test/jalview/ws/dbsources/XfamFetcherTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24
  25 import org.testng.Assert;
  26 import org.testng.annotations.Test;
  27
  28 public class XfamFetcherTest
  29 {
  30   @Test(groups = { "External" })
  31   public void testRfamSeed() throws Exception
  32   {
  33     // RfamFull rff = new RfamFull();
  34     RfamSeed rfs = new RfamSeed();
  35
  36     AlignmentI seedrf = rfs.getSequenceRecords(rfs.getTestQuery());
  37     Assert.assertNotNull(seedrf, "Seed Alignment for " + rfs.getTestQuery()
  38             + " didn't retrieve.");
  39     Assert.assertTrue(seedrf.getHeight() > 1,
  40             "Seed Alignment for " + rfs.getTestQuery()
  41                     + " didn't contain more than one sequence.");
  42   }
  43
  44   @Test(groups = { "External" })
  45   public void testPfamFullAndSeed() throws Exception
  46   {
  47     PfamFull pff = new PfamFull();
  48     PfamSeed pfseed = new PfamSeed();
  49
  50     AlignmentI fullpf = pff.getSequenceRecords(pff.getTestQuery());
  51     Assert.assertNotNull(fullpf, "Full Alignment for " + pff.getTestQuery()
  52             + " didn't retrieve.");
  53     Assert.assertTrue(fullpf.getHeight() > 1,
  54             "Full Alignment for " + pff.getTestQuery()
  55                     + " didn't have more than one sequence.");
  56     AlignmentI seedpf = pfseed.getSequenceRecords(pff.getTestQuery());
  57     Assert.assertNotNull(seedpf, "Seed Alignment for " + pff.getTestQuery()
  58             + " didn't retrieve.");
  59
  60     Assert.assertTrue(seedpf.getHeight() < fullpf.getHeight(),
  61             "Expected Full alignment to have more sequences than seed for "
  62                     + pff.getTestQuery());
  63   }
  64 }