test/jalview/schemes/HMMERColourSchemeTest.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4
   5 import jalview.io.DataSourceType;
   6 import jalview.io.FileParse;
   7 import jalview.io.HMMFile;
   8
   9 import java.awt.Color;
  10 import java.io.IOException;
  11 import java.net.MalformedURLException;
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  13 import org.testng.annotations.Test;
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  15 public class HMMERColourSchemeTest {
  16   HMMERColourScheme scheme = new HMMERColourScheme();
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  18   @Test
  19   public void testFindColour() throws MalformedURLException, IOException
  20   {
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  22     HMMFile file = new HMMFile(new FileParse(
  23             "test/jalview/io/test_PKinase_hmm.txt", DataSourceType.FILE));
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  25     scheme.hmm = file.getHMM();
  26     Color expected;
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  28     Color actual = scheme.findColour('A', 1, null, null, 0);
  29     assertEquals(actual, Color.ORANGE);
  30
  31     actual = scheme.findColour('Y', 3, null, null, 0);
  32     assertEquals(actual, Color.ORANGE);
  33
  34     actual = scheme.findColour('M', 109, null, null, 0);
  35     expected = new Color(230, 0, 0);
  36     assertEquals(actual, expected);
  37
  38     actual = scheme.findColour('I', 6, null, null, 0);
  39     expected = new Color(171, 171, 255);
  40     assertEquals(actual, expected);
  41
  42     actual = scheme.findColour('V', 14, null, null, 0);
  43     expected = new Color(129, 129, 255);
  44     assertEquals(actual, expected);
  45
  46     actual = scheme.findColour('X', 100000000, null, null, 0);
  47     assertEquals(actual, Color.WHITE);
  48
  49
  50   }
  51
  52 }