test/jalview/ws/PDBSequenceFetcherTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  24
  25 import jalview.bin.Cache;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  29 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  30
  31 import java.util.List;
  32
  33 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  34 import org.testng.annotations.Test;
  35
  36 public class PDBSequenceFetcherTest
  37 {
  38
  39   SequenceFetcher sf;
  40
  41   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  42   public void setUp() throws Exception
  43   {
  44     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  45     // ensure 'add annotation from structure' is selected
  46     Cache.applicationProperties.setProperty("STRUCT_FROM_PDB",
  47             Boolean.TRUE.toString());
  48     Cache.applicationProperties.setProperty("ADD_SS_ANN",
  49             Boolean.TRUE.toString());
  50
  51     sf = new SequenceFetcher(false);
  52   }
  53
  54   /**
  55    * Test that RNA structure can be added by a call to the RNAML service.
  56    *
  57    * Note this test depends on http://arn-ibmc.in2p3.fr/api/compute/2d which is
  58    * not always reliable.
  59    *
  60    * @throws Exception
  61    */
  62   @Test(groups = { "Network" }, enabled = true)
  63   public void testRnaSeqRetrieve() throws Exception
  64   {
  65     Cache.applicationProperties.setProperty("PDB_DOWNLOAD_FORMAT",
  66             "PDB");
  67     List<DbSourceProxy> sps = sf.getSourceProxy("PDB");
  68     AlignmentI response = sps.get(0).getSequenceRecords("2GIS");
  69     assertTrue(response != null);
  70     assertTrue(response.getHeight() == 1);
  71     for (SequenceI sq : response.getSequences())
  72     {
  73       assertTrue("No annotation transfered to sequence.",
  74               sq.getAnnotation().length > 0);
  75       assertTrue("No PDBEntry on sequence.",
  76               sq.getAllPDBEntries().size() > 0);
  77       assertTrue(
  78               "No RNA annotation on sequence, possibly http://arn-ibmc.in2p3.fr/api/compute/2d not available?",
  79               sq.getRNA() != null);
  80     }
  81   }
  82
  83   @Test(groups = { "Network" }, enabled = true)
  84   public void testPdbSeqRetrieve() throws Exception
  85   {
  86     StructureImportSettings.setDefaultStructureFileFormat("PDB");
  87
  88     testRetrieveProteinSeqFromPDB();
  89   }
  90
  91   @Test(groups = { "Network" }, enabled = true)
  92   public void testmmCifSeqRetrieve() throws Exception
  93   {
  94     StructureImportSettings.setDefaultStructureFileFormat("mmCIF");
  95     testRetrieveProteinSeqFromPDB();
  96   }
  97
  98   private void testRetrieveProteinSeqFromPDB() throws Exception
  99   {
 100     List<DbSourceProxy> sps = sf.getSourceProxy("PDB");
 101     AlignmentI response = sps.get(0).getSequenceRecords("1QIP");
 102     assertTrue(response != null);
 103     assertTrue(response.getHeight() == 4);
 104     for (SequenceI sq : response.getSequences())
 105     {
 106       assertTrue("No annotation transfered to sequence.",
 107               sq.getAnnotation().length > 0);
 108       assertTrue("No PDBEntry on sequence.",
 109               sq.getAllPDBEntries().size() > 0);
 110       org.testng.Assert
 111               .assertEquals(sq.getEnd() - sq.getStart() + 1,
 112                       sq.getLength(),
 113                       "Sequence start/end doesn't match number of residues in sequence");
 114     }
 115   }
 116
 117 }