test/jalview/schemes/DnaCodonTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import static org.junit.Assert.*;
  24
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  27 import jalview.datamodel.Sequence;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29
  30 import java.io.IOException;
  31 import java.util.Map;
  32 import java.util.Vector;
  33
  34 import org.junit.AfterClass;
  35 import org.junit.BeforeClass;
  36 import org.junit.Test;
  37
  38 public class DnaCodonTests
  39 {
  40
  41   @Test
  42   public void testAmbiguityCodeGeneration()
  43   {
  44     assertTrue(ResidueProperties.ambiguityCodes.size()>0);
  45   }
  46   @Test
  47   public void testAmbiguityCodon() {
  48     for (String ac:ResidueProperties.ambiguityCodes.keySet())
  49     {
  50       assertTrue("Couldn't resolve GGN as glycine codon",ResidueProperties.codonHash2.get("GG"+ac).equals("G"));
  51     }
  52   }
  53   @Test
  54   public void regenerateCodonTable() {
  55     for (Map.Entry<String, String> codon:ResidueProperties.codonHash2.entrySet())
  56     {
  57       System.out.println("ResidueProperties.codonHash2.set(\""+codon.getKey()+"\", \""+codon.getValue()+"\");");
  58     }
  59   }
  60   @Test
  61   public void checkOldCodonagainstNewCodonTable() {
  62     // note - this test will be removed once the old codon table (including Vectors) is removed
  63     String additional="",failtrans="",differentTr="";
  64     for (Object aa:ResidueProperties.codonHash.keySet())
  65     {
  66       String amacid=(String) aa;
  67       for (Object codons:((Vector)ResidueProperties.codonHash.get(amacid)))
  68       {
  69         String codon = (String) codons;
  70         String trans = ResidueProperties.codonTranslate(codon);
  71         String oldtrans = ResidueProperties._codonTranslate(codon);
  72         if (trans==null) {
  73           additional+="\nOld translation table includes additional codons for "+amacid+" : "+codon;
  74         }
  75         if (oldtrans==null) {
  76           failtrans+=("\nold translation routine failed for old translation entry (aa was "+amacid+" codon was "+codon+")");
  77         }
  78         if (!oldtrans.equals(trans))
  79         {
  80           differentTr+=("\nDifferent translation for old and new routines: "+amacid+" "+codon+" => expected "+oldtrans+" and got "+trans);
  81         }
  82       }
  83     }
  84     assertTrue(""+additional+"\n"+failtrans+"\n"+differentTr,additional.length()==0 && failtrans.length()==0 && differentTr.length()==0);
  85   }
  86 }