test/jalview/schemes/ColourSchemesTest.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertFalse;
   5 import static org.testng.Assert.assertSame;
   6 import static org.testng.Assert.assertTrue;
   7
   8 import jalview.api.AlignViewportI;
   9 import jalview.bin.Cache;
  10 import jalview.bin.Jalview;
  11 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
  12 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  13 import jalview.datamodel.SequenceI;
  14 import jalview.gui.AlignFrame;
  15 import jalview.gui.Desktop;
  16 import jalview.gui.SequenceRenderer;
  17 import jalview.io.DataSourceType;
  18 import jalview.io.FileLoader;
  19 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme.ClustalColour;
  20
  21 import java.awt.Color;
  22 import java.util.Iterator;
  23 import java.util.Map;
  24
  25 import org.testng.annotations.AfterClass;
  26 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  27 import org.testng.annotations.Test;
  28
  29 public class ColourSchemesTest
  30 {
  31   /*
  32    * a colour scheme that alternates Taylor and Zappo
  33    * colouring by column
  34    */
  35   class Stripy extends ResidueColourScheme
  36   {
  37     private ResidueColourScheme odd;
  38
  39     private ResidueColourScheme even;
  40
  41     private Stripy()
  42     {
  43     }
  44
  45     /**
  46      * constructor given colours for odd and even columns
  47      *
  48      * @param odd
  49      * @param even
  50      */
  51     private Stripy(ColourSchemeI cs1, ColourSchemeI cs2)
  52     {
  53       odd = (ResidueColourScheme) cs1;
  54       even = (ResidueColourScheme) cs2;
  55     }
  56
  57     @Override
  58     public ColourSchemeI getInstance(AlignViewportI view,
  59             AnnotatedCollectionI sg)
  60     {
  61       final ColourSchemeI cs1 = ColourSchemes.getInstance()
  62               .getColourScheme(JalviewColourScheme.Taylor.toString(),
  63                       (AnnotatedCollectionI) null);
  64       final ColourSchemeI cs2 = ColourSchemes.getInstance()
  65               .getColourScheme(JalviewColourScheme.Zappo.toString(),
  66                       (AnnotatedCollectionI) null);
  67       return new Stripy(cs1, cs2);
  68     }
  69
  70     @Override
  71     public Color findColour(char c, int j, SequenceI seq)
  72     {
  73       if (j % 2 == 1)
  74       {
  75         return odd.findColour(c, j, seq);
  76       }
  77       else
  78       {
  79         return even.findColour(c, j, seq);
  80       }
  81     }
  82
  83     @Override
  84     public String getSchemeName()
  85     {
  86       return "stripy";
  87     }
  88   };
  89
  90   /*
  91    * a colour scheme that is Clustal but using AWT colour equivalents
  92    */
  93   class MyClustal extends ResidueColourScheme
  94   {
  95     ClustalxColourScheme delegate;
  96
  97     private MyClustal()
  98     {
  99     }
 100
 101     private MyClustal(AnnotatedCollectionI sg,
 102             Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSequences)
 103     {
 104       delegate = new ClustalxColourScheme(sg, hiddenRepSequences);
 105     }
 106
 107     @Override
 108     public Color findColour(char c, int j, SequenceI seq)
 109     {
 110       Color col = delegate.findColour(c, j, seq);
 111       Color result = col;
 112       if (col.equals(ClustalColour.BLUE.colour))
 113       {
 114         result = Color.blue;
 115       }
 116       else if (col.equals(ClustalColour.CYAN.colour))
 117       {
 118         result = Color.cyan;
 119       }
 120       else if (col.equals(ClustalColour.GREEN.colour))
 121       {
 122         result = Color.green;
 123       }
 124       else if (col.equals(ClustalColour.MAGENTA.colour))
 125       {
 126         result = Color.magenta;
 127       }
 128       else if (col.equals(ClustalColour.ORANGE.colour))
 129       {
 130         result = Color.orange;
 131       }
 132       else if (col.equals(ClustalColour.PINK.colour))
 133       {
 134         result = Color.pink;
 135       }
 136       else if (col.equals(ClustalColour.RED.colour))
 137       {
 138         result = Color.red;
 139       }
 140       else if (col.equals(ClustalColour.YELLOW.colour))
 141       {
 142         result = Color.yellow;
 143       }
 144       return result;
 145     }
 146
 147     @Override
 148     public ColourSchemeI getInstance(AlignViewportI view,
 149             AnnotatedCollectionI sg)
 150     {
 151       return new MyClustal(sg, view.getHiddenRepSequences());
 152     }
 153
 154     @Override
 155     public String getSchemeName()
 156     {
 157       return "MyClustal";
 158     }
 159
 160   }
 161
 162   @BeforeClass(alwaysRun = true)
 163   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
 164   {
 165     /*
 166      * use read-only test properties file
 167      */
 168     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
 169     Jalview.main(new String[] { "-nonews" });
 170   }
 171
 172   @AfterClass(alwaysRun = true)
 173   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
 174   {
 175     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 176   }
 177
 178   @Test(groups = "Functional")
 179   public void testGetColourSchemes()
 180   {
 181     /*
 182      * this just verifies that built-in colour schemes are loaded into ColourSchemes
 183      * in the order in which they are declared in the JalviewColourScheme enum
 184      * (this also determines their order in Colour menus)
 185      */
 186     Iterator<ColourSchemeI> schemes = ColourSchemes.getInstance().getColourSchemes().iterator();
 187     JalviewColourScheme[] jalviewSchemes = JalviewColourScheme.values();
 188     int i = 0;
 189     while (schemes.hasNext() && i < jalviewSchemes.length)
 190     {
 191       assertTrue(schemes.next().getSchemeName()
 192               .equals(jalviewSchemes[i].toString()));
 193       i++;
 194     }
 195   }
 196
 197   @Test(groups = "Functional")
 198   public void testGetColourScheme()
 199   {
 200     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 201             ">seq1\nAGLRTWQU", DataSourceType.PASTE);
 202     ColourSchemes schemes = ColourSchemes.getInstance();
 203
 204     AnnotatedCollectionI al = af.getViewport().getAlignment();
 205
 206     for (JalviewColourScheme cs : JalviewColourScheme.values())
 207     {
 208       ColourSchemeI registered = schemes.getColourScheme(cs.toString(), al);
 209       assertSame(registered.getClass(), cs.getSchemeClass());
 210     }
 211     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 212   }
 213
 214   @Test(groups = "Functional")
 215   public void testRegisterColourScheme()
 216   {
 217     ColourSchemes.getInstance().registerColourScheme(new Stripy());
 218     ColourSchemes.getInstance().registerColourScheme(new MyClustal());
 219     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 220             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 221     /*
 222      * set a breakpoint here to see and play with the newly registered
 223      *  colour schemes in the AlignFrame colour menu
 224      */
 225     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(af.getViewport());
 226     SequenceI seq = af.getViewport().getAlignment().findName("FER_CAPAA");
 227
 228     /*
 229      * set and check Taylor colours
 230      */
 231     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Taylor.toString());
 232     Color taylor1 = sr.getResidueColour(seq, 88, null); // E 255,0,102
 233     Color taylor2 = sr.getResidueColour(seq, 89, null); // A 204,255,0
 234     Color taylor3 = sr.getResidueColour(seq, 90, null); // G 255,153,0
 235     assertEquals(taylor1, new Color(255, 0, 102));
 236     assertEquals(taylor2, new Color(204, 255, 0));
 237     assertEquals(taylor3, new Color(255, 153, 0));
 238
 239     /*
 240      * set and check Zappo colours
 241      */
 242     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Zappo.toString());
 243     Color zappo1 = sr.getResidueColour(seq, 88, null); // E red
 244     Color zappo2 = sr.getResidueColour(seq, 89, null); // A pink
 245     Color zappo3 = sr.getResidueColour(seq, 90, null); // G magenta
 246     assertEquals(zappo1, Color.red);
 247     assertEquals(zappo2, Color.pink);
 248     assertEquals(zappo3, Color.magenta);
 249
 250     /*
 251      * set 'stripy' colours - odd columns are Taylor and even are Zappo
 252      */
 253     af.changeColour_actionPerformed("stripy");
 254     Color stripy1 = sr.getResidueColour(seq, 88, null);
 255     Color stripy2 = sr.getResidueColour(seq, 89, null);
 256     Color stripy3 = sr.getResidueColour(seq, 90, null);
 257     assertEquals(stripy1, zappo1);
 258     assertEquals(stripy2, taylor2);
 259     assertEquals(stripy3, zappo3);
 260
 261     /*
 262      * set and check Clustal colours
 263      */
 264     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Clustal.toString());
 265     Color clustal1 = sr.getResidueColour(seq, 88, null);
 266     Color clustal2 = sr.getResidueColour(seq, 89, null);
 267     Color clustal3 = sr.getResidueColour(seq, 90, null);
 268     assertEquals(clustal1, ClustalColour.MAGENTA.colour);
 269     assertEquals(clustal2, ClustalColour.BLUE.colour);
 270     assertEquals(clustal3, ClustalColour.ORANGE.colour);
 271
 272     /*
 273      * set 'MyClustal' colours - uses AWT colour equivalents
 274      */
 275     af.changeColour_actionPerformed("MyClustal");
 276     Color myclustal1 = sr.getResidueColour(seq, 88, null);
 277     Color myclustal2 = sr.getResidueColour(seq, 89, null);
 278     Color myclustal3 = sr.getResidueColour(seq, 90, null);
 279     assertEquals(myclustal1, Color.MAGENTA);
 280     assertEquals(myclustal2, Color.BLUE);
 281     assertEquals(myclustal3, Color.ORANGE);
 282   }
 283
 284   /**
 285    * Tests for check if scheme name exists. Built-in scheme names are the
 286    * toString() values of enum JalviewColourScheme.
 287    */
 288   @Test(groups = "Functional")
 289   public void testNameExists()
 290   {
 291     ColourSchemes cs = ColourSchemes.getInstance();
 292     assertFalse(cs.nameExists(null));
 293     assertFalse(cs.nameExists(""));
 294     assertTrue(cs.nameExists("Clustal"));
 295     assertTrue(cs.nameExists("CLUSTAL"));
 296     assertFalse(cs.nameExists("CLUSTAL "));
 297     assertTrue(cs.nameExists("% Identity"));
 298     assertFalse(cs.nameExists("PID"));
 299   }
 300 }