test/jalview/schemes/DnaCodonTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  24
  25 import jalview.gui.JvOptionPane;
  26
  27 import java.util.Map;
  28
  29 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  30 import org.testng.annotations.Test;
  31
  32 public class DnaCodonTests
  33 {
  34
  35   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  36   public void setUpJvOptionPane()
  37   {
  38     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  39     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  40   }
  41
  42   @Test(groups = { "Functional" })
  43   public void testAmbiguityCodeGeneration()
  44   {
  45     assertTrue(ResidueProperties.ambiguityCodes.size() > 0);
  46   }
  47
  48   @Test(groups = { "Functional" })
  49   public void testAmbiguityCodon()
  50   {
  51     for (String ac : ResidueProperties.ambiguityCodes.keySet())
  52     {
  53       assertTrue("Couldn't resolve GGN as glycine codon",
  54               ResidueProperties.codonHash2.get("GG" + ac).equals("G"));
  55     }
  56   }
  57
  58   @Test(groups = { "Functional" })
  59   public void regenerateCodonTable()
  60   {
  61     for (Map.Entry<String, String> codon : ResidueProperties.codonHash2
  62             .entrySet())
  63     {
  64       System.out.println("ResidueProperties.codonHash2.set(\""
  65               + codon.getKey() + "\", \"" + codon.getValue() + "\");");
  66     }
  67   }
  68 }