test/jalview/util/ComparisonTest.java

   1 package jalview.util;
   2
   3 import static org.junit.Assert.assertEquals;
   4 import static org.junit.Assert.assertFalse;
   5 import static org.junit.Assert.assertTrue;
   6 import jalview.datamodel.Sequence;
   7 import jalview.datamodel.SequenceI;
   8
   9 import org.junit.Test;
  10
  11 public class ComparisonTest
  12 {
  13
  14   @Test
  15   public void testIsGap()
  16   {
  17     assertTrue(Comparison.isGap('-'));
  18     assertTrue(Comparison.isGap('.'));
  19     assertTrue(Comparison.isGap(' '));
  20     assertFalse(Comparison.isGap('X'));
  21     assertFalse(Comparison.isGap('x'));
  22     assertFalse(Comparison.isGap('*'));
  23     assertFalse(Comparison.isGap('G'));
  24   }
  25
  26   /**
  27    * Test for isNucleotide is that sequences in a dataset are more than 85%
  28    * AGCTU. Test is not case-sensitive and ignores gaps.
  29    */
  30   @Test
  31   public void testIsNucleotide() {
  32     SequenceI seq = new Sequence("eightypercent", "agctuAGCPV");
  33     assertFalse(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[]
  34     { seq }));
  35
  36     seq = new Sequence("eightyfivepercent", "agctuAGCPVagctuAGCUV");
  37     assertFalse(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[]
  38     { seq }));
  39
  40     seq = new Sequence("nineypercent", "agctuAGCgVagctuAGCUV");
  41     assertTrue(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[]
  42     { seq }));
  43
  44     seq = new Sequence("eightyfivepercentgapped",
  45             "--agc--tuA--GCPV-a---gct-uA-GC---UV");
  46     assertFalse(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[]
  47     { seq }));
  48
  49     seq = new Sequence("nineypercentgapped",
  50             "ag--ct-u-A---GC---g----Vag--c---tuAGCUV");
  51     assertTrue(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[]
  52     { seq }));
  53
  54     seq = new Sequence("allgap", "---------");
  55     assertFalse(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[]
  56     { seq }));
  57
  58     seq = new Sequence("DNA", "ACTugGCCAG");
  59     SequenceI seq2 = new Sequence("Protein", "FLIMVSPTYW");
  60     assertTrue(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[]
  61     { seq, seq, seq, seq, seq, seq, seq, seq, seq, seq2 })); // 90% DNA
  62     assertFalse(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[]
  63     { seq, seq, seq, seq, seq, seq, seq, seq, seq2, seq2 })); // 80% DNA
  64
  65     seq = new Sequence("ProteinThatLooksLikeDNA", "WYATGCCTGAgtcgt");
  66     // 12/14 = 85.7%
  67     assertTrue(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[]
  68     { seq }));
  69
  70     assertFalse(Comparison.isNucleotide(null));
  71   }
  72
  73   /**
  74    * Test percentage identity calculation for two sequences.
  75    */
  76   @Test
  77   public void testPID_matchGaps()
  78   {
  79     String seq1 = "ABCDEF";
  80     String seq2 = "abcdef";
  81     assertEquals("identical", 100f, Comparison.PID(seq1, seq2), 0.001f);
  82
  83     // comparison range defaults to length of first sequence
  84     seq2 = "abcdefghijklmnopqrstuvwxyz";
  85     assertEquals("identical", 100f, Comparison.PID(seq1, seq2), 0.001f);
  86
  87     seq2 = "a---bcdef";
  88   }
  89 }