test/jalview/urls/UrlLinkTableModelTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21
  22 package jalview.urls;
  23
  24 import static jalview.util.UrlConstants.DELIM;
  25 import static jalview.util.UrlConstants.SEP;
  26 import static jalview.util.UrlConstants.SEQUENCE_ID;
  27
  28 import jalview.urls.api.UrlProviderI;
  29 import jalview.util.MessageManager;
  30
  31 import java.io.BufferedWriter;
  32 import java.io.File;
  33 import java.io.FileWriter;
  34 import java.io.IOException;
  35 import java.util.ArrayList;
  36 import java.util.List;
  37
  38 import javax.swing.event.TableModelListener;
  39
  40 import org.testng.Assert;
  41 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  42 import org.testng.annotations.Test;
  43
  44 public class UrlLinkTableModelTest {
  45
  46   private static final String inmenu = "TEST|http://someurl.blah/$DB_ACCESSION$|"
  47           + "ANOTHER|http://test/t$SEQUENCE_ID$|"
  48           + "TEST2|http://address/$SEQUENCE_ID$|SRS|"
  49           + "http://theSRSlink/$SEQUENCE_ID$|"
  50           + "MIR:00000005|MIR:00000011|MIR:00000372";
  51
  52   private static final String notinmenu = "Not1|http://not.in.menu/$DB_ACCESSION$|"
  53           + "Not2|http://not.in.menu.either/$DB_ACCESSION$";
  54
  55   // Test identifiers.org download file
  56   private static final String testIdOrgString = "[{\"id\":\"MIR:00000002\",\"name\":\"ChEBI\",\"pattern\":\"^CHEBI:\\d+$\","
  57           + "\"definition\":\"Chemical Entities of Biological Interest (ChEBI)\",\"prefix\":\"chebi\","
  58           + "\"url\":\"http://identifiers.org/chebi\"},{\"id\":\"MIR:00000005\",\"name\":\"UniProt Knowledgebase\","
  59           + "\"pattern\":\"^([A-N,R-Z][0-9]([A-Z][A-Z, 0-9][A-Z, 0-9][0-9]){1,2})|([O,P,Q][0-9][A-Z, 0-9][A-Z, 0-9][A-Z, 0-9][0-9])(\\.\\d+)?$\","
  60           + "\"definition\":\"The UniProt Knowledgebase (UniProtKB)\",\"prefix\":\"uniprot\",\"url\":\"http://identifiers.org/uniprot\"},"
  61           + "{\"id\":\"MIR:00000011\",\"name\":\"InterPro\",\"pattern\":\"^IPR\\d{6}$\",\"definition\":\"InterPro\",\"prefix\":\"interpro\","
  62           + "\"url\":\"http://identifiers.org/interpro\"},"
  63           + "{\"id\":\"MIR:00000372\",\"name\":\"ENA\",\"pattern\":\"^[A-Z]+[0-9]+(\\.\\d+)?$\",\"definition\":\"The European Nucleotide Archive (ENA),\""
  64           + "\"prefix\":\"ena.embl\",\"url\":\"http://identifiers.org/ena.embl\"}]";
  65
  66   private UrlProviderI prov;
  67
  68   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  69   public void setup()
  70   {
  71     // set up UrlProvider data as the source for the TableModel
  72     // the data gets updated by the TableModel, so needs to be reinitialised for
  73     // each test
  74
  75     // make a dummy identifiers.org download file
  76     File temp = null;
  77     try
  78     {
  79       temp = File.createTempFile("tempfile", ".tmp");
  80       temp.deleteOnExit();
  81       BufferedWriter bw = new BufferedWriter(new FileWriter(temp));
  82       bw.write(testIdOrgString);
  83       bw.close();
  84     } catch (IOException e)
  85     {
  86       System.out.println("Error initialising UrlLinkTableModel test: "
  87               + e.getMessage());
  88     }
  89
  90     // set up custom and identifiers.org url providers
  91     IdOrgSettings.setDownloadLocation(temp.getPath());
  92     IdentifiersUrlProvider idprov = new IdentifiersUrlProvider(inmenu);
  93     CustomUrlProvider cprov = new CustomUrlProvider(inmenu, notinmenu);
  94     List<UrlProviderI> provlist = new ArrayList<UrlProviderI>();
  95     provlist.add(idprov);
  96     provlist.add(cprov);
  97
  98     prov = new UrlProvider("TEST2", provlist);
  99   }
 100
 101   /*
 102    * Test that the table model is correctly initialised
 103    * Display columns and default row are set; data provider listening event set up
 104    */
 105   @Test(groups = { "Functional" })
 106   public void testInitialisation()
 107   {
 108     int defaultCol = 4;
 109     int dbCol = 0;
 110     int descCol = 1;
 111
 112     UrlLinkTableModel m = new UrlLinkTableModel(prov);
 113
 114     // exactly one table model listener
 115     TableModelListener[] listeners = m
 116             .getListeners(TableModelListener.class);
 117     Assert.assertEquals(listeners.length, 1);
 118
 119     // default row exists, there is exactly 1, and it matches the supplied
 120     // default
 121     int count = 0;
 122     for (int row = 0; row < m.getRowCount(); row++)
 123     {
 124       boolean isDefault = (boolean) m.getValueAt(row, defaultCol);
 125       if (isDefault)
 126       {
 127         count++;
 128         String defaultDBName = (String) m.getValueAt(row, dbCol);
 129         Assert.assertEquals(defaultDBName, "TEST2");
 130
 131         String defaultDesc = (String) m.getValueAt(row, descCol);
 132         Assert.assertEquals(defaultDesc, "TEST2");
 133       }
 134     }
 135     Assert.assertEquals(count, 1);
 136   }
 137
 138   /*
 139    * Test row and column counts
 140    */
 141   @Test(groups = { "Functional" })
 142   public void testCounts()
 143   {
 144     UrlLinkTableModel m = new UrlLinkTableModel(prov);
 145
 146     // correct numbers of column and rows
 147     Assert.assertEquals(m.getColumnCount(), 5);
 148     Assert.assertEquals(m.getRowCount(), 10);
 149   }
 150
 151   /*
 152    * Test column access
 153    */
 154   @Test(groups = { "Functional" })
 155   public void testColumns()
 156   {
 157     UrlLinkTableModel m = new UrlLinkTableModel(prov);
 158
 159     // check column names
 160     Assert.assertEquals(m.getColumnName(0),
 161             MessageManager.formatMessage("label.database"));
 162     Assert.assertEquals(m.getColumnName(1),
 163             MessageManager.formatMessage("label.name"));
 164     Assert.assertEquals(m.getColumnName(2),
 165             MessageManager.formatMessage("label.url"));
 166     Assert.assertEquals(m.getColumnName(3),
 167             MessageManager.formatMessage("label.inmenu"));
 168     Assert.assertEquals(m.getColumnName(4),
 169             MessageManager.formatMessage("label.primary"));
 170
 171     // check column classes
 172     Assert.assertEquals(m.getColumnClass(0), String.class);
 173     Assert.assertEquals(m.getColumnClass(1), String.class);
 174     Assert.assertEquals(m.getColumnClass(2), String.class);
 175     Assert.assertEquals(m.getColumnClass(3), Boolean.class);
 176     Assert.assertEquals(m.getColumnClass(4), Boolean.class);
 177   }
 178
 179   /*
 180    * Test row insertion
 181    */
 182   @Test(groups = { "Functional" })
 183   public void testRowInsert()
 184   {
 185     UrlLinkTableModel m = new UrlLinkTableModel(prov);
 186
 187     m.insertRow("newname", "newurl");
 188
 189     // check table has new row inserted
 190     Assert.assertEquals(m.getValueAt(10, 0), "newname");
 191     Assert.assertEquals(m.getValueAt(10, 1), "newname");
 192     Assert.assertEquals(m.getValueAt(10, 2), "newurl");
 193     Assert.assertEquals(m.getValueAt(10, 3), true);
 194     Assert.assertEquals(m.getValueAt(10, 4), false);
 195
 196     // check data source has new row insrte
 197     Assert.assertTrue(prov.getLinksForMenu().contains(
 198             "newname" + SEP + "newurl"));
 199   }
 200
 201   /*
 202    * Test row deletion
 203    */
 204   @Test(groups = { "Functional" })
 205   public void testRowDelete()
 206   {
 207     UrlLinkTableModel m = new UrlLinkTableModel(prov);
 208
 209     // get name and url at row 0
 210     String name = (String) m.getValueAt(0, 0);
 211     String url = (String) m.getValueAt(0, 1);
 212
 213     m.removeRow(0);
 214
 215     // check table no longer has row 0 elements in it
 216     for (int row = 0; row < m.getRowCount(); row++)
 217     {
 218       Assert.assertNotEquals(m.getValueAt(row, 0), name);
 219     }
 220
 221     // check data source likewise
 222     Assert.assertFalse(prov.getLinksForMenu().contains(name + SEP + url));
 223   }
 224
 225   /*
 226    * Test value setting and getting
 227    */
 228   @Test(groups = { "Functional" })
 229   public void testValues()
 230   {
 231     UrlLinkTableModel m = new UrlLinkTableModel(prov);
 232
 233     // get original default
 234     int olddefault;
 235     boolean isDefault = false;
 236     for (olddefault = 0; olddefault < m.getRowCount() && !isDefault; olddefault++)
 237     {
 238       isDefault = (boolean) m.getValueAt(olddefault, 3);
 239     }
 240
 241     // set new values, one in each row
 242     m.setValueAt("dbnamechanged", 6, 0);
 243     m.setValueAt("descchanged", 6, 1);
 244     m.setValueAt("urlchanged", 7, 2);
 245     m.setValueAt(false, 8, 3);
 246     m.setValueAt(true, 6, 4);
 247
 248     m.setValueAt("dbnamechanged", 5, 0);
 249
 250     // check values updated in table
 251     Assert.assertEquals(m.getValueAt(6, 0), "descchanged"); // custom url can't
 252                                                             // change db name
 253     Assert.assertEquals(m.getValueAt(6, 1), "descchanged");
 254     Assert.assertEquals(m.getValueAt(7, 2), "urlchanged");
 255     Assert.assertFalse((boolean) m.getValueAt(8, 3));
 256     Assert.assertTrue((boolean) m.getValueAt(6, 4));
 257     Assert.assertFalse((boolean) m.getValueAt(olddefault, 4));
 258
 259     Assert.assertEquals(m.getValueAt(5, 0), "dbnamechanged");
 260
 261     // check default row is exactly one row still
 262     for (int row = 0; row < m.getRowCount(); row++)
 263     {
 264       isDefault = (boolean) m.getValueAt(row, 4);
 265
 266       // if isDefault is true, row is 9
 267       // if isDefault is false, row is not 9
 268       Assert.assertFalse(isDefault && !(row == 6));
 269     }
 270
 271     // check table updated
 272     Assert.assertTrue(prov.writeUrlsAsString(true).contains(
 273             "descchanged" + SEP + m.getValueAt(6, 2)));
 274     Assert.assertTrue(prov.writeUrlsAsString(true).contains(
 275             m.getValueAt(7, 1) + SEP + "urlchanged"));
 276     Assert.assertTrue(prov.writeUrlsAsString(false).contains(
 277             (String) m.getValueAt(8, 1)));
 278     Assert.assertEquals(prov.getPrimaryUrl("seqid"), m.getValueAt(6, 2)
 279             .toString().replace(DELIM + SEQUENCE_ID + DELIM, "seqid"));
 280   }
 281
 282   /*
 283    * Test cell editability
 284    */
 285   @Test(groups = { "Functional" })
 286   public void testEditable()
 287   {
 288     UrlLinkTableModel m = new UrlLinkTableModel(prov);
 289
 290     for (int row = 0; row < m.getRowCount(); row++)
 291     {
 292       Assert.assertFalse(m.isCellEditable(row, 0));
 293       Assert.assertFalse(m.isCellEditable(row, 1));
 294       Assert.assertFalse(m.isCellEditable(row, 2));
 295       Assert.assertTrue(m.isCellEditable(row, 3));
 296
 297       if ((row == 4) || (row == 6) || (row == 7))
 298       {
 299         Assert.assertTrue(m.isCellEditable(row, 4));
 300       }
 301       else
 302       {
 303         Assert.assertFalse(m.isCellEditable(row, 4));
 304       }
 305     }
 306   }
 307
 308   /*
 309    * Test row 'deletability'
 310    */
 311   @Test(groups = { "Functional" })
 312   public void testDeletable()
 313   {
 314     UrlLinkTableModel m = new UrlLinkTableModel(prov);
 315
 316     for (int row = 0; row < m.getRowCount(); row++)
 317     {
 318       if (row > 4)
 319       {
 320         Assert.assertTrue(m.isRowDeletable(row));
 321       }
 322       else
 323       {
 324         Assert.assertFalse(m.isRowDeletable(row));
 325       }
 326     }
 327   }
 328
 329   /*
 330    * Test indirect row editability
 331    */
 332   @Test(groups = { "Functional" })
 333   public void testRowEditable()
 334   {
 335     UrlLinkTableModel m = new UrlLinkTableModel(prov);
 336
 337     for (int row = 0; row < m.getRowCount(); row++)
 338     {
 339       if (row > 3)
 340       {
 341         Assert.assertTrue(m.isRowEditable(row));
 342       }
 343       else
 344       {
 345         Assert.assertFalse(m.isRowEditable(row));
 346       }
 347     }
 348   }
 349 }