test/jalview/structure/AtomSpecTest.java

   1 package jalview.structure;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertNull;
   5 import static org.testng.Assert.fail;
   6
   7 import org.testng.annotations.Test;
   8
   9 public class AtomSpecTest
  10 {
  11   @Test
  12   public void testFromChimeraAtomSpec()
  13   {
  14     AtomSpec as = AtomSpec.fromChimeraAtomspec("#1:12.B");
  15     assertEquals(as.getModelNumber(), 1);
  16     assertEquals(as.getPdbResNum(), 12);
  17     assertEquals(as.getChain(), "B");
  18     assertNull(as.getPdbFile());
  19
  20     // no model - default to zero
  21     as = AtomSpec.fromChimeraAtomspec(":13.C");
  22     assertEquals(as.getModelNumber(), 0);
  23     assertEquals(as.getPdbResNum(), 13);
  24     assertEquals(as.getChain(), "C");
  25     assertNull(as.getPdbFile());
  26
  27     // model.submodel
  28     as = AtomSpec.fromChimeraAtomspec("#3.2:15");
  29     assertEquals(as.getModelNumber(), 3);
  30     assertEquals(as.getPdbResNum(), 15);
  31     assertEquals(as.getChain(), "");
  32     assertNull(as.getPdbFile());
  33
  34     String spec = "3:12.B";
  35     try
  36     {
  37       as = AtomSpec.fromChimeraAtomspec(spec);
  38       fail("Expected exception for " + spec);
  39     } catch (IllegalArgumentException e)
  40     {
  41       // ok
  42     }
  43
  44     spec = "#3:12-14.B";
  45     try
  46     {
  47       as = AtomSpec.fromChimeraAtomspec(spec);
  48       fail("Expected exception for " + spec);
  49     } catch (IllegalArgumentException e)
  50     {
  51       // ok
  52     }
  53
  54     spec = "";
  55     try
  56     {
  57       as = AtomSpec.fromChimeraAtomspec(spec);
  58       fail("Expected exception for " + spec);
  59     } catch (IllegalArgumentException e)
  60     {
  61       // ok
  62     }
  63
  64     spec = null;
  65     try
  66     {
  67       as = AtomSpec.fromChimeraAtomspec(spec);
  68       fail("Expected exception for " + spec);
  69     } catch (NullPointerException e)
  70     {
  71       // ok
  72     }
  73   }
  74 }