test/jalview/util/ComparisonTest.java

   1 package jalview.util;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
   5 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   6
   7 import jalview.datamodel.Sequence;
   8 import jalview.datamodel.SequenceI;
   9
  10 import org.testng.annotations.Test;
  11
  12 public class ComparisonTest
  13 {
  14
  15   @Test(groups ={ "Functional" })
  16   public void testIsGap()
  17   {
  18     assertTrue(Comparison.isGap('-'));
  19     assertTrue(Comparison.isGap('.'));
  20     assertTrue(Comparison.isGap(' '));
  21     assertFalse(Comparison.isGap('X'));
  22     assertFalse(Comparison.isGap('x'));
  23     assertFalse(Comparison.isGap('*'));
  24     assertFalse(Comparison.isGap('G'));
  25   }
  26
  27   /**
  28    * Test for isNucleotide is that sequences in a dataset are more than 85%
  29    * AGCTU. Test is not case-sensitive and ignores gaps.
  30    */
  31   @Test(groups ={ "Functional" })
  32   public void testIsNucleotide() {
  33     SequenceI seq = new Sequence("eightypercent", "agctuAGCPV");
  34     assertFalse(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[]
  35     { seq }));
  36     assertFalse(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[][]
  37     { new SequenceI[]
  38     { seq } }));
  39
  40     seq = new Sequence("eightyfivepercent", "agctuAGCPVagctuAGCUV");
  41     assertFalse(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[]
  42     { seq }));
  43
  44     seq = new Sequence("nineypercent", "agctuAGCgVagctuAGCUV");
  45     assertTrue(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[]
  46     { seq }));
  47
  48     seq = new Sequence("eightyfivepercentgapped",
  49             "--agc--tuA--GCPV-a---gct-uA-GC---UV");
  50     assertFalse(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[]
  51     { seq }));
  52
  53     seq = new Sequence("nineypercentgapped",
  54             "ag--ct-u-A---GC---g----Vag--c---tuAGCUV");
  55     assertTrue(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[]
  56     { seq }));
  57
  58     seq = new Sequence("allgap", "---------");
  59     assertFalse(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[]
  60     { seq }));
  61
  62     seq = new Sequence("DNA", "ACTugGCCAG");
  63     SequenceI seq2 = new Sequence("Protein", "FLIMVSPTYW");
  64     /*
  65      * 90% DNA:
  66      */
  67     assertTrue(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[]
  68     { seq, seq, seq, seq, seq, seq, seq, seq, seq, seq2 }));
  69     assertTrue(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[][]
  70     { new SequenceI[]
  71     { seq }, new SequenceI[]
  72     { seq, seq, seq }, new SequenceI[]
  73     { seq, seq, seq, seq, seq, seq2 } }));
  74     /*
  75      * 80% DNA:
  76      */
  77     assertFalse(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[]
  78     { seq, seq, seq, seq, seq, seq, seq, seq, seq2, seq2 }));
  79     assertFalse(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[][]
  80     { new SequenceI[]
  81     { seq }, new SequenceI[]
  82     { seq, seq, seq }, new SequenceI[]
  83     { seq, seq, seq, seq, seq2, seq2, null } }));
  84
  85     seq = new Sequence("ProteinThatLooksLikeDNA", "WYATGCCTGAgtcgt");
  86     // 12/14 = 85.7%
  87     assertTrue(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[]
  88     { seq }));
  89
  90     assertFalse(Comparison.isNucleotide((SequenceI[]) null));
  91     assertFalse(Comparison.isNucleotide((SequenceI[][]) null));
  92   }
  93
  94   /**
  95    * Test percentage identity calculation for two sequences.
  96    */
  97   @Test(groups ={ "Functional" })
  98   public void testPID_matchGaps()
  99   {
 100     String seq1 = "ABCDEF";
 101     String seq2 = "abcdef";
 102     assertEquals("identical", 100f, Comparison.PID(seq1, seq2), 0.001f);
 103
 104     // comparison range defaults to length of first sequence
 105     seq2 = "abcdefghijklmnopqrstuvwxyz";
 106     assertEquals("identical", 100f, Comparison.PID(seq1, seq2), 0.001f);
 107
 108     seq2 = "a---bcdef";
 109   }
 110 }