JAL-2546 JAL-2490 efficient lookup of features, correct handling of
[jalview.git] / test / jalview / util / ShiftListTest.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.util;
22
23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
24 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
25
26 import jalview.gui.JvOptionPane;
27
28 import java.util.Arrays;
29 import java.util.List;
30
31 import org.testng.annotations.BeforeClass;
32 import org.testng.annotations.Test;
33
34 public class ShiftListTest
35 {
36
37   @BeforeClass(alwaysRun = true)
38   public void setUpJvOptionPane()
39   {
40     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
41     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
42   }
43
44   @Test(groups = { "Functional" })
45   public void testParseMap()
46   {
47     assertNull(ShiftList.parseMap(null));
48     assertNull(ShiftList.parseMap(new int[] {}));
49
50     /*
51      * Gap map showing residues in aligned positions 2,3,6,8,9,10,12
52      */
53     int[] gm = new int[] { 2, 3, 6, 8, 9, 10, 12 };
54     List<int[]> shifts = ShiftList.parseMap(gm).getShifts();
55     assertEquals(4, shifts.size());
56
57     // TODO are these results (which pass) correct??
58     assertEquals("[0, 2]", Arrays.toString(shifts.get(0)));
59     assertEquals("[4, 2]", Arrays.toString(shifts.get(1)));
60     assertEquals("[7, 1]", Arrays.toString(shifts.get(2)));
61     assertEquals("[11, 1]", Arrays.toString(shifts.get(3)));
62   }
63 }