test/jalview/util/ShiftListTest.java

   1 package jalview.util;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
   5
   6 import java.util.Arrays;
   7 import java.util.List;
   8
   9 import org.testng.annotations.Test;
  10
  11 public class ShiftListTest
  12 {
  13
  14   @Test(groups = { "Functional" })
  15   public void testParseMap()
  16   {
  17     assertNull(ShiftList.parseMap(null));
  18     assertNull(ShiftList.parseMap(new int[] {}));
  19
  20     /*
  21      * Gap map showing residues in aligned positions 2,3,6,8,9,10,12
  22      */
  23     int[] gm = new int[] { 2, 3, 6, 8, 9, 10, 12 };
  24     List<int[]> shifts = ShiftList.parseMap(gm).getShifts();
  25     assertEquals(4, shifts.size());
  26
  27     // TODO are these results (which pass) correct??
  28     assertEquals("[0, 2]", Arrays.toString(shifts.get(0)));
  29     assertEquals("[4, 2]", Arrays.toString(shifts.get(1)));
  30     assertEquals("[7, 1]", Arrays.toString(shifts.get(2)));
  31     assertEquals("[11, 1]", Arrays.toString(shifts.get(3)));
  32   }
  33 }