create method to test HMM model as string
[jalview.git] / test / jalview / schemes / DnaCodonTests.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
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10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.schemes;
22
23 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
24
25 import jalview.gui.JvOptionPane;
26
27 import java.util.Map;
28
29 import org.testng.annotations.BeforeClass;
30 import org.testng.annotations.Test;
31
32 public class DnaCodonTests
33 {
34
35   @BeforeClass(alwaysRun = true)
36   public void setUpJvOptionPane()
37   {
38     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
39     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
40   }
41
42   @Test(groups = { "Functional" })
43   public void testAmbiguityCodeGeneration()
44   {
45     assertTrue(ResidueProperties.ambiguityCodes.size() > 0);
46   }
47
48   @Test(groups = { "Functional" })
49   public void testAmbiguityCodon()
50   {
51     for (String ac : ResidueProperties.ambiguityCodes.keySet())
52     {
53       assertTrue("Couldn't resolve GGN as glycine codon",
54               ResidueProperties.codonHash2.get("GG" + ac).equals("G"));
55     }
56   }
57
58   @Test(groups = { "Functional" })
59   public void regenerateCodonTable()
60   {
61     for (Map.Entry<String, String> codon : ResidueProperties.codonHash2
62             .entrySet())
63     {
64       System.out.println("ResidueProperties.codonHash2.set(\""
65               + codon.getKey() + "\", \"" + codon.getValue() + "\");");
66     }
67   }
68 }