test/jalview/util/ShiftListTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
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   6  *
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.util;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
  25
  26 import jalview.gui.JvOptionPane;
  27
  28 import java.util.Arrays;
  29 import java.util.List;
  30
  31 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  32 import org.testng.annotations.Test;
  33
  34 public class ShiftListTest
  35 {
  36
  37   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  38   public void setUpJvOptionPane()
  39   {
  40     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  41     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  42   }
  43
  44   @Test(groups = { "Functional" })
  45   public void testParseMap()
  46   {
  47     assertNull(ShiftList.parseMap(null));
  48     assertNull(ShiftList.parseMap(new int[] {}));
  49
  50     /*
  51      * Gap map showing residues in aligned positions 2,3,6,8,9,10,12
  52      */
  53     int[] gm = new int[] { 2, 3, 6, 8, 9, 10, 12 };
  54     List<int[]> shifts = ShiftList.parseMap(gm).getShifts();
  55     assertEquals(4, shifts.size());
  56
  57     // TODO are these results (which pass) correct??
  58     assertEquals("[0, 2]", Arrays.toString(shifts.get(0)));
  59     assertEquals("[4, 2]", Arrays.toString(shifts.get(1)));
  60     assertEquals("[7, 1]", Arrays.toString(shifts.get(2)));
  61     assertEquals("[11, 1]", Arrays.toString(shifts.get(3)));
  62   }
  63 }