test/jalview/urls/IdentifiersUrlProviderTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21
  22 package jalview.urls;
  23
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  27
  28 import jalview.urls.api.UrlProviderI;
  29
  30 import java.io.File;
  31 import java.io.FileWriter;
  32 import java.util.Arrays;
  33 import java.util.HashMap;
  34 import java.util.Vector;
  35
  36 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  37 import org.testng.annotations.Test;
  38
  39 public class IdentifiersUrlProviderTest
  40 {
  41   private static final String testIdOrgFile = "{\"Local\": [{\"id\":\"MIR:00000002\",\"name\":\"ChEBI\",\"pattern\":\"^CHEBI:\\d+$\","
  42           + "\"definition\":\"Chemical Entities of Biological Interest (ChEBI)\",\"prefix\":\"chebi\","
  43           + "\"url\":\"http://identifiers.org/chebi\"},{\"id\":\"MIR:00000005\",\"name\":\"UniProt Knowledgebase\","
  44           + "\"pattern\":\"^([A-N,R-Z][0-9]([A-Z][A-Z, 0-9][A-Z, 0-9][0-9]){1,2})|([O,P,Q][0-9][A-Z, 0-9][A-Z, 0-9][A-Z, 0-9][0-9])(\\.\\d+)?$\","
  45           + "\"definition\":\"The UniProt Knowledgebase (UniProtKB)\",\"prefix\":\"uniprot\",\"url\":\"http://identifiers.org/uniprot\"},"
  46           + "{\"id\":\"MIR:00000011\",\"name\":\"InterPro\",\"pattern\":\"^IPR\\d{6}$\",\"definition\":\"InterPro\",\"prefix\":\"interpro\","
  47           + "\"url\":\"http://identifiers.org/interpro\"},"
  48           + "{\"id\":\"MIR:00000372\",\"name\":\"ENA\",\"pattern\":\"^[A-Z]+[0-9]+(\\.\\d+)?$\",\"definition\":\"The European Nucleotide Archive (ENA),\""
  49           + "\"prefix\":\"ena.embl\",\"url\":\"http://identifiers.org/ena.embl\"}]}";
  50
  51   private static final String[] dlinks = {
  52       "UniProt Knowledgebase|http://identifiers.org/uniprot/$DB_ACCESSION$|uniprot",
  53       "InterPro|http://identifiers.org/interpro/$DB_ACCESSION$|interpro",
  54       "ENA|http://identifiers.org/ena.embl/$DB_ACCESSION$|ena.embl" };
  55
  56   private static final String[] dlinks1 = {
  57       "MIR:00000011|http://identifiers.org/interpro/$DB_ACCESSION$",
  58       "MIR:00000372|http://identifiers.org/ena.embl/$DB_ACCESSION$" };
  59
  60   private static final String[] dlinks2 = {
  61       "MIR:00000005|http://identifiers.org/uniprot/$DB_ACCESSION$",
  62       "MIR:00000011|http://identifiers.org/interpro/$DB_ACCESSION$" };
  63
  64   private static final String stringLinks = "MIR:00000005|http://identifiers.org/uniprot/$DB_ACCESSION$"
  65           + "MIR:00000011|http://identifiers.org/interpro/$DB_ACCESSION$"
  66           + "MIR:00000372|http://identifiers.org/ena.embl/$DB_ACCESSION$";
  67
  68   private static final String[] unselDlinks = { "ChEBI|http://identifiers.org/chebi/$DB_ACCESSION$" };
  69
  70   private static final Vector<String> displayLinks = new Vector<String>(
  71         Arrays.asList(dlinks));
  72
  73   private static final Vector<String> unselDisplayLinks = new Vector<String>(
  74           Arrays.asList(unselDlinks));
  75
  76   private static final Vector<String> displayLinks1 = new Vector<String>(
  77           Arrays.asList(dlinks1));
  78
  79   private static final Vector<String> displayLinks2 = new Vector<String>(
  80           Arrays.asList(dlinks2));
  81
  82   private static final HashMap<String, String> urlMap = new HashMap<String, String>()
  83   {
  84     {
  85       put("MIR:00000005", "http://identifiers.org/uniprot/$DB_ACCESSION$");
  86       put("MIR:00000011", "http://identifiers.org/interpro/$DB_ACCESSION$");
  87       put("MIR:00000372", "http://identifiers.org/ena.embl/$DB_ACCESSION$");
  88     }
  89   };
  90
  91   private String testfile = "";
  92
  93
  94   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  95   public void setup()
  96   {
  97     // setup test ids in a file
  98     File outFile = null;
  99     try
 100     {
 101       outFile = File.createTempFile("testidsfile", "txt");
 102       outFile.deleteOnExit();
 103
 104       FileWriter fw = new FileWriter(outFile);
 105       fw.write(testIdOrgFile);
 106       fw.close();
 107
 108       testfile = outFile.getAbsolutePath();
 109
 110     } catch (Exception ex)
 111     {
 112       System.err.println(ex);
 113     }
 114
 115     IdOrgSettings.setDownloadLocation(testfile);
 116   }
 117
 118   /*
 119    * Test urls are set and returned correctly
 120    */
 121   @Test(groups = { "Functional" })
 122   public void testUrlLinks()
 123   {
 124     // creation from cached id list
 125     String idList = "MIR:00000005|MIR:00000011|MIR:00000372";
 126     UrlProviderI idProv = new IdentifiersUrlProvider(idList);
 127
 128     assertTrue(displayLinks.containsAll(idProv.getLinksForMenu()));
 129
 130     // because UrlProvider does not guarantee order of links, we can't just
 131     // compare the output of writeUrlsAsString to a string, hence the hoops here
 132     String result = idProv.writeUrlsAsString(true);
 133     UrlProviderI up = new IdentifiersUrlProvider(result);
 134     assertTrue(displayLinks.containsAll(up.getLinksForMenu()));
 135
 136     result = idProv.writeUrlsAsString(false);
 137     up = new IdentifiersUrlProvider(result);
 138     assertTrue(unselDisplayLinks.containsAll(up.getLinksForMenu()));
 139
 140   }
 141
 142   /*
 143    * Test default is set and returned correctly
 144    */
 145   @Test(groups = { "Functional" })
 146   public void testDefaultUrl()
 147   {
 148     // creation from cached id list
 149     String idList = "MIR:00000005|MIR:00000011|MIR:00000372";
 150     UrlProviderI idProv = new IdentifiersUrlProvider(idList);
 151
 152     // initially no default
 153     assertEquals(null, idProv.getPrimaryUrl("seqid"));
 154
 155     // set and then retrieve default
 156     assertTrue(idProv.setPrimaryUrl("MIR:00000005"));
 157     assertEquals("http://identifiers.org/uniprot/seqid",
 158             idProv.getPrimaryUrl("seqid"));
 159
 160     // ids less than length 4 return null
 161     assertEquals(null,
 162             idProv.getPrimaryUrl("123"));
 163
 164     // attempt to set bad default
 165     assertFalse(idProv.setPrimaryUrl("MIR:00001234"));
 166     // default set to null (as default should have been set elsewhere)
 167     assertEquals(null, idProv.getPrimaryUrl("seqid"));
 168
 169     // chooseDefaultUrl not implemented for IdentifiersUrlProvider
 170     assertEquals(null, idProv.choosePrimaryUrl());
 171   }
 172 }