test/jalview/ws/PDBSequenceFetcherTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  24
  25 import jalview.bin.Cache;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.gui.JvOptionPane;
  29 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  30 import jalview.structure.StructureImportSettings.StructureParser;
  31 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  32
  33 import java.util.List;
  34
  35 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  36 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  37 import org.testng.annotations.Test;
  38
  39 public class PDBSequenceFetcherTest
  40 {
  41
  42   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  43   public void setUpJvOptionPane()
  44   {
  45     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  46     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  47   }
  48
  49   SequenceFetcher sf;
  50
  51   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  52   public void setUp() throws Exception
  53   {
  54     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  55     // ensure 'add annotation from structure' is selected
  56     Cache.applicationProperties.setProperty("STRUCT_FROM_PDB",
  57             Boolean.TRUE.toString());
  58     Cache.applicationProperties.setProperty("ADD_SS_ANN",
  59             Boolean.TRUE.toString());
  60
  61     sf = new SequenceFetcher(false);
  62   }
  63
  64   /**
  65    * Test that RNA structure can be added by a call to the RNAML service.
  66    *
  67    * Note this test depends on http://arn-ibmc.in2p3.fr/api/compute/2d which is
  68    * not always reliable.
  69    *
  70    * @throws Exception
  71    */
  72   @Test(groups = { "Network" }, enabled = true)
  73   public void testRnaSeqRetrieve() throws Exception
  74   {
  75     Cache.applicationProperties.setProperty("PDB_DOWNLOAD_FORMAT", "PDB");
  76     List<DbSourceProxy> sps = sf.getSourceProxy("PDB");
  77     AlignmentI response = sps.get(0).getSequenceRecords("2GIS");
  78     assertTrue(response != null);
  79     assertTrue(response.getHeight() == 1);
  80     for (SequenceI sq : response.getSequences())
  81     {
  82       assertTrue("No annotation transfered to sequence.",
  83               sq.getAnnotation().length > 0);
  84       assertTrue("No PDBEntry on sequence.",
  85               sq.getAllPDBEntries().size() > 0);
  86       assertTrue(
  87               "No RNA annotation on sequence, possibly http://arn-ibmc.in2p3.fr/api/compute/2d not available?",
  88               sq.getRNA() != null);
  89     }
  90   }
  91
  92   @Test(groups = { "Network" }, enabled = true)
  93   public void testPdbSeqRetrieve() throws Exception
  94   {
  95     StructureImportSettings.setDefaultStructureFileFormat("PDB");
  96     StructureImportSettings
  97             .setDefaultPDBFileParser(StructureParser.JALVIEW_PARSER);
  98
  99     testRetrieveProteinSeqFromPDB();
 100   }
 101
 102   @Test(groups = { "Network" }, enabled = true)
 103   public void testmmCifSeqRetrieve() throws Exception
 104   {
 105     StructureImportSettings.setDefaultStructureFileFormat("mmCIF");
 106     testRetrieveProteinSeqFromPDB();
 107   }
 108
 109   private void testRetrieveProteinSeqFromPDB() throws Exception
 110   {
 111     List<DbSourceProxy> sps = sf.getSourceProxy("PDB");
 112     AlignmentI response = sps.get(0).getSequenceRecords("1QIP");
 113     assertTrue(response != null);
 114     assertTrue(response.getHeight() == 4);
 115     for (SequenceI sq : response.getSequences())
 116     {
 117       assertTrue("No annotation transfered to sequence.",
 118               sq.getAnnotation().length > 0);
 119       assertTrue("No PDBEntry on sequence.",
 120               sq.getAllPDBEntries().size() > 0);
 121       org.testng.Assert
 122               .assertEquals(sq.getEnd() - sq.getStart() + 1,
 123                       sq.getLength(),
 124                       "Sequence start/end doesn't match number of residues in sequence");
 125     }
 126   }
 127
 128 }