test/jalview/ws/PDBSequenceFetcherTest.java

   1 package jalview.ws;
   2
   3 import static org.junit.Assert.*;
   4 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   5 import jalview.datamodel.SequenceI;
   6 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
   7
   8 import java.util.List;
   9
  10 import org.junit.Before;
  11 import org.junit.Test;
  12
  13 public class PDBSequenceFetcherTest
  14 {
  15
  16   SequenceFetcher sf;
  17   @Before
  18   public void setUp() throws Exception
  19   {
  20     sf = new SequenceFetcher(false);
  21   }
  22
  23   @Test
  24   public void testPdbPerChainRetrieve() throws Exception
  25   {
  26     List<DbSourceProxy> sps = sf
  27     .getSourceProxy("PDB");
  28     AlignmentI response = sps.get(0).getSequenceRecords("1QIPA");
  29     assertTrue(response!=null);
  30     assertTrue(response.getHeight()==1);
  31   }
  32   @Test
  33   public void testRnaSeqRetrieve() throws Exception
  34   {
  35     List<DbSourceProxy> sps = sf
  36     .getSourceProxy("PDB");
  37     AlignmentI response = sps.get(0).getSequenceRecords("2GIS");
  38     assertTrue(response!=null);
  39     assertTrue(response.getHeight()==1);
  40     for (SequenceI sq:response.getSequences())
  41     {
  42       assertTrue("No annotation transfered to sequence.",sq.getAnnotation().length>0);
  43       assertTrue("No PDBEntry on sequence.",sq.getPDBId().size()>0);
  44       assertTrue("No RNA annotation on sequence.", sq.getRNA()!=null);
  45     }
  46   }
  47
  48 }