test/jalview/schemes/DnaCodonTests.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import static org.junit.Assert.*;
   4
   5 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   6 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
   7 import jalview.datamodel.Sequence;
   8 import jalview.datamodel.SequenceI;
   9
  10 import java.io.IOException;
  11 import java.util.Map;
  12
  13 import org.junit.AfterClass;
  14 import org.junit.BeforeClass;
  15 import org.junit.Test;
  16
  17 public class DnaCodonTests
  18 {
  19
  20   @BeforeClass
  21   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  22   {
  23   }
  24
  25   @AfterClass
  26   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  27   {
  28   }
  29
  30   @Test
  31   public void testAmbiguityCodeGeneration()
  32   {
  33     assertTrue(ResidueProperties.ambiguityCodes.size()>0);
  34   }
  35   @Test
  36   public void testAmbiguityCodon() {
  37     for (String ac:ResidueProperties.ambiguityCodes.keySet())
  38     {
  39       assertTrue("Couldn't resolve GGN as glycine codon",ResidueProperties.codonHash2.get("GG"+ac).equals("G"));
  40     }
  41   }
  42   @Test
  43   public void regenerateCodonTable() {
  44     for (Map.Entry<String, String> codon:ResidueProperties.codonHash2.entrySet())
  45     {
  46       System.out.println("ResidueProperties.codonHash2.set(\""+codon.getKey()+"\", \""+codon.getValue()+"\");");
  47     }
  48   }
  49 }