test/jalview/schemes/HMMERColourSchemeTest.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4
   5 import jalview.io.DataSourceType;
   6 import jalview.io.FileParse;
   7 import jalview.io.HMMFile;
   8
   9 import java.awt.Color;
  10 import java.io.IOException;
  11 import java.net.MalformedURLException;
  12
  13 import org.testng.annotations.Test;
  14
  15 public class HMMERColourSchemeTest {
  16   HMMERColourScheme scheme = new HMMERColourScheme();
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  18   @Test
  19   public void testFindColour() throws MalformedURLException, IOException
  20   {
  21
  22     HMMFile file = new HMMFile(new FileParse(
  23             "test/jalview/io/test_PKinase_hmm.txt", DataSourceType.FILE));
  24     file.parse();
  25     scheme.hmm = file.getHMM();
  26
  27     Color actual = scheme.findColour('A', 1);
  28     Color expected = new Color(1f, 1f - 0.06253430455f, 0f);
  29     assertEquals(actual, expected);
  30
  31     actual = scheme.findColour('Y', 3);
  32     expected = new Color(1f, 1f - 0.02082023351f, 0f);
  33     assertEquals(actual, expected);
  34
  35     actual = scheme.findColour('M', 109);
  36     expected = new Color(1f, 1f, 0);
  37     assertEquals(actual, expected);
  38
  39     actual = scheme.findColour('I', 128);
  40     expected = new Color(1f, 1f - 0.15097062462f, 0);
  41     assertEquals(actual, expected);
  42
  43     actual = scheme.findColour('D', 181);
  44     expected = new Color(1f, 1f - 0.08686935114f, 0);
  45     assertEquals(actual, expected);
  46
  47     actual = scheme.findColour('Z', 1);
  48     expected = new Color(1f, 1f, 0);
  49     assertEquals(actual, expected);
  50
  51     actual = scheme.findColour('A', 4000);
  52     expected = new Color(1f, 1f, 0);
  53     assertEquals(actual, expected);
  54
  55   }
  56
  57 }