test/jalview/schemes/PIDColourSchemeTest.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4
   5 import jalview.datamodel.SequenceI;
   6 import jalview.gui.AlignFrame;
   7 import jalview.gui.AlignViewport;
   8 import jalview.io.DataSourceType;
   9 import jalview.io.FileLoader;
  10
  11 import java.awt.Color;
  12
  13 import org.testng.annotations.Test;
  14
  15 public class PIDColourSchemeTest
  16 {
  17   static final Color white = Color.white;
  18
  19   static final Color over40 = new Color(204, 204, 255);
  20
  21   static final Color over60 = new Color(153, 153, 255);
  22
  23   static final Color over80 = new Color(100, 100, 255);
  24
  25   /**
  26    * Test findColour for cases:
  27    * <ul>
  28    * <li>gap: white</li>
  29    * <li>no match to consensus: white</li>
  30    * <li>match consensus with pid > 80%: 100,100,255</li>
  31    * <li>match consensus with pid > 60%: 153, 153, 255</li>
  32    * <li>match consensus with pid > 40%: 204, 204, 255</li>
  33    * <li>match consensus with pid <= 40%: white</li>
  34    * <li>joint consensus matching</li>
  35    * <li>case insensitive matching</li>
  36    * <ul>
  37    */
  38   @Test(groups = "Functional")
  39   public void testFindColour()
  40   {
  41     ColourSchemeI scheme = new PIDColourScheme();
  42
  43     /*
  44      * doesn't use column or sequence
  45      * we assume consensus residue is computed as upper case
  46      */
  47     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null, "A", 0f), white);
  48     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null, "A", 40f), white);
  49     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null, "A", 40.1f), over40);
  50     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null, "A", 60f), over40);
  51     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null, "A", 60.1f), over60);
  52     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null, "A", 80f), over60);
  53     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null, "A", 80.1f), over80);
  54     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null, "A", 100f), over80);
  55     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null, "KFV", 100f), white);
  56
  57     assertEquals(scheme.findColour('a', 0, null, "A", 80f), over60);
  58     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null, "AC", 80f), over60);
  59     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null, "KCA", 80f), over60);
  60   }
  61
  62   /**
  63    * Test that changing the 'ignore gaps in consensus' in the viewport (an
  64    * option on the annotation label popup menu) results in a change to the
  65    * colouring
  66    */
  67   @Test(groups = "Functional")
  68   public void testFindColour_ignoreGaps()
  69   {
  70     /*
  71      * AAAAA
  72      * AAAAA
  73      * -CCCC
  74      * FFFFF
  75      *
  76      * first column consensus is A
  77      * first column PID is 50%, or 67% ignoring gaps
  78      */
  79     String seqs = ">seq1\nAAAAA\n>seq2\nAAAAA\n>seq3\n-CCCC\n>seq4\nFFFFF\n";
  80
  81     /*
  82      * load data and wait for consensus to be computed
  83      */
  84     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(seqs,
  85             DataSourceType.PASTE);
  86     AlignViewport viewport = af.getViewport();
  87     viewport.setIgnoreGapsConsensus(false, af.alignPanel);
  88     while (viewport.getConsensusSeq() == null)
  89     {
  90       synchronized (this)
  91       {
  92         try
  93         {
  94           wait(50);
  95         } catch (InterruptedException e)
  96         {
  97         }
  98       }
  99     }
 100     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.PID.toString());
 101
 102     SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(0);
 103
 104     /*
 105      * including gaps, A should be coloured for 50% consensus
 106      */
 107     Color c = viewport
 108             .getResidueShading().findColour('A', 0, seq);
 109     assertEquals(c, over40);
 110
 111     /*
 112      * now choose to ignore gaps; colour should be for 67%
 113      */
 114     viewport.setIgnoreGapsConsensus(true, af.alignPanel);
 115     c = viewport
 116             .getResidueShading().findColour('A', 0, seq);
 117     assertEquals(c, over60);
 118   }
 119 }