test/jalview/structure/Mapping.java

   1 package jalview.structure;
   2
   3 import static org.junit.Assert.assertEquals;
   4 import static org.junit.Assert.assertTrue;
   5 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   6 import jalview.datamodel.Annotation;
   7 import jalview.datamodel.Sequence;
   8 import jalview.datamodel.SequenceI;
   9
  10 import org.junit.Test;
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  12 import MCview.PDBfile;
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  14 public class Mapping
  15 {
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  17   @Test
  18   public void testPDBentryMapping() throws Exception
  19   {
  20     Sequence sq = new Sequence(
  21             "1GAQ A subseq 126 to 219",
  22             "EIVKGVCSNFLCDLQPGDNVQITGPVGKEMLMPKDPNATIIMLATGTGIAPFRSFLWKMFFEKHDDYKFNGLGWLFLGVPTSSSLLYKEEFGKM");
  23     Sequence sq1 = new Sequence(sq);
  24     String inFile;
  25     StructureSelectionManager ssm = new jalview.structure.StructureSelectionManager();
  26     // Associate the 1GAQ pdb file with the subsequence 'imported' from another
  27     // source
  28     PDBfile pde = ssm.setMapping(true, new SequenceI[]
  29     { sq }, new String[]
  30     { "A" }, inFile = "examples/1gaq.txt", jalview.io.FormatAdapter.FILE);
  31     assertTrue("PDB File couldn't be found", pde != null);
  32     StructureMapping[] mp = ssm.getMapping(inFile);
  33     assertTrue("No mappings made.", mp != null && mp.length > 0);
  34     int nsecStr = 0, nsTemp = 0;
  35     // test for presence of transferred annotation on sequence
  36     for (AlignmentAnnotation alan : sq.getAnnotation())
  37     {
  38       if (alan.hasIcons)
  39       {
  40         nsecStr++;
  41       }
  42       if (alan.graph == alan.LINE_GRAPH)
  43       {
  44         nsTemp++;
  45       }
  46     }
  47     assertEquals(
  48             "Only one secondary structure should be transferred to associated sequence.",
  49             1, nsecStr);
  50     assertEquals(
  51             "Only two line graphs should be transferred to associated sequence.",
  52             2, nsTemp);
  53     // Now test the transfer function and compare annotated positions
  54     for (StructureMapping origMap:mp)
  55     {
  56       if (origMap.getSequence()==sq)
  57       {
  58         assertEquals("Mapping was incomplete.", sq.getLength() - 1,
  59                 (origMap.getPDBResNum(sq.getEnd()) - origMap
  60                         .getPDBResNum(sq.getStart())));
  61         // sanity check - if this fails, mapping from first position in sequence
  62         // we want to transfer to is not where we expect
  63         assertEquals(1, origMap.getSeqPos(126));
  64         SequenceI firstChain = pde.getSeqs().get(0);
  65         // Compare the annotated positions on the PDB chain sequence with the
  66         // annotation on the associated sequence
  67         for (AlignmentAnnotation alan : firstChain.getAnnotation())
  68         {
  69           AlignmentAnnotation transfer = origMap.transfer(alan);
  70           System.out.println("pdb:" + firstChain.getSequenceAsString());
  71           System.out.println("ann:" + alan.toString());
  72           System.out.println("pdb:" + sq.getSequenceAsString());
  73           System.out.println("ann:" + transfer.toString());
  74
  75           for (int p = 0, pSize = firstChain.getLength() - 1; p < pSize; p++)
  76           {
  77             // walk along the pdb chain's jalview sequence
  78             int rseqpos;
  79             int fpos = origMap.getSeqPos(rseqpos = firstChain
  80                     .findPosition(p));
  81             // only look at positions where there is a corresponding position in
  82             // mapping
  83             if (fpos < 1)
  84             {
  85               continue;
  86             }
  87             // p is index into PDB residue entries
  88             // rseqpos is pdb sequence position for position p
  89             // fpos is sequence position for associated position for rseqpos
  90             int tanpos = sq.findIndex(fpos);
  91             if (transfer.annotations.length <= tanpos)
  92             {
  93               // gone beyond mapping to the sequence
  94               break;
  95             }
  96             Annotation a = transfer.annotations[sq.findIndex(fpos)], b = alan.annotations[p];
  97             assertEquals("Non-equivalent annotation element at " + p + "("
  98                     + rseqpos + ")"
  99                             + " expected at " + fpos + " (alIndex "
 100                             + sq.findIndex(fpos) + ")",
 101                     a == null ? a : a.toString(),
 102                     b == null ? b : b.toString());
 103             System.out.print("(" + a + "|" + b + ")");
 104           }
 105
 106         }
 107       }
 108     }
 109   }
 110
 111 }