;
  33
  34 import org.testng.annotations.Test;
  35
  36 public class ColourSchemePropertyTest
  37 {
  38   @Test(groups = "Functional")
  39   public void testGetColourName()
  40   {
  41     SequenceI seq = new Sequence("Seq1", "abcd");
  42     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq });
  43     ColourSchemeI cs = new ClustalxColourScheme(al, null);
  44     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Clustal");
  45     cs = new Blosum62ColourScheme();
  46     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Blosum62");
  47     cs = new PIDColourScheme();
  48     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "% Identity");
  49     cs = new HydrophobicColourScheme();
  50     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Hydrophobic");
  51     cs = new ZappoColourScheme();
  52     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Zappo");
  53     cs = new TaylorColourScheme();
  54     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Taylor");
  55     cs = new HelixColourScheme();
  56     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs),
  57             "Helix Propensity");
  58     cs = new StrandColourScheme();
  59     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs),
  60             "Strand Propensity");
  61     cs = new TurnColourScheme();
  62     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Turn Propensity");
  63     cs = new BuriedColourScheme();
  64     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Buried Index");
  65     cs = new NucleotideColourScheme();
  66     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Nucleotide");
  67     cs = new PurinePyrimidineColourScheme();
  68     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs),
  69             "Purine/Pyrimidine");
  70     cs = new TCoffeeColourScheme(al);
  71     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "T-Coffee Scores");
  72     cs = new RNAHelicesColour(al);
  73     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "RNA Helices");
  74     cs = new RNAInteractionColourScheme();
  75     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs),
  76             "RNA Interaction type");
  77     cs = new UserColourScheme();
  78     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "User Defined");
  79
  80     /*
  81      * UserColourScheme may have a bespoke name
  82      */
  83     ((UserColourScheme) cs).setName("stripy");
  84     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "stripy");
  85     ((UserColourScheme) cs).setName("");
  86     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "User Defined");
  87     ((UserColourScheme) cs).setName(null);
  88     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "User Defined");
  89
  90     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(null), "None");
  91   }
  92
  93   @Test(groups = "Functional")
  94   public void testGetColourScheme()
  95   {
  96     SequenceI seq = new Sequence("Seq1", "abcd");
  97     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq });
  98     // the strings here correspond to JalviewColourScheme.toString() values
  99     ColourSchemeI cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al,
 100             "Clustal");
 101     assertTrue(cs instanceof ClustalxColourScheme);
 102     // not case-sensitive
 103     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al, "CLUSTAL");
 104     assertTrue(cs instanceof ClustalxColourScheme);
 105     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al, "clustal");
 106     assertTrue(cs instanceof ClustalxColourScheme);
 107     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al, "Blosum62");
 108     assertTrue(cs instanceof Blosum62ColourScheme);
 109     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al, "% Identity");
 110     assertTrue(cs instanceof PIDColourScheme);
 111     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al, "Zappo");
 112     assertTrue(cs instanceof ZappoColourScheme);
 113     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al, "Taylor");
 114     assertTrue(cs instanceof TaylorColourScheme);
 115     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al, "Hydrophobic");
 116     assertTrue(cs instanceof HydrophobicColourScheme);
 117     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al, "Helix Propensity");
 118     assertTrue(cs instanceof HelixColourScheme);
 119     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al,
 120             "Strand Propensity");
 121     assertTrue(cs instanceof StrandColourScheme);
 122     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al, "Turn Propensity");
 123     assertTrue(cs instanceof TurnColourScheme);
 124     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al, "Buried Index");
 125     assertTrue(cs instanceof BuriedColourScheme);
 126     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al, "Nucleotide");
 127     assertTrue(cs instanceof NucleotideColourScheme);
 128     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al,
 129             "Purine/Pyrimidine");
 130     assertTrue(cs instanceof PurinePyrimidineColourScheme);
 131     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al, "T-Coffee Scores");
 132     assertTrue(cs instanceof TCoffeeColourScheme);
 133     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al, "RNA Helices");
 134     assertTrue(cs instanceof RNAHelicesColour);
 135     // 'None' is a special value
 136     assertNull(ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al, "None"));
 137     assertNull(ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al, "none"));
 138     // default is to convert the name into a fixed colour
 139     cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(null, al, "elephants");
 140     assertTrue(cs instanceof UserColourScheme);
 141
 142     /*
 143      * explicit aa colours
 144      */
 145     UserColourScheme ucs = (UserColourScheme) ColourSchemeProperty
 146             .getColourScheme(null, al,
 147                     "R,G=red;C=blue;c=green;Q=10,20,30;S,T=11ffdd");
 148     assertEquals(ucs.findColour('H'), Color.white);
 149     assertEquals(ucs.findColour('R'), Color.red);
 150     assertEquals(ucs.findColour('r'), Color.red);
 151     assertEquals(ucs.findColour('G'), Color.red);
 152     assertEquals(ucs.findColour('C'), Color.blue);
 153     assertEquals(ucs.findColour('c'), Color.green);
 154     assertEquals(ucs.findColour('Q'), new Color(10, 20, 30));
 155     assertEquals(ucs.findColour('S'), new Color(0x11ffdd));
 156     assertEquals(ucs.findColour('T'), new Color(0x11ffdd));
 157   }
 158 }