JAL-2629 fix issue where HMM sequence would be longer than alignment
[jalview.git] / test / jalview / util / ShiftListTest.java
1 /*
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16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.util;
22
23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
24 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
25
26 import jalview.gui.JvOptionPane;
27
28 import java.util.Arrays;
29 import java.util.List;
30
31 import org.testng.annotations.BeforeClass;
32 import org.testng.annotations.Test;
33
34 public class ShiftListTest
35 {
36
37   @BeforeClass(alwaysRun = true)
38   public void setUpJvOptionPane()
39   {
40     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
41     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
42   }
43
44   @Test(groups = { "Functional" })
45   public void testParseMap()
46   {
47     assertNull(ShiftList.parseMap(null));
48     assertNull(ShiftList.parseMap(new int[] {}));
49
50     /*
51      * Gap map showing residues in aligned positions 2,3,6,8,9,10,12
52      */
53     int[] gm = new int[] { 2, 3, 6, 8, 9, 10, 12 };
54     List<int[]> shifts = ShiftList.parseMap(gm).getShifts();
55     assertEquals(4, shifts.size());
56
57     // TODO are these results (which pass) correct??
58     assertEquals("[0, 2]", Arrays.toString(shifts.get(0)));
59     assertEquals("[4, 2]", Arrays.toString(shifts.get(1)));
60     assertEquals("[7, 1]", Arrays.toString(shifts.get(2)));
61     assertEquals("[11, 1]", Arrays.toString(shifts.get(3)));
62   }
63 }