merge
[jalview.git] / test / jalview / ws / PDBSequenceFetcherTest.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.ws;
22
23 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
24
25 import jalview.bin.Cache;
26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
27 import jalview.datamodel.SequenceI;
28 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
29
30 import java.util.List;
31
32 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
33 import org.testng.annotations.Test;
34
35 public class PDBSequenceFetcherTest
36 {
37
38   SequenceFetcher sf;
39
40  @BeforeMethod(alwaysRun = true)
41   public void setUp() throws Exception
42   {
43     // ensure 'add annotation from structure' is selected
44     Cache.applicationProperties.setProperty("STRUCT_FROM_PDB",
45             Boolean.TRUE.toString());
46     Cache.applicationProperties.setProperty("ADD_SS_ANN",
47             Boolean.TRUE.toString());
48
49     sf = new SequenceFetcher(false);
50   }
51
52   @Test(groups =
53   { "Network" }, enabled = true)
54   public void testRnaSeqRetrieve() throws Exception
55   {
56     List<DbSourceProxy> sps = sf.getSourceProxy("PDB");
57     AlignmentI response = sps.get(0).getSequenceRecords("2GIS");
58     assertTrue(response != null);
59     assertTrue(response.getHeight() == 1);
60     for (SequenceI sq : response.getSequences())
61     {
62       assertTrue("No annotation transfered to sequence.",
63               sq.getAnnotation().length > 0);
64       assertTrue("No PDBEntry on sequence.", sq.getAllPDBEntries().size() > 0);
65       assertTrue("No RNA annotation on sequence.", sq.getRNA() != null);
66     }
67   }
68
69 }