test/jalview/util/DnaUtilsTest.java

   1 package jalview.util;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
   5 import static org.testng.AssertJUnit.fail;
   6
   7 import java.util.List;
   8
   9 import org.testng.annotations.Test;
  10
  11 public class DnaUtilsTest
  12 {
  13   /**
  14    * Tests for parsing an ENA/GenBank location specifier
  15    *
  16    * @see http://www.insdc.org/files/feature_table.html#3.4
  17    */
  18   @Test(groups = { "Functional" })
  19   public void testParseLocation()
  20   {
  21     /*
  22      * simple range
  23      */
  24     List<int[]> ranges = DnaUtils.parseLocation("12..78");
  25     assertEquals(1, ranges.size());
  26     assertEquals(12, ranges.get(0)[0]);
  27     assertEquals(78, ranges.get(0)[1]);
  28
  29     /*
  30      * join of simple ranges
  31      */
  32     ranges = DnaUtils.parseLocation("join(12..78,134..202,322..345)");
  33     assertEquals(3, ranges.size());
  34     assertEquals(12, ranges.get(0)[0]);
  35     assertEquals(78, ranges.get(0)[1]);
  36     assertEquals(134, ranges.get(1)[0]);
  37     assertEquals(202, ranges.get(1)[1]);
  38     assertEquals(322, ranges.get(2)[0]);
  39     assertEquals(345, ranges.get(2)[1]);
  40
  41     /*
  42      * complement of a simple range
  43      */
  44     ranges = DnaUtils.parseLocation("complement(34..126)");
  45     assertEquals(1, ranges.size());
  46     assertEquals(126, ranges.get(0)[0]);
  47     assertEquals(34, ranges.get(0)[1]);
  48
  49     /*
  50      * complement of a join
  51      */
  52     ranges = DnaUtils
  53             .parseLocation("complement(join(2691..4571,4918..5163))");
  54     assertEquals(2, ranges.size());
  55     assertEquals(5163, ranges.get(0)[0]);
  56     assertEquals(4918, ranges.get(0)[1]);
  57     assertEquals(4571, ranges.get(1)[0]);
  58     assertEquals(2691, ranges.get(1)[1]);
  59
  60     /*
  61      * join of two complements
  62      */
  63     ranges = DnaUtils
  64             .parseLocation("join(complement(4918..5163),complement(2691..4571))");
  65     assertEquals(2, ranges.size());
  66     assertEquals(5163, ranges.get(0)[0]);
  67     assertEquals(4918, ranges.get(0)[1]);
  68     assertEquals(4571, ranges.get(1)[0]);
  69     assertEquals(2691, ranges.get(1)[1]);
  70
  71     /*
  72      * join complement to non-complement
  73      * @see http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/genomesubmit_annotation/ Transpliced Genes
  74      */
  75     ranges = DnaUtils
  76             .parseLocation("join(complement(36618..36700),86988..87064)");
  77     assertEquals(2, ranges.size());
  78     assertEquals(36700, ranges.get(0)[0]);
  79     assertEquals(36618, ranges.get(0)[1]);
  80     assertEquals(86988, ranges.get(1)[0]);
  81     assertEquals(87064, ranges.get(1)[1]);
  82
  83     /*
  84      * valid things we don't yet handle
  85      */
  86     assertNull(DnaUtils.parseLocation("<34..126"));
  87     assertNull(DnaUtils.parseLocation("34..>126"));
  88     assertNull(DnaUtils.parseLocation("34.126"));
  89     assertNull(DnaUtils.parseLocation("34^126"));
  90
  91     /*
  92      * invalid things
  93      */
  94     assertNull(DnaUtils.parseLocation(""));
  95     assertNull(DnaUtils.parseLocation("JOIN(1..2)"));
  96     assertNull(DnaUtils.parseLocation("join(1..2"));
  97     try
  98     {
  99       assertNull(DnaUtils.parseLocation(null));
 100       fail("Expected exception");
 101     } catch (NullPointerException e)
 102     {
 103       // expected
 104     }
 105   }
 106
 107 }