test/jalview/schemes/ScoreMatrixTest.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4
   5 import org.testng.annotations.Test;
   6
   7 public class ScoreMatrixTest
   8 {
   9   @Test(groups = "Functional")
  10   public void testSymmetric()
  11   {
  12     verifySymmetric(ResidueProperties.getScoreMatrix("BLOSUM62"));
  13     verifySymmetric(ResidueProperties.getScoreMatrix("PAM250"));
  14     verifySymmetric(ResidueProperties.getScoreMatrix("DNA"));
  15   }
  16
  17   private void verifySymmetric(ScoreMatrix sm)
  18   {
  19     int[][] m = sm.getMatrix();
  20     int rows = m.length;
  21     for (int row = 0; row < rows; row++)
  22     {
  23       assertEquals(m[row].length, rows);
  24       for (int col = 0; col < rows; col++)
  25       {
  26         // if (m[row][col] != m[col][row])
  27         // {
  28         // System.out.println(String.format("%s [%d, %d] [%s, %s]",
  29         // sm.getName(), m[row][col], m[col][row],
  30         // ResidueProperties.aa[row],
  31         // ResidueProperties.aa[col]));
  32         // }
  33         assertEquals(m[row][col], m[col][row], String.format("%s [%s, %s]",
  34                 sm.getName(), ResidueProperties.aa[row],
  35                 ResidueProperties.aa[col]));
  36       }
  37     }
  38
  39     /*
  40      * also check the score matrix is sized for
  41      * the number of symbols scored, plus gap
  42      */
  43     assertEquals(rows, (sm.isDNA() ? ResidueProperties.maxNucleotideIndex
  44             : ResidueProperties.maxProteinIndex) + 1);
  45   }
  46 }