test/jalview/ws/jabaws/DisorderAnnotExportImport.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jabaws;
  22
  23 import java.util.Locale;
  24
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  27
  28 import jalview.bin.Cache;
  29 import jalview.bin.Console;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  32 import jalview.gui.JvOptionPane;
  33 import jalview.io.AnnotationFile;
  34 import jalview.io.DataSourceType;
  35 import jalview.io.FileFormat;
  36 import jalview.io.FormatAdapter;
  37 import jalview.io.StockholmFileTest;
  38 import jalview.ws.jws2.AADisorderClient;
  39 import jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer;
  40 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  41
  42 import java.util.ArrayList;
  43 import java.util.List;
  44
  45 import org.testng.Assert;
  46 import org.testng.annotations.AfterClass;
  47 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  48 import org.testng.annotations.Test;
  49
  50 /*
  51  * All methods in this class are set to the Network group because setUpBeforeClass will fail
  52  * if there is no network.
  53  */
  54 @Test(singleThreaded = true)
  55 public class DisorderAnnotExportImport
  56 {
  57
  58   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  59   public void setUpJvOptionPane()
  60   {
  61     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  62     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  63   }
  64
  65   public static String testseqs = "examples/uniref50.fa";
  66
  67   public static Jws2Discoverer disc;
  68
  69   public static List<Jws2Instance> iupreds;
  70
  71   jalview.ws.jws2.AADisorderClient disorderClient;
  72
  73   public static jalview.gui.AlignFrame af = null;
  74
  75   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  76   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  77   {
  78     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  79     Console.initLogger();
  80     disc = JalviewJabawsTestUtils.getJabawsDiscoverer();
  81
  82     while (disc.isRunning())
  83     {
  84       // don't get services until discoverer has finished
  85       Thread.sleep(100);
  86     }
  87
  88     iupreds = new ArrayList<Jws2Instance>();
  89     for (Jws2Instance svc : disc.getServices())
  90     {
  91       if (svc.getServiceTypeURI().toLowerCase(Locale.ROOT)
  92               .contains("iupredws"))
  93       {
  94         iupreds.add(svc);
  95       }
  96     }
  97     assertTrue("Couldn't discover any IUPred services to use to test.",
  98             iupreds.size() > 0);
  99     jalview.io.FileLoader fl = new jalview.io.FileLoader(false);
 100     af = fl.LoadFileWaitTillLoaded(testseqs,
 101             jalview.io.DataSourceType.FILE);
 102     assertNotNull("Couldn't load test data ('" + testseqs + "')", af);
 103   }
 104
 105   @AfterClass(alwaysRun = true)
 106   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
 107   {
 108     if (af != null)
 109     {
 110       af.setVisible(false);
 111       af.dispose();
 112       af = null;
 113     }
 114   }
 115
 116   /**
 117    * test for patches to JAL-1294
 118    */
 119   @Test(groups = { "External", "Network" })
 120   public void testDisorderAnnotExport()
 121   {
 122     disorderClient = new AADisorderClient(iupreds.get(0), af, null, null);
 123     af.getViewport().getCalcManager().startWorker(disorderClient);
 124     do
 125     {
 126       try
 127       {
 128         Thread.sleep(50);
 129       } catch (InterruptedException x)
 130       {
 131       }
 132       ;
 133     } while (af.getViewport().getCalcManager().isWorking());
 134     AlignmentI orig_alig = af.getViewport().getAlignment();
 135     // NOTE: Consensus annotation row cannot be exported and reimported
 136     // faithfully - so we remove them
 137     List<AlignmentAnnotation> toremove = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
 138     for (AlignmentAnnotation aa : orig_alig.getAlignmentAnnotation())
 139     {
 140       if (aa.autoCalculated)
 141       {
 142         toremove.add(aa);
 143       }
 144     }
 145     for (AlignmentAnnotation aa : toremove)
 146     {
 147       orig_alig.deleteAnnotation(aa);
 148     }
 149     checkAnnotationFileIO("Testing IUPred Annotation IO", orig_alig);
 150
 151   }
 152
 153   static void checkAnnotationFileIO(String testname, AlignmentI al)
 154   {
 155     try
 156     {
 157       String aligfileout = FileFormat.Pfam.getWriter(al)
 158               .print(al.getSequencesArray(), true);
 159       String anfileout = new AnnotationFile()
 160               .printAnnotationsForAlignment(al);
 161       assertTrue("Test " + testname
 162               + "\nAlignment annotation file was not regenerated. Null string",
 163               anfileout != null);
 164       assertTrue("Test " + testname
 165               + "\nAlignment annotation file was not regenerated. Empty string",
 166               anfileout.length() > "JALVIEW_ANNOTATION".length());
 167
 168       System.out.println(
 169               "Output annotation file:\n" + anfileout + "\n<<EOF\n");
 170
 171       AlignmentI al_new = new FormatAdapter().readFile(aligfileout,
 172               DataSourceType.PASTE, FileFormat.Pfam);
 173       assertTrue("Test " + testname
 174               + "\nregenerated annotation file did not annotate alignment.",
 175               new AnnotationFile().readAnnotationFile(al_new, anfileout,
 176                       DataSourceType.PASTE));
 177
 178       // test for consistency in io
 179       StockholmFileTest.testAlignmentEquivalence(al, al_new, true, false,
 180               false);
 181       return;
 182     } catch (Exception e)
 183     {
 184       e.printStackTrace();
 185     }
 186     Assert.fail("Test " + testname
 187             + "\nCouldn't complete Annotation file roundtrip input/output/input test.");
 188   }
 189
 190 }