test/jalview/schemes/HMMERColourSchemeTest.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4
   5 import jalview.io.DataSourceType;
   6 import jalview.io.HMMFile;
   7
   8 import java.awt.Color;
   9 import java.io.IOException;
  10 import java.net.MalformedURLException;
  11
  12 import org.testng.annotations.Test;
  13
  14 public class HMMERColourSchemeTest {
  15
  16   @Test(groups = "Functional")
  17   public void testFindColour() throws MalformedURLException, IOException
  18   {
  19     HMMFile file = new HMMFile("test/jalview/io/test_PKinase_hmm.txt",
  20             DataSourceType.FILE);
  21
  22     ColourSchemeI scheme = new HMMERColourScheme(file.getHMM());
  23
  24     /*
  25      * 'A' in column 1, node 2, match emission 2.77204
  26      * e-2.77204 = 0.0625
  27      * background frequency is 0.0826
  28      * ratio is 0.757, log is negative, colour is Orange
  29      */
  30     Color actual = scheme.findColour('A', 1, null, null, 0);
  31     assertEquals(actual, Color.ORANGE);
  32
  33     // gap is white
  34     actual = scheme.findColour('-', 2, null, null, 0);
  35     assertEquals(actual, Color.WHITE);
  36     actual = scheme.findColour(' ', 2, null, null, 0);
  37     assertEquals(actual, Color.WHITE);
  38     actual = scheme.findColour('.', 2, null, null, 0);
  39     assertEquals(actual, Color.WHITE);
  40
  41     /*
  42      * 'Y' in column 4, node 5, match emission 4.41426
  43      * e-4.41426 = 0.0121
  44      * background frequency is 0.0292
  45      * ratio is 0.414, log is negative, colour is Orange
  46      */
  47     actual = scheme.findColour('Y', 4, null, null, 0);
  48     assertEquals(actual, Color.ORANGE);
  49
  50     /*
  51      * 'M' in column 109, no matching node, colour is reddish
  52      */
  53     actual = scheme.findColour('M', 109, null, null, 0);
  54     assertEquals(actual, new Color(230, 0, 0));
  55
  56     /*
  57      * 'I' in column 6, node 7, match emission 1.33015
  58      * e-1.33015 = 0.2644
  59      * background frequency is 0.0593
  60      * ratio is 4.459, log is 1.495
  61      * colour is graduated 1.495/4.52 or 84/255 of the way from
  62      * white(255, 255, 255) to blue(0, 0, 255)
  63      */
  64     actual = scheme.findColour('I', 6, null, null, 0);
  65     assertEquals(actual, new Color(171, 171, 255));
  66
  67     /*
  68      * 'V' in column 14, node 15, match emission 0.44769
  69      * e-0.44769 = 0.6391
  70      * background frequency is 0.0686
  71      * ratio is 9.316, log is 2.232
  72      * colour is graduated 2.232/4.52 or 126/255 of the way from
  73      * white(255, 255, 255) to blue(0, 0, 255)
  74      */
  75     actual = scheme.findColour('V', 14, null, null, 0);
  76     assertEquals(actual, new Color(129, 129, 255));
  77
  78     /*
  79      * invalid symbol is White
  80      */
  81     actual = scheme.findColour('X', 2, null, null, 0);
  82     assertEquals(actual, Color.WHITE);
  83   }
  84
  85 }