create method to test HMM model as string
[jalview.git] / test / jalview / workers / AlignCalcManagerTest.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.workers;
22
23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
25 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
26
27 import jalview.api.AlignCalcManagerI;
28 import jalview.api.AlignCalcWorkerI;
29 import jalview.api.FeatureRenderer;
30 import jalview.datamodel.Alignment;
31 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
32 import jalview.datamodel.AlignmentI;
33 import jalview.datamodel.Annotation;
34 import jalview.datamodel.Sequence;
35 import jalview.datamodel.SequenceI;
36 import jalview.gui.AlignFrame;
37 import jalview.gui.JvOptionPane;
38
39 import java.util.Collections;
40 import java.util.List;
41
42 import org.testng.annotations.BeforeClass;
43 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
44 import org.testng.annotations.Test;
45
46 public class AlignCalcManagerTest
47 {
48
49   @BeforeClass(alwaysRun = true)
50   public void setUpJvOptionPane()
51   {
52     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
53     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
54   }
55
56   private AlignFrame alignFrame;
57
58   /**
59    * Test the method that removes a worker associated with an annotation,
60    * provided the worker is marked as 'deletable' (some workers should continue
61    * to run even when their results are no longer displayed)
62    */
63   @Test(groups = "Functional")
64   public void testRemoveWorkerForAnnotation()
65   {
66     AlignCalcManagerI acm = alignFrame.getViewport().getCalcManager();
67     final AlignmentAnnotation ann1 = new AlignmentAnnotation("Ann1",
68             "desc", new Annotation[] {});
69     final AlignmentAnnotation ann2 = new AlignmentAnnotation("Ann2",
70             "desc", new Annotation[] {});
71
72     /*
73      * make two workers for ann1, one deletable, one not
74      * and no worker for ann2
75      */
76     AlignCalcWorkerI worker1 = makeWorker(ann1, true);
77     AlignCalcWorkerI worker2 = makeWorker(ann1, false);
78
79     /*
80      * The new workers will get run each in their own thread.
81      * We can't tell here whether they have finished, or not yet started.
82      * They have to finish to be 'seen' by getRegisteredWorkersOfClass()
83      *   registerWorker adds to the 'restartable' list but
84      *   getRegisteredWorkers reads from the 'canUpdate' list
85      *   (which is only updated after a worker has run) - why?
86      * So just give workers time to start and finish
87      */
88     synchronized (this)
89     {
90       try
91       {
92         wait(100);
93       } catch (InterruptedException e)
94       {
95         //
96       }
97     }
98
99     List<AlignCalcWorkerI> workers = acm
100             .getRegisteredWorkersOfClass(worker1.getClass());
101     assertEquals(2, workers.size());
102     assertTrue(workers.contains(worker1));
103     assertTrue(workers.contains(worker2));
104     assertFalse(acm.isDisabled(worker1));
105     assertFalse(acm.isDisabled(worker2));
106
107     /*
108      * remove workers for ann2 (there aren't any)
109      */
110     acm.removeWorkerForAnnotation(ann2);
111     assertTrue(acm.getRegisteredWorkersOfClass(worker1.getClass())
112             .contains(worker1));
113     assertTrue(acm.getRegisteredWorkersOfClass(worker1.getClass())
114             .contains(worker2));
115     assertFalse(acm.isDisabled(worker1));
116     assertFalse(acm.isDisabled(worker2));
117
118     /*
119      * remove worker2 for ann1
120      * - should delete worker1 but not worker2
121      */
122     acm.removeWorkerForAnnotation(ann1);
123     assertEquals(1, acm.getRegisteredWorkersOfClass(worker1.getClass())
124             .size());
125     assertTrue(acm.getRegisteredWorkersOfClass(worker1.getClass())
126             .contains(worker2));
127     assertFalse(acm.isDisabled(worker1));
128     assertFalse(acm.isDisabled(worker2));
129   }
130
131   /**
132    * Make a worker linked to the given annotation
133    * 
134    * @param ann
135    * @param deletable
136    * @return
137    */
138   AnnotationWorker makeWorker(final AlignmentAnnotation ann,
139           final boolean deletable)
140   {
141     AnnotationProviderI annotationProvider = new AnnotationProviderI()
142     {
143       @Override
144       public List<AlignmentAnnotation> calculateAnnotation(AlignmentI al,
145               FeatureRenderer fr)
146       {
147         return Collections.singletonList(ann);
148       }
149     };
150     return new AnnotationWorker(alignFrame.getViewport(),
151             alignFrame.alignPanel, annotationProvider)
152     {
153       @Override
154       public boolean isDeletable()
155       {
156         return deletable;
157       }
158
159       @Override
160       public boolean involves(AlignmentAnnotation ann1)
161       {
162         return ann == ann1;
163       }
164     };
165   }
166
167   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
168   public void setUp()
169   {
170     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { new Sequence("Seq1",
171             "ABC") });
172     al.setDataset(null);
173     alignFrame = new AlignFrame(al, 3, 1);
174   }
175 }