JAL-2292 squashed bug that breaks feature mapping for different cased residues
[jalview.git] / test / jalview / ws / PDBSequenceFetcherTest.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.ws;
22
23 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
24
25 import jalview.bin.Cache;
26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
27 import jalview.datamodel.SequenceI;
28 import jalview.structure.StructureImportSettings;
29 import jalview.structure.StructureImportSettings.StructureParser;
30 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
31
32 import java.util.List;
33
34 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
35 import org.testng.annotations.Test;
36
37 public class PDBSequenceFetcherTest
38 {
39
40   SequenceFetcher sf;
41
42   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
43   public void setUp() throws Exception
44   {
45     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
46     // ensure 'add annotation from structure' is selected
47     Cache.applicationProperties.setProperty("STRUCT_FROM_PDB",
48             Boolean.TRUE.toString());
49     Cache.applicationProperties.setProperty("ADD_SS_ANN",
50             Boolean.TRUE.toString());
51
52     sf = new SequenceFetcher(false);
53   }
54
55   /**
56    * Test that RNA structure can be added by a call to the RNAML service.
57    * 
58    * Note this test depends on http://arn-ibmc.in2p3.fr/api/compute/2d which is
59    * not always reliable.
60    * 
61    * @throws Exception
62    */
63   @Test(groups = { "Network" }, enabled = true)
64   public void testRnaSeqRetrieve() throws Exception
65   {
66     Cache.applicationProperties.setProperty("PDB_DOWNLOAD_FORMAT", "PDB");
67     List<DbSourceProxy> sps = sf.getSourceProxy("PDB");
68     AlignmentI response = sps.get(0).getSequenceRecords("2GIS");
69     assertTrue(response != null);
70     assertTrue(response.getHeight() == 1);
71     for (SequenceI sq : response.getSequences())
72     {
73       assertTrue("No annotation transfered to sequence.",
74               sq.getAnnotation().length > 0);
75       assertTrue("No PDBEntry on sequence.",
76               sq.getAllPDBEntries().size() > 0);
77       assertTrue(
78               "No RNA annotation on sequence, possibly http://arn-ibmc.in2p3.fr/api/compute/2d not available?",
79               sq.getRNA() != null);
80     }
81   }
82
83   @Test(groups = { "Network" }, enabled = true)
84   public void testPdbSeqRetrieve() throws Exception
85   {
86     StructureImportSettings.setDefaultStructureFileFormat("PDB");
87     StructureImportSettings
88             .setDefaultPDBFileParser(StructureParser.JALVIEW_PARSER);
89
90     testRetrieveProteinSeqFromPDB();
91   }
92
93   @Test(groups = { "Network" }, enabled = true)
94   public void testmmCifSeqRetrieve() throws Exception
95   {
96     StructureImportSettings.setDefaultStructureFileFormat("mmCIF");
97     testRetrieveProteinSeqFromPDB();
98   }
99
100   private void testRetrieveProteinSeqFromPDB() throws Exception
101   {
102     List<DbSourceProxy> sps = sf.getSourceProxy("PDB");
103     AlignmentI response = sps.get(0).getSequenceRecords("1QIP");
104     assertTrue(response != null);
105     assertTrue(response.getHeight() == 4);
106     for (SequenceI sq : response.getSequences())
107     {
108       assertTrue("No annotation transfered to sequence.",
109               sq.getAnnotation().length > 0);
110       assertTrue("No PDBEntry on sequence.",
111               sq.getAllPDBEntries().size() > 0);
112       org.testng.Assert
113               .assertEquals(sq.getEnd() - sq.getStart() + 1,
114                       sq.getLength(),
115                       "Sequence start/end doesn't match number of residues in sequence");
116     }
117   }
118
119 }