test/jalview/util/MapListTest.java

   1 package jalview.util;
   2
   3 import java.util.Arrays;
   4
   5 import org.junit.Assert;
   6 import org.junit.Test;
   7
   8 public class MapListTest
   9 {
  10
  11   @Test
  12   public void testSomething()
  13   {
  14     MapList ml = new MapList(new int[]
  15     { 1, 5, 10, 15, 25, 20 }, new int[]
  16     { 51, 1 }, 1, 3);
  17     MapList ml1 = new MapList(new int[]
  18     { 1, 3, 17, 4 }, new int[]
  19     { 51, 1 }, 1, 3);
  20     MapList ml2 = new MapList(new int[]
  21     { 1, 60 }, new int[]
  22     { 1, 20 }, 3, 1);
  23     // test internal consistency
  24     int to[] = new int[51];
  25     testMap(ml, 1, 60);
  26     MapList mldna = new MapList(new int[]
  27     { 2, 2, 6, 8, 12, 16 }, new int[]
  28     { 1, 3 }, 3, 1);
  29     int[] frm = mldna.locateInFrom(1, 1);
  30     testLocateFrom(mldna, 1, 1, new int[]
  31     { 2, 2, 6, 7 });
  32     testMap(mldna, 1, 3);
  33     /*
  34      * for (int from=1; from<=51; from++) { int[] too=ml.shiftTo(from); int[]
  35      * toofrom=ml.shiftFrom(too[0]);
  36      * System.out.println("ShiftFrom("+from+")=="+too[0]+" %
  37      * "+too[1]+"\t+-+\tShiftTo("+too[0]+")=="+toofrom[0]+" % "+toofrom[1]); }
  38      */
  39   }
  40
  41   private static void testLocateFrom(MapList mldna, int i, int j, int[] ks)
  42   {
  43     int[] frm = mldna.locateInFrom(i, j);
  44     Assert.assertEquals("Failed test locate from " + i + " to " + j,
  45             Arrays.toString(frm), Arrays.toString(ks));
  46   }
  47
  48   /**
  49    * test routine. not incremental.
  50    *
  51    * @param ml
  52    * @param fromS
  53    * @param fromE
  54    */
  55   private void testMap(MapList ml, int fromS, int fromE)
  56   {
  57     // todo convert to JUnit style tests
  58     for (int from = 1; from <= 25; from++)
  59     {
  60       int[] too = ml.shiftFrom(from);
  61       System.out.print("ShiftFrom(" + from + ")==");
  62       if (too == null)
  63       {
  64         System.out.print("NaN\n");
  65       }
  66       else
  67       {
  68         System.out.print(too[0] + " % " + too[1] + " (" + too[2] + ")");
  69         System.out.print("\t+--+\t");
  70         int[] toofrom = ml.shiftTo(too[0]);
  71         if (toofrom != null)
  72         {
  73           if (toofrom[0] != from)
  74           {
  75             System.err.println("Mapping not reflexive:" + from + " "
  76                     + too[0] + "->" + toofrom[0]);
  77           }
  78           System.out.println("ShiftTo(" + too[0] + ")==" + toofrom[0]
  79                   + " % " + toofrom[1] + " (" + toofrom[2] + ")");
  80         }
  81         else
  82         {
  83           System.out.println("ShiftTo(" + too[0] + ")=="
  84                   + "NaN! - not Bijective Mapping!");
  85         }
  86       }
  87     }
  88     int mmap[][] = ml.makeFromMap();
  89     System.out.println("FromMap : (" + mmap[0][0] + " " + mmap[0][1] + " "
  90             + mmap[0][2] + " " + mmap[0][3] + " ");
  91     for (int i = 1; i <= mmap[1].length; i++)
  92     {
  93       if (mmap[1][i - 1] == -1)
  94       {
  95         System.out.print(i + "=XXX");
  96
  97       }
  98       else
  99       {
 100         System.out.print(i + "=" + (mmap[0][2] + mmap[1][i - 1]));
 101       }
 102       if (i % 20 == 0)
 103       {
 104         System.out.print("\n");
 105       }
 106       else
 107       {
 108         System.out.print(",");
 109       }
 110     }
 111     // test range function
 112     System.out.print("\nTest locateInFrom\n");
 113     {
 114       int f = mmap[0][2], t = mmap[0][3];
 115       while (f <= t)
 116       {
 117         System.out.println("Range " + f + " to " + t);
 118         int rng[] = ml.locateInFrom(f, t);
 119         if (rng != null)
 120         {
 121           for (int i = 0; i < rng.length; i++)
 122           {
 123             System.out.print(rng[i] + ((i % 2 == 0) ? "," : ";"));
 124           }
 125         }
 126         else
 127         {
 128           System.out.println("No range!");
 129         }
 130         System.out.print("\nReversed\n");
 131         rng = ml.locateInFrom(t, f);
 132         if (rng != null)
 133         {
 134           for (int i = 0; i < rng.length; i++)
 135           {
 136             System.out.print(rng[i] + ((i % 2 == 0) ? "," : ";"));
 137           }
 138         }
 139         else
 140         {
 141           System.out.println("No range!");
 142         }
 143         System.out.print("\n");
 144         f++;
 145         t--;
 146       }
 147     }
 148     System.out.print("\n");
 149     mmap = ml.makeToMap();
 150     System.out.println("ToMap : (" + mmap[0][0] + " " + mmap[0][1] + " "
 151             + mmap[0][2] + " " + mmap[0][3] + " ");
 152     for (int i = 1; i <= mmap[1].length; i++)
 153     {
 154       if (mmap[1][i - 1] == -1)
 155       {
 156         System.out.print(i + "=XXX");
 157
 158       }
 159       else
 160       {
 161         System.out.print(i + "=" + (mmap[0][2] + mmap[1][i - 1]));
 162       }
 163       if (i % 20 == 0)
 164       {
 165         System.out.print("\n");
 166       }
 167       else
 168       {
 169         System.out.print(",");
 170       }
 171     }
 172     System.out.print("\n");
 173     // test range function
 174     System.out.print("\nTest locateInTo\n");
 175     {
 176       int f = mmap[0][2], t = mmap[0][3];
 177       while (f <= t)
 178       {
 179         System.out.println("Range " + f + " to " + t);
 180         int rng[] = ml.locateInTo(f, t);
 181         if (rng != null)
 182         {
 183           for (int i = 0; i < rng.length; i++)
 184           {
 185             System.out.print(rng[i] + ((i % 2 == 0) ? "," : ";"));
 186           }
 187         }
 188         else
 189         {
 190           System.out.println("No range!");
 191         }
 192         System.out.print("\nReversed\n");
 193         rng = ml.locateInTo(t, f);
 194         if (rng != null)
 195         {
 196           for (int i = 0; i < rng.length; i++)
 197           {
 198             System.out.print(rng[i] + ((i % 2 == 0) ? "," : ";"));
 199           }
 200         }
 201         else
 202         {
 203           System.out.println("No range!");
 204         }
 205         f++;
 206         t--;
 207         System.out.print("\n");
 208       }
 209     }
 210
 211   }
 212
 213 }