test/jalview/ws/PDBSequenceFetcherTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  24
  25 import jalview.bin.Cache;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  29
  30 import java.util.List;
  31
  32 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  33 import org.testng.annotations.Test;
  34
  35 public class PDBSequenceFetcherTest
  36 {
  37
  38   SequenceFetcher sf;
  39
  40  @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  41   public void setUp() throws Exception
  42   {
  43     // ensure 'add annotation from structure' is selected
  44     Cache.applicationProperties.setProperty("STRUCT_FROM_PDB",
  45             Boolean.TRUE.toString());
  46     Cache.applicationProperties.setProperty("ADD_SS_ANN",
  47             Boolean.TRUE.toString());
  48
  49     sf = new SequenceFetcher(false);
  50   }
  51
  52   @Test(groups =
  53   { "Network" }, enabled = true)
  54   public void testRnaSeqRetrieve() throws Exception
  55   {
  56     List<DbSourceProxy> sps = sf.getSourceProxy("PDB");
  57     AlignmentI response = sps.get(0).getSequenceRecords("2GIS");
  58     assertTrue(response != null);
  59     assertTrue(response.getHeight() == 1);
  60     for (SequenceI sq : response.getSequences())
  61     {
  62       assertTrue("No annotation transfered to sequence.",
  63               sq.getAnnotation().length > 0);
  64       assertTrue("No PDBEntry on sequence.", sq.getAllPDBEntries().size() > 0);
  65       assertTrue("No RNA annotation on sequence.", sq.getRNA() != null);
  66     }
  67   }
  68
  69 }