test/jalview/schemes/ResidueColourSchemeTest.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
   5 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   6
   7 import jalview.datamodel.Profile;
   8 import jalview.datamodel.ProfileI;
   9 import jalview.datamodel.Profiles;
  10
  11 import java.awt.Color;
  12
  13 import org.testng.annotations.Test;
  14
  15 public class ResidueColourSchemeTest
  16 {
  17   @Test(groups = "Functional")
  18   public void testAboveThreshold()
  19   {
  20     /*
  21      * make up profiles for this alignment:
  22      * AR-Q
  23      * AR--
  24      * SR-T
  25      * SR-T
  26      */
  27     ProfileI[] profiles = new ProfileI[4];
  28     profiles[0] = new Profile(4, 0, 2, "AS");
  29     profiles[1] = new Profile(4, 0, 4, "R");
  30     profiles[2] = new Profile(4, 4, 0, "");
  31     profiles[3] = new Profile(4, 1, 2, "T");
  32     ResidueColourScheme rcs = new ResidueColourScheme();
  33     rcs.setConsensus(new Profiles(profiles));
  34
  35     /*
  36      * no threshold
  37      */
  38     rcs.setThreshold(0, true);
  39     assertTrue(rcs.aboveThreshold('a', 0));
  40     assertTrue(rcs.aboveThreshold('S', 0));
  41     assertFalse(rcs.aboveThreshold('W', 0));
  42     assertTrue(rcs.aboveThreshold('R', 1));
  43     assertFalse(rcs.aboveThreshold('W', 2));
  44     assertTrue(rcs.aboveThreshold('t', 3));
  45     assertFalse(rcs.aboveThreshold('Q', 3));
  46
  47     /*
  48      * with threshold, include gaps
  49      */
  50     rcs.setThreshold(60, false);
  51     assertFalse(rcs.aboveThreshold('a', 0));
  52     assertFalse(rcs.aboveThreshold('S', 0));
  53     assertTrue(rcs.aboveThreshold('R', 1));
  54     assertFalse(rcs.aboveThreshold('W', 2));
  55     assertFalse(rcs.aboveThreshold('t', 3)); // 50% < 60%
  56
  57     /*
  58      * with threshold, ignore gaps
  59      */
  60     rcs.setThreshold(60, true);
  61     assertFalse(rcs.aboveThreshold('a', 0));
  62     assertFalse(rcs.aboveThreshold('S', 0));
  63     assertTrue(rcs.aboveThreshold('R', 1));
  64     assertFalse(rcs.aboveThreshold('W', 2));
  65     assertTrue(rcs.aboveThreshold('t', 3)); // 67% > 60%
  66   }
  67
  68   /**
  69    * Test colour bleaching based on conservation score and conservation slider.
  70    * Scores of 10 or 11 should leave colours unchanged. Gap is always white.
  71    */
  72   @Test(groups = "Functional")
  73   public void testApplyConservation()
  74   {
  75     ResidueColourScheme rcs = new ResidueColourScheme();
  76
  77     // no conservation present - no fading
  78     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 12));
  79
  80     // cheat by setting conservation sequence directly
  81     // rather than calculating it - good enough for this test
  82     String consensus = "0123456789+*-";
  83     rcs.conservation = consensus.toCharArray();
  84
  85     // column out of range:
  86     assertEquals(Color.RED,
  87             rcs.applyConservation(Color.RED, consensus.length()));
  88
  89     /*
  90      * with 100% threshold, 'fade factor' is
  91      * (11-score)/10 * 100/20 = (11-score)/2
  92      * which is >= 1 for all scores i.e. all fade to white except +, *
  93      */
  94     rcs.setConservationInc(100);
  95     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 0));
  96     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 1));
  97     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 2));
  98     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 3));
  99     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 4));
 100     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 5));
 101     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 6));
 102     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 7));
 103     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 8));
 104     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 9));
 105     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 10));
 106     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 11));
 107     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 12));
 108
 109     /*
 110      * with 0% threshold, there should be no fading
 111      */
 112     rcs.setConservationInc(0);
 113     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 0));
 114     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 1));
 115     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 2));
 116     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 3));
 117     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 4));
 118     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 5));
 119     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 6));
 120     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 7));
 121     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 8));
 122     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 9));
 123     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 10));
 124     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 11));
 125     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 12)); // gap
 126
 127     /*
 128      * with 40% threshold, 'fade factor' is
 129      * (11-score)/10 * 40/20 = (11-score)/5
 130      * which is {>1, >1, >1, >1, >1, >1, 1, 0.8, 0.6, 0.4} for score 0-9
 131      * e.g. score 7 colour fades 80% of the way to white (255, 255, 255)
 132      */
 133     rcs.setConservationInc(40);
 134     Color colour = new Color(155, 105, 55);
 135     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(colour, 0));
 136     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(colour, 1));
 137     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(colour, 2));
 138     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(colour, 3));
 139     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(colour, 4));
 140     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(colour, 5));
 141     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(colour, 6));
 142     assertEquals(new Color(235, 225, 215), rcs.applyConservation(colour, 7));
 143     assertEquals(new Color(215, 195, 175), rcs.applyConservation(colour, 8));
 144     assertEquals(new Color(195, 165, 135), rcs.applyConservation(colour, 9));
 145     assertEquals(colour, rcs.applyConservation(colour, 10));
 146     assertEquals(colour, rcs.applyConservation(colour, 11));
 147     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(colour, 12));
 148   }
 149 }