test/jalview/util/ShiftListTest.java

   1 package jalview.util;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
   5
   6 import java.util.Arrays;
   7 import java.util.List;
   8
   9 import org.testng.annotations.Test;
  10
  11 public class ShiftListTest
  12 {
  13
  14   @Test(groups ={ "Functional" })
  15   public void testParseMap()
  16   {
  17     assertNull(ShiftList.parseMap(null));
  18     assertNull(ShiftList.parseMap(new int[]
  19     {}));
  20
  21     /*
  22      * Gap map showing residues in aligned positions 2,3,6,8,9,10,12
  23      */
  24     int[] gm = new int[]
  25     { 2, 3, 6, 8, 9, 10, 12 };
  26     List<int[]> shifts = ShiftList.parseMap(gm).getShifts();
  27     assertEquals(4, shifts.size());
  28
  29     // TODO are these results (which pass) correct??
  30     assertEquals("[0, 2]", Arrays.toString(shifts.get(0)));
  31     assertEquals("[4, 2]", Arrays.toString(shifts.get(1)));
  32     assertEquals("[7, 1]", Arrays.toString(shifts.get(2)));
  33     assertEquals("[11, 1]", Arrays.toString(shifts.get(3)));
  34   }
  35 }