test/jalview/schemes/HMMERAlignmentColourSchemeTest.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4
   5 import jalview.datamodel.Alignment;
   6 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
   7 import jalview.datamodel.Sequence;
   8 import jalview.datamodel.SequenceI;
   9 import jalview.io.DataSourceType;
  10 import jalview.io.HMMFile;
  11
  12 import java.awt.Color;
  13 import java.io.IOException;
  14 import java.net.MalformedURLException;
  15
  16 import org.testng.annotations.Test;
  17
  18 public class HMMERAlignmentColourSchemeTest {
  19
  20   @Test(groups = "Functional")
  21   public void testFindColour() throws MalformedURLException, IOException
  22   {
  23     HMMFile file = new HMMFile("test/jalview/io/test_PKinase_hmm.txt",
  24             DataSourceType.FILE);
  25
  26     /*
  27      * alignment with 20 residues and background frequencies:
  28      * A/a, S 3/20 = 0.15
  29      * M, K 4/20 = 0.2
  30      * V 2/20 = 0.1
  31      * Q, R, L 1/20 = 0.05
  32      * log(totalCount) = log(20) = 2.996
  33      */
  34     SequenceI seq1 = new Sequence("seq1", "AAMMMKKKVV");
  35     SequenceI seq2 = new Sequence("seq2", "aAM-QKRSSSL");
  36     AnnotatedCollectionI ac = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
  37     ColourSchemeI scheme = new HMMERAlignmentColourScheme(ac,
  38             file.getHMM());
  39
  40     /*
  41      * 'A' in column 1, node 2, match emission 2.77204
  42      * e-2.77204 = 0.0625
  43      * background frequency is 0.15
  44      * ratio is < 1, log is negative, colour is Orange
  45      */
  46     Color actual = scheme.findColour('A', 1, null, null, 0);
  47     assertEquals(actual, Color.ORANGE);
  48
  49     // gap is white
  50     actual = scheme.findColour('-', 2, null, null, 0);
  51     assertEquals(actual, Color.WHITE);
  52     actual = scheme.findColour(' ', 2, null, null, 0);
  53     assertEquals(actual, Color.WHITE);
  54     actual = scheme.findColour('.', 2, null, null, 0);
  55     assertEquals(actual, Color.WHITE);
  56
  57     /*
  58      * 'L' in column 3, node 4, match emission 1.98342
  59      * e-1.98342 = 0.1376
  60      * background frequency is 0.05
  61      * ratio is 2.752, log is 1.012
  62      * colour is graduated 1.012/2.996 or 86/255 of the way from
  63      * white(255, 255, 255) to blue(0, 0, 255)
  64      */
  65     actual = scheme.findColour('L', 3, null, null, 0);
  66     assertEquals(actual, new Color(169, 169, 255));
  67
  68     /*
  69      * invalid symbol is White
  70      */
  71     actual = scheme.findColour('X', 2, null, null, 0);
  72     assertEquals(actual, Color.WHITE);
  73   }
  74
  75 }