test/jalview/util/HMMProbabilityDistributionAnalyserTest.java

   1 package jalview.util;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertNull;
   5
   6 import jalview.datamodel.HMMNode;
   7 import jalview.datamodel.HiddenMarkovModel;
   8 import jalview.datamodel.Sequence;
   9 import jalview.datamodel.SequenceI;
  10
  11 import java.io.BufferedReader;
  12 import java.io.FileReader;
  13 import java.io.IOException;
  14 import java.util.ArrayList;
  15 import java.util.List;
  16 import java.util.Map;
  17 import java.util.Vector;
  18
  19 import org.testng.annotations.Test;
  20
  21 public class HMMProbabilityDistributionAnalyserTest {
  22
  23   HMMProbabilityDistributionAnalyser analyser = new HMMProbabilityDistributionAnalyser();
  24
  25   @Test
  26   public void testMoveToFile() throws IOException
  27   {
  28
  29     BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader(
  30             "test/jalview/util/test_Fams_for_probability_analysis"));
  31     analyser.moveLocationBy(1, br);
  32
  33     String line = br.readLine();
  34     assertEquals(line, "# STOCKHOLM 1.0");
  35     line = br.readLine();
  36     assertEquals(line, "seq1 ATW");
  37     line = br.readLine();
  38     assertEquals(line, "seq2 ATI");
  39
  40   }
  41
  42   @Test
  43   public void testCountValidResidues()
  44   {
  45     analyser.sequences = new Vector<>();
  46     analyser.hmm = new HiddenMarkovModel();
  47     analyser.hmm.addFileProperty("LENG", "8");
  48
  49     List<HMMNode> nodes = new ArrayList<>();
  50     nodes.add(new HMMNode());
  51     for (int i = 1; i < 9; i++)
  52     {
  53       HMMNode node = new HMMNode();
  54       node.setAlignmentColumn(i - 1);
  55       nodes.add(node);
  56
  57     }
  58     analyser.hmm.setNodes(nodes);
  59
  60     SequenceI[] sequence = new Sequence[] {
  61         new Sequence("seq1", "ATGWWSCF"), new Sequence("seq2", "GGMKI"),
  62         new Sequence("seq3", "--.ATccGc") };
  63     analyser.sequences.add(sequence[0]);
  64     analyser.sequences.add(sequence[1]);
  65     analyser.sequences.add(sequence[2]);
  66
  67     int count = analyser.countValidResidues();
  68     assertEquals(count, 16);
  69   }
  70
  71   @Test(priority = 0)
  72   public void testReadBinned() throws IOException
  73   {
  74     analyser.readBinned("test/jalview/util/");
  75     Map<String, Double> map = analyser.binned;
  76     assertEquals(map.get("1.8"), 4.53);
  77     assertEquals(map.get("3.4"), 2.65);
  78     assertEquals(map.get("6.4"), 10.8);
  79     assertEquals(map.get("0"), 5.4);
  80   }
  81
  82   @Test
  83   public void testReadRaw() throws IOException
  84   {
  85     analyser.readRaw("test/jalview/util/");
  86     List<ArrayList<Double>> list = analyser.raw;
  87
  88     assertEquals(list.get(0).get(0), 1.43);
  89     assertNull(list.get(0).get(2));
  90     assertEquals(list.get(1).get(1), 1.2);
  91     assertEquals(list.get(2).get(0), 5.6);
  92     assertEquals(list.get(2).get(2), 6.8);
  93
  94   }
  95
  96   @Test(priority = 1)
  97   public void testProcessData() throws IOException
  98   {
  99     analyser.keepRaw = true;
 100     BufferedReader brFam = new BufferedReader(new FileReader(
 101             "test/jalview/util/test_Fams_for_probability_analysis"));
 102     BufferedReader brHMM = new BufferedReader(new FileReader(
 103             "test/jalview/util/test_HMMs_for_probability_analysis"));
 104     analyser.readStockholm(brFam);
 105     analyser.readHMM(brHMM);
 106     analyser.processData(6);
 107     Map<String, Double> map = analyser.binned;
 108     List<ArrayList<Double>> list = analyser.raw;
 109     assertEquals(map.get("1.8"), 4.863, 0.001d);
 110     assertEquals(map.get("3.4"), 2.65);
 111     assertEquals(map.get("0"), 5.4);
 112     assertEquals(map.get("6.4"), 10.8);
 113     assertEquals(map.get("1.4"), 0.166667, 0.00001d);
 114     assertEquals(map.get("4.4"), 0.5);
 115
 116   }
 117 }