test/jalview/schemes/ScoreMatrixPrinter.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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   4  *
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix;
  24 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  25 import jalview.gui.JvOptionPane;
  26
  27 import java.util.Map;
  28
  29 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  30 import org.testng.annotations.Test;
  31
  32 public class ScoreMatrixPrinter
  33 {
  34
  35   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  36   public void setUpJvOptionPane()
  37   {
  38     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  39     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  40   }
  41
  42   @Test(groups = { "Functional" })
  43   public void printAllMatrices()
  44   {
  45     for (Map.Entry<String, ScoreModelI> sm : ResidueProperties.scoreMatrices
  46             .entrySet())
  47     {
  48       System.out.println("Matrix " + sm.getKey());
  49       System.out.println(sm.getValue().toString());
  50     }
  51   }
  52
  53   @Test(groups = { "Functional" })
  54   public void printHTMLMatrices()
  55   {
  56     for (Map.Entry<String, ScoreModelI> _sm : ResidueProperties.scoreMatrices
  57             .entrySet())
  58     {
  59       if (_sm.getValue() instanceof ScoreMatrix)
  60       {
  61         ScoreMatrix sm = (ScoreMatrix) _sm.getValue();
  62         System.out.println("Matrix " + _sm.getKey());
  63         System.out.println(sm.outputMatrix(true));
  64       }
  65     }
  66   }
  67
  68 }