test/jalview/schemes/DnaCodonTests.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import static org.junit.Assert.*;
   4
   5 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   6 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
   7 import jalview.datamodel.Sequence;
   8 import jalview.datamodel.SequenceI;
   9
  10 import java.io.IOException;
  11 import java.util.Map;
  12
  13 import org.junit.AfterClass;
  14 import org.junit.BeforeClass;
  15 import org.junit.Test;
  16
  17 public class DnaCodonTests
  18 {
  19
  20   @Test
  21   public void testAmbiguityCodeGeneration()
  22   {
  23     assertTrue(ResidueProperties.ambiguityCodes.size()>0);
  24   }
  25   @Test
  26   public void testAmbiguityCodon() {
  27     for (String ac:ResidueProperties.ambiguityCodes.keySet())
  28     {
  29       assertTrue("Couldn't resolve GGN as glycine codon",ResidueProperties.codonHash2.get("GG"+ac).equals("G"));
  30     }
  31   }
  32   @Test
  33   public void regenerateCodonTable() {
  34     for (Map.Entry<String, String> codon:ResidueProperties.codonHash2.entrySet())
  35     {
  36       System.out.println("ResidueProperties.codonHash2.set(\""+codon.getKey()+"\", \""+codon.getValue()+"\");");
  37     }
  38   }
  39 }