test/jalview/structure/StructureSelectionManagerTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.structure;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25
  26 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  27 import jalview.datamodel.Sequence;
  28 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30 import jalview.io.FormatAdapter;
  31 import jalview.io.StructureFile;
  32
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.List;
  35
  36 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  37 import org.testng.annotations.Test;
  38
  39 public class StructureSelectionManagerTest
  40 {
  41   private StructureSelectionManager ssm;
  42
  43   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  44   public void setUp()
  45   {
  46     ssm = new StructureSelectionManager();
  47   }
  48
  49   @Test(groups = { "Functional" })
  50   public void testRegisterMapping()
  51   {
  52     AlignedCodonFrame acf1 = new AlignedCodonFrame();
  53     AlignedCodonFrame acf2 = new AlignedCodonFrame();
  54
  55     ssm.registerMapping(acf1);
  56     assertEquals(1, ssm.getSequenceMappings().size());
  57     assertTrue(ssm.getSequenceMappings().contains(acf1));
  58
  59     ssm.registerMapping(acf2);
  60     assertEquals(2, ssm.getSequenceMappings().size());
  61     assertTrue(ssm.getSequenceMappings().contains(acf1));
  62     assertTrue(ssm.getSequenceMappings().contains(acf2));
  63
  64     /*
  65      * Re-adding the first mapping does nothing
  66      */
  67     ssm.registerMapping(acf1);
  68     assertEquals(2, ssm.getSequenceMappings().size());
  69     assertTrue(ssm.getSequenceMappings().contains(acf1));
  70     assertTrue(ssm.getSequenceMappings().contains(acf2));
  71   }
  72
  73   @Test(groups = { "Functional" })
  74   public void testRegisterMappings()
  75   {
  76     AlignedCodonFrame acf1 = new AlignedCodonFrame();
  77     AlignedCodonFrame acf2 = new AlignedCodonFrame();
  78     AlignedCodonFrame acf3 = new AlignedCodonFrame();
  79
  80     List<AlignedCodonFrame> set1 = new ArrayList<AlignedCodonFrame>();
  81     set1.add(acf1);
  82     set1.add(acf2);
  83     List<AlignedCodonFrame> set2 = new ArrayList<AlignedCodonFrame>();
  84     set2.add(acf2);
  85     set2.add(acf3);
  86
  87     /*
  88      * Add both sets twice; each mapping should be added once only
  89      */
  90     ssm.registerMappings(set1);
  91     ssm.registerMappings(set1);
  92     ssm.registerMappings(set2);
  93     ssm.registerMappings(set2);
  94
  95     assertEquals(3, ssm.getSequenceMappings().size());
  96     assertTrue(ssm.getSequenceMappings().contains(acf1));
  97     assertTrue(ssm.getSequenceMappings().contains(acf2));
  98     assertTrue(ssm.getSequenceMappings().contains(acf3));
  99   }
 100
 101   /**
 102    * Verify that RESNUM sequence features are present after creating a PDB
 103    * mapping
 104    */
 105   @Test(groups = { "Functional" })
 106   public void testSetMapping_seqFeatures()
 107   {
 108     SequenceI seq = new Sequence(
 109             "1GAQ|B",
 110             "ATYNVKLITPEGEVELQVPDDVYILDQAEEDGIDLPYSCRAGSCSSCAGKVVSGSVDQSDQSYLDDGQIADGWVLTCHAYPTSDVVIETHKEEELTGA");
 111     StructureSelectionManager sm = new StructureSelectionManager();
 112     sm.setProcessSecondaryStructure(true);
 113     sm.setAddTempFacAnnot(true);
 114     StructureFile pmap = sm.setMapping(true, new SequenceI[] { seq },
 115             new String[] { null }, "examples/1gaq.txt", FormatAdapter.FILE);
 116     assertTrue(pmap != null);
 117
 118     assertEquals(3, pmap.getSeqs().size());
 119     assertEquals("1GAQ|A", pmap.getSeqs().get(0).getName());
 120     assertEquals("1GAQ|B", pmap.getSeqs().get(1).getName());
 121     assertEquals("1GAQ|C", pmap.getSeqs().get(2).getName());
 122
 123     /*
 124      * Verify a RESNUM sequence feature in the PDBfile sequence
 125      */
 126     SequenceFeature sf = pmap.getSeqs().get(0).getSequenceFeatures()[0];
 127     assertEquals("RESNUM", sf.getType());
 128     assertEquals("1gaq", sf.getFeatureGroup());
 129     assertEquals("GLU:  19  1gaqA", sf.getDescription());
 130
 131     /*
 132      * Verify a RESNUM sequence feature in the StructureSelectionManager mapped
 133      * sequence
 134      */
 135     StructureMapping map = sm.getMapping("examples/1gaq.txt")[0];
 136     sf = map.sequence.getSequenceFeatures()[0];
 137     assertEquals("RESNUM", sf.getType());
 138     assertEquals("1gaq", sf.getFeatureGroup());
 139     assertEquals("ALA:   1  1gaqB", sf.getDescription());
 140   }
 141 }