create method to test HMM model as string
[jalview.git] / test / jalview / schemes / JalviewColourSchemeTest.java
1 package jalview.schemes;
2
3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
4 import static org.testng.Assert.assertTrue;
5
6 import org.testng.annotations.Test;
7
8 public class JalviewColourSchemeTest
9 {
10   @Test(groups = "Functional")
11   public void testGetSchemeClass()
12   {
13     assertTrue(JalviewColourScheme.Clustal.getSchemeClass() == ClustalxColourScheme.class);
14     assertTrue(JalviewColourScheme.Blosum62.getSchemeClass() == Blosum62ColourScheme.class);
15     assertTrue(JalviewColourScheme.PID.getSchemeClass() == PIDColourScheme.class);
16     assertTrue(JalviewColourScheme.Hydrophobic.getSchemeClass() == HydrophobicColourScheme.class);
17     assertTrue(JalviewColourScheme.Zappo.getSchemeClass() == ZappoColourScheme.class);
18     assertTrue(JalviewColourScheme.Taylor.getSchemeClass() == TaylorColourScheme.class);
19     assertTrue(JalviewColourScheme.Helix.getSchemeClass() == HelixColourScheme.class);
20     assertTrue(JalviewColourScheme.Strand.getSchemeClass() == StrandColourScheme.class);
21     assertTrue(JalviewColourScheme.Turn.getSchemeClass() == TurnColourScheme.class);
22     assertTrue(JalviewColourScheme.Buried.getSchemeClass() == BuriedColourScheme.class);
23     assertTrue(JalviewColourScheme.Nucleotide.getSchemeClass() == NucleotideColourScheme.class);
24     assertTrue(JalviewColourScheme.PurinePyrimidine.getSchemeClass() == PurinePyrimidineColourScheme.class);
25     assertTrue(JalviewColourScheme.TCoffee.getSchemeClass() == TCoffeeColourScheme.class);
26     assertTrue(JalviewColourScheme.RNAHelices.getSchemeClass() == RNAHelicesColour.class);
27   }
28
29   @Test(groups = "Functional")
30   public void testToString()
31   {
32     assertEquals(JalviewColourScheme.Clustal.toString(), "Clustal");
33     assertEquals(JalviewColourScheme.Blosum62.toString(), "Blosum62");
34     assertEquals(JalviewColourScheme.PID.toString(), "% Identity");
35     assertEquals(JalviewColourScheme.Zappo.toString(), "Zappo");
36     assertEquals(JalviewColourScheme.Taylor.toString(), "Taylor");
37     assertEquals(JalviewColourScheme.Hydrophobic.toString(), "Hydrophobic");
38     assertEquals(JalviewColourScheme.Helix.toString(), "Helix Propensity");
39     assertEquals(JalviewColourScheme.Strand.toString(), "Strand Propensity");
40     assertEquals(JalviewColourScheme.Turn.toString(), "Turn Propensity");
41     assertEquals(JalviewColourScheme.Buried.toString(), "Buried Index");
42     assertEquals(JalviewColourScheme.Nucleotide.toString(), "Nucleotide");
43     assertEquals(JalviewColourScheme.PurinePyrimidine.toString(),
44             "Purine/Pyrimidine");
45     assertEquals(JalviewColourScheme.TCoffee.toString(), "T-Coffee Scores");
46     assertEquals(JalviewColourScheme.RNAHelices.toString(), "RNA Helices");
47   }
48 }