test/jalview/structure/StructureMappingTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.structure;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  25 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  26
  27 import jalview.datamodel.Mapping;
  28 import jalview.datamodel.Sequence;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30 import jalview.util.MapList;
  31
  32 import java.util.HashMap;
  33 import java.util.List;
  34
  35 import org.testng.annotations.Test;
  36
  37 public class StructureMappingTest
  38 {
  39   @Test(groups = "Functional")
  40   public void testGetPDBResNumRanges()
  41   {
  42     HashMap<Integer, int[]> map = new HashMap<>();
  43
  44     StructureMapping mapping = new StructureMapping(null, null, null, null,
  45             map, null);
  46
  47     List<int[]> ranges = mapping.getPDBResNumRanges(1, 2);
  48     assertTrue(ranges.isEmpty());
  49
  50     map.put(1, new int[] { 12, 20 }); // 1 maps to 12
  51     ranges = mapping.getPDBResNumRanges(2, 3);
  52     assertTrue(ranges.isEmpty());
  53     ranges = mapping.getPDBResNumRanges(1, 2);
  54     assertEquals(ranges.size(), 1);
  55     assertEquals(ranges.get(0)[0], 12);
  56     assertEquals(ranges.get(0)[1], 12);
  57
  58     map.put(2, new int[] { 13, 20 }); // 2 maps to 13
  59     ranges = mapping.getPDBResNumRanges(1, 2);
  60     assertEquals(ranges.size(), 1);
  61     assertEquals(ranges.get(0)[0], 12);
  62     assertEquals(ranges.get(0)[1], 13);
  63
  64     map.put(3, new int[] { 15, 20 }); // 3 maps to 15 - break
  65     ranges = mapping.getPDBResNumRanges(1, 5);
  66     assertEquals(ranges.size(), 2);
  67     assertEquals(ranges.get(0)[0], 12);
  68     assertEquals(ranges.get(0)[1], 13);
  69     assertEquals(ranges.get(1)[0], 15);
  70     assertEquals(ranges.get(1)[1], 15);
  71   }
  72
  73   @Test(groups = "Functional")
  74   public void testEquals()
  75   {
  76     SequenceI seq1 = new Sequence("seq1", "ABCDE");
  77     SequenceI seq2 = new Sequence("seq1", "ABCDE");
  78     String pdbFile = "a/b/file1.pdb";
  79     String pdbId = "1a70";
  80     String chain = "A";
  81     String mappingDetails = "these are the mapping details, honest";
  82     HashMap<Integer, int[]> map = new HashMap<>();
  83
  84     Mapping seqToPdbMapping = new Mapping(seq1,
  85             new MapList(new int[]
  86             { 1, 5 }, new int[] { 2, 6 }, 1, 1));
  87     StructureMapping sm1 = new StructureMapping(seq1, pdbFile, pdbId, chain,
  88             map, mappingDetails, seqToPdbMapping);
  89     assertFalse(sm1.equals(null));
  90     assertFalse(sm1.equals("x"));
  91
  92     StructureMapping sm2 = new StructureMapping(seq1, pdbFile, pdbId, chain,
  93             map, mappingDetails, seqToPdbMapping);
  94     assertTrue(sm1.equals(sm2));
  95     assertTrue(sm2.equals(sm1));
  96     assertEquals(sm1.hashCode(), sm2.hashCode());
  97
  98     // with different sequence
  99     sm2 = new StructureMapping(seq2, pdbFile, pdbId, chain, map,
 100             mappingDetails, seqToPdbMapping);
 101     assertFalse(sm1.equals(sm2));
 102     assertFalse(sm2.equals(sm1));
 103
 104     // with different file
 105     sm2 = new StructureMapping(seq1, "a/b/file2.pdb", pdbId, chain, map,
 106             mappingDetails, seqToPdbMapping);
 107     assertFalse(sm1.equals(sm2));
 108     assertFalse(sm2.equals(sm1));
 109
 110     // with different pdbid (case sensitive)
 111     sm2 = new StructureMapping(seq1, pdbFile, "1A70", chain, map,
 112             mappingDetails, seqToPdbMapping);
 113     assertFalse(sm1.equals(sm2));
 114     assertFalse(sm2.equals(sm1));
 115
 116     // with different chain
 117     sm2 = new StructureMapping(seq1, pdbFile, pdbId, "B", map,
 118             mappingDetails, seqToPdbMapping);
 119     assertFalse(sm1.equals(sm2));
 120     assertFalse(sm2.equals(sm1));
 121
 122     // map is ignore for this test
 123     sm2 = new StructureMapping(seq1, pdbFile, pdbId, chain, null,
 124             mappingDetails, seqToPdbMapping);
 125     assertTrue(sm1.equals(sm2));
 126     assertTrue(sm2.equals(sm1));
 127
 128     // with different mapping details
 129     sm2 = new StructureMapping(seq1, pdbFile, pdbId, chain, map,
 130             "different details!", seqToPdbMapping);
 131     assertFalse(sm1.equals(sm2));
 132     assertFalse(sm2.equals(sm1));
 133
 134     // with different seq to pdb mapping
 135     Mapping map2 = new Mapping(seq1,
 136             new MapList(new int[]
 137             { 1, 5 }, new int[] { 3, 7 }, 1, 1));
 138     sm2 = new StructureMapping(seq1, pdbFile, pdbId, chain, map,
 139             mappingDetails, map2);
 140     assertFalse(sm1.equals(sm2));
 141     assertFalse(sm2.equals(sm1));
 142   }
 143 }