test/jalview/util/ComparisonTest.java

   1 package jalview.util;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
   5 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   6
   7 import jalview.datamodel.Sequence;
   8 import jalview.datamodel.SequenceI;
   9
  10 import org.testng.annotations.Test;
  11
  12 public class ComparisonTest
  13 {
  14
  15   @Test(groups = { "Functional" })
  16   public void testIsGap()
  17   {
  18     assertTrue(Comparison.isGap('-'));
  19     assertTrue(Comparison.isGap('.'));
  20     assertTrue(Comparison.isGap(' '));
  21     assertFalse(Comparison.isGap('X'));
  22     assertFalse(Comparison.isGap('x'));
  23     assertFalse(Comparison.isGap('*'));
  24     assertFalse(Comparison.isGap('G'));
  25   }
  26
  27   /**
  28    * Test for isNucleotide is that sequences in a dataset are more than 85%
  29    * AGCTU. Test is not case-sensitive and ignores gaps.
  30    */
  31   @Test(groups = { "Functional" })
  32   public void testIsNucleotide()
  33   {
  34     SequenceI seq = new Sequence("eightypercent", "agctuAGCPV");
  35     assertFalse(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[] { seq }));
  36     assertFalse(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[][] { new SequenceI[]
  37     { seq } }));
  38
  39     seq = new Sequence("eightyfivepercent", "agctuAGCPVagctuAGCUV");
  40     assertFalse(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[] { seq }));
  41
  42     seq = new Sequence("nineypercent", "agctuAGCgVagctuAGCUV");
  43     assertTrue(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[] { seq }));
  44
  45     seq = new Sequence("eightyfivepercentgapped",
  46             "--agc--tuA--GCPV-a---gct-uA-GC---UV");
  47     assertFalse(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[] { seq }));
  48
  49     seq = new Sequence("nineypercentgapped",
  50             "ag--ct-u-A---GC---g----Vag--c---tuAGCUV");
  51     assertTrue(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[] { seq }));
  52
  53     seq = new Sequence("allgap", "---------");
  54     assertFalse(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[] { seq }));
  55
  56     seq = new Sequence("DNA", "ACTugGCCAG");
  57     SequenceI seq2 = new Sequence("Protein", "FLIMVSPTYW");
  58     /*
  59      * 90% DNA:
  60      */
  61     assertTrue(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[] { seq, seq, seq,
  62         seq, seq, seq, seq, seq, seq, seq2 }));
  63     assertTrue(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[][] {
  64         new SequenceI[] { seq }, new SequenceI[] { seq, seq, seq },
  65         new SequenceI[] { seq, seq, seq, seq, seq, seq2 } }));
  66     /*
  67      * 80% DNA:
  68      */
  69     assertFalse(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[] { seq, seq, seq,
  70         seq, seq, seq, seq, seq, seq2, seq2 }));
  71     assertFalse(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[][] { new SequenceI[]
  72     { seq }, new SequenceI[] { seq, seq, seq },
  73         new SequenceI[] { seq, seq, seq, seq, seq2, seq2, null } }));
  74
  75     seq = new Sequence("ProteinThatLooksLikeDNA", "WYATGCCTGAgtcgt");
  76     // 12/14 = 85.7%
  77     assertTrue(Comparison.isNucleotide(new SequenceI[] { seq }));
  78
  79     assertFalse(Comparison.isNucleotide((SequenceI[]) null));
  80     assertFalse(Comparison.isNucleotide((SequenceI[][]) null));
  81   }
  82
  83   /**
  84    * Test percentage identity calculation for two sequences.
  85    */
  86   @Test(groups = { "Functional" })
  87   public void testPID_matchGaps()
  88   {
  89     String seq1 = "ABCDEF";
  90     String seq2 = "abcdef";
  91     assertEquals("identical", 100f, Comparison.PID(seq1, seq2), 0.001f);
  92
  93     // comparison range defaults to length of first sequence
  94     seq2 = "abcdefghijklmnopqrstuvwxyz";
  95     assertEquals("identical", 100f, Comparison.PID(seq1, seq2), 0.001f);
  96
  97     seq2 = "a---bcdef";
  98   }
  99 }