create method to test HMM model as string
[jalview.git] / test / jalview / structure / StructureMappingTest.java
1 package jalview.structure;
2
3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
4 import static org.testng.Assert.assertTrue;
5
6 import java.util.HashMap;
7 import java.util.List;
8
9 import org.testng.annotations.Test;
10
11 public class StructureMappingTest
12 {
13   @Test(groups = "Functional")
14   public void testgetPDBResNumRanges()
15   {
16     HashMap<Integer, int[]> map = new HashMap<Integer, int[]>();
17
18     StructureMapping mapping = new StructureMapping(null, null, null, null,
19             map, null);
20
21     List<int[]> ranges = mapping.getPDBResNumRanges(1, 2);
22     assertTrue(ranges.isEmpty());
23
24     map.put(1, new int[] { 12, 20 }); // 1 maps to 12
25     ranges = mapping.getPDBResNumRanges(2, 3);
26     assertTrue(ranges.isEmpty());
27     ranges = mapping.getPDBResNumRanges(1, 2);
28     assertEquals(ranges.size(), 1);
29     assertEquals(ranges.get(0)[0], 12);
30     assertEquals(ranges.get(0)[1], 12);
31
32     map.put(2, new int[] { 13, 20 }); // 2 maps to 13
33     ranges = mapping.getPDBResNumRanges(1, 2);
34     assertEquals(ranges.size(), 1);
35     assertEquals(ranges.get(0)[0], 12);
36     assertEquals(ranges.get(0)[1], 13);
37
38     map.put(3, new int[] { 15, 20 }); // 3 maps to 15 - break
39     ranges = mapping.getPDBResNumRanges(1, 5);
40     assertEquals(ranges.size(), 2);
41     assertEquals(ranges.get(0)[0], 12);
42     assertEquals(ranges.get(0)[1], 13);
43     assertEquals(ranges.get(1)[0], 15);
44     assertEquals(ranges.get(1)[1], 15);
45   }
46 }