test/jalview/ws/PDBSequenceFetcherTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws;
  22
  23 import static org.junit.Assert.*;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  27
  28 import java.util.List;
  29
  30 import org.junit.Before;
  31 import org.junit.Test;
  32
  33 public class PDBSequenceFetcherTest
  34 {
  35
  36   SequenceFetcher sf;
  37   @Before
  38   public void setUp() throws Exception
  39   {
  40     sf = new SequenceFetcher(false);
  41   }
  42
  43   @Test
  44   public void testPdbPerChainRetrieve() throws Exception
  45   {
  46     List<DbSourceProxy> sps = sf
  47     .getSourceProxy("PDB");
  48     AlignmentI response = sps.get(0).getSequenceRecords("1QIPA");
  49     assertTrue(response!=null);
  50     assertTrue(response.getHeight()==1);
  51   }
  52   @Test
  53   public void testRnaSeqRetrieve() throws Exception
  54   {
  55     List<DbSourceProxy> sps = sf
  56     .getSourceProxy("PDB");
  57     AlignmentI response = sps.get(0).getSequenceRecords("2GIS");
  58     assertTrue(response!=null);
  59     assertTrue(response.getHeight()==1);
  60     for (SequenceI sq:response.getSequences())
  61     {
  62       assertTrue("No annotation transfered to sequence.",sq.getAnnotation().length>0);
  63       assertTrue("No PDBEntry on sequence.",sq.getPDBId().size()>0);
  64       assertTrue("No RNA annotation on sequence.", sq.getRNA()!=null);
  65     }
  66   }
  67
  68 }