test/jalview/ws/jabaws/JpredJabaStructExportImport.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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   4  *
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   6  *
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jabaws;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.gui.Jalview2XML;
  28 import jalview.io.AnnotationFile;
  29 import jalview.io.FormatAdapter;
  30 import jalview.io.StockholmFileTest;
  31 import jalview.ws.jws2.JPred301Client;
  32 import jalview.ws.jws2.JabaParamStore;
  33 import jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer;
  34 import jalview.ws.jws2.SequenceAnnotationWSClient;
  35 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  36 import jalview.ws.params.AutoCalcSetting;
  37
  38 import java.awt.Component;
  39 import java.util.ArrayList;
  40 import java.util.List;
  41
  42 import javax.swing.JMenu;
  43 import javax.swing.JMenuItem;
  44
  45 import org.testng.Assert;
  46 import org.testng.annotations.AfterClass;
  47 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  48 import org.testng.annotations.Test;
  49
  50 import compbio.metadata.Argument;
  51 import compbio.metadata.WrongParameterException;
  52
  53 public class JpredJabaStructExportImport
  54 {
  55   public static String testseqs = "examples/uniref50.fa";
  56
  57   public static Jws2Discoverer disc;
  58
  59   public static Jws2Instance jpredws;
  60
  61   jalview.ws.jws2.JPred301Client jpredClient;
  62
  63   public static jalview.gui.AlignFrame af = null;
  64
  65   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  66   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  67   {
  68
  69     jalview.bin.Cache.initLogger();
  70     disc = JalviewJabawsTestUtils.getJabawsDiscoverer(false);
  71
  72     for (Jws2Instance svc : disc.getServices())
  73     {
  74       if (svc.getServiceTypeURI().toLowerCase().contains("jpred"))
  75       {
  76         jpredws = svc;
  77       }
  78     }
  79
  80     System.out.println("State of jpredws: " + jpredws);
  81     Assert.assertNotNull(jpredws, "jpredws is null!");
  82     jalview.io.FileLoader fl = new jalview.io.FileLoader(false);
  83     af = fl.LoadFileWaitTillLoaded(testseqs, jalview.io.FormatAdapter.FILE);
  84     assertNotNull("Couldn't load test data ('" + testseqs + "')", af);
  85   }
  86
  87   @AfterClass
  88   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  89   {
  90     if (af != null)
  91     {
  92       af.setVisible(false);
  93       af.dispose();
  94     }
  95   }
  96
  97   @Test(groups = { "Functional" })
  98   public void testJPredStructOneSeqOnly()
  99   {
 100     af.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);
 101     af.getViewport()
 102             .getSelectionGroup()
 103             .addOrRemove(
 104                     af.getViewport().getSelectionGroup().getSequenceAt(0),
 105                     false);
 106     af.hideSelSequences_actionPerformed(null);
 107     jpredClient = new JPred301Client(jpredws, af, null, null);
 108
 109     assertTrue(
 110             "Didn't find any default args to check for. Buggy implementation of hardwired arguments in client.",
 111             jpredClient.selectDefaultArgs().size() > 0);
 112
 113     boolean success = false;
 114     af.getViewport().getCalcManager().startWorker(jpredClient);
 115     do
 116     {
 117       try
 118       {
 119         Thread.sleep(500);
 120         List<Argument> args = JabaParamStore.getJabafromJwsArgs(af
 121                 .getViewport()
 122                 .getCalcIdSettingsFor(jpredClient.getCalcId())
 123                 .getArgumentSet()), defargs = jpredClient
 124                 .selectDefaultArgs();
 125         for (Argument rg : args)
 126         {
 127           for (Argument defg : defargs)
 128           {
 129             if (defg.equals(rg))
 130             {
 131               success = true;
 132             }
 133           }
 134         }
 135         if (!success)
 136         {
 137           jpredClient.cancelCurrentJob();
 138           Assert.fail("Jpred Client didn't run with hardwired default parameters.");
 139         }
 140
 141       } catch (InterruptedException x)
 142       {
 143       }
 144       ;
 145     } while (af.getViewport().getCalcManager().isWorking());
 146
 147   }
 148
 149   @Test(groups = { "Functional" })
 150   public void testJPredStructExport()
 151   {
 152
 153     jpredClient = new JPred301Client(jpredws, af, null, null);
 154
 155     af.getViewport().getCalcManager().startWorker(jpredClient);
 156
 157     do
 158     {
 159       try
 160       {
 161         Thread.sleep(50);
 162       } catch (InterruptedException x)
 163       {
 164       }
 165       ;
 166     } while (af.getViewport().getCalcManager().isWorking());
 167
 168     AlignmentI orig_alig = af.getViewport().getAlignment();
 169
 170     testAnnotationFileIO("Testing JPredWS Annotation IO", orig_alig);
 171
 172   }
 173
 174   public static void testAnnotationFileIO(String testname, AlignmentI al)
 175   {
 176     try
 177     {
 178       // what format would be appropriate for RNAalifold annotations?
 179       String aligfileout = new FormatAdapter().formatSequences("PFAM",
 180               al.getSequencesArray());
 181
 182       String anfileout = new AnnotationFile()
 183               .printAnnotationsForAlignment(al);
 184       assertTrue(
 185               "Test "
 186                       + testname
 187                       + "\nAlignment annotation file was not regenerated. Null string",
 188               anfileout != null);
 189       assertTrue(
 190               "Test "
 191                       + testname
 192                       + "\nAlignment annotation file was not regenerated. Empty string",
 193               anfileout.length() > "JALVIEW_ANNOTATION".length());
 194
 195       System.out.println("Output annotation file:\n" + anfileout
 196               + "\n<<EOF\n");
 197
 198       // again what format would be appropriate?
 199       AlignmentI al_new = new FormatAdapter().readFile(aligfileout,
 200               FormatAdapter.PASTE, "PFAM");
 201       assertTrue(
 202               "Test "
 203                       + testname
 204                       + "\nregenerated annotation file did not annotate alignment.",
 205               new AnnotationFile().readAnnotationFile(al_new, anfileout,
 206                       FormatAdapter.PASTE));
 207
 208       // test for consistency in io
 209       StockholmFileTest.testAlignmentEquivalence(al, al_new, false);
 210       return;
 211     } catch (Exception e)
 212     {
 213       e.printStackTrace();
 214     }
 215     Assert.fail("Test "
 216             + testname
 217             + "\nCouldn't complete Annotation file roundtrip input/output/input test.");
 218   }
 219
 220   @Test(groups = { "Functional" })
 221   public void testJpredwsSettingsRecovery()
 222   {
 223     Assert.fail("not implemnented");
 224     List<compbio.metadata.Argument> opts = new ArrayList<compbio.metadata.Argument>();
 225     for (compbio.metadata.Argument rg : (List<compbio.metadata.Argument>) jpredws
 226             .getRunnerConfig().getArguments())
 227     {
 228       if (rg.getDescription().contains("emperature"))
 229       {
 230         try
 231         {
 232           rg.setValue("292");
 233         } catch (WrongParameterException q)
 234         {
 235           Assert.fail("Couldn't set the temperature parameter "
 236                   + q.getStackTrace());
 237         }
 238         opts.add(rg);
 239       }
 240       if (rg.getDescription().contains("max"))
 241       {
 242         opts.add(rg);
 243       }
 244     }
 245     jpredClient = new JPred301Client(jpredws, af, null, opts);
 246
 247     af.getViewport().getCalcManager().startWorker(jpredClient);
 248
 249     do
 250     {
 251       try
 252       {
 253         Thread.sleep(50);
 254       } catch (InterruptedException x)
 255       {
 256       }
 257       ;
 258     } while (af.getViewport().getCalcManager().isWorking());
 259     AutoCalcSetting oldacs = af.getViewport().getCalcIdSettingsFor(
 260             jpredClient.getCalcId());
 261     String oldsettings = oldacs.getWsParamFile();
 262     // write out parameters
 263     jalview.gui.AlignFrame nalf = null;
 264     assertTrue("Couldn't write out the Jar file",
 265             new Jalview2XML(false).saveAlignment(af,
 266                     "testJPredWS_param.jar", "trial parameter writeout"));
 267     assertTrue("Couldn't read back the Jar file", (nalf = new Jalview2XML(
 268             false).loadJalviewAlign("testJpredWS_param.jar")) != null);
 269     if (nalf != null)
 270     {
 271       AutoCalcSetting acs = af.getViewport().getCalcIdSettingsFor(
 272               jpredClient.getCalcId());
 273       assertTrue("Calc ID settings not recovered from viewport stash",
 274               acs.equals(oldacs));
 275       assertTrue(
 276               "Serialised Calc ID settings not identical to those recovered from viewport stash",
 277               acs.getWsParamFile().equals(oldsettings));
 278       JMenu nmenu = new JMenu();
 279       new SequenceAnnotationWSClient()
 280               .attachWSMenuEntry(nmenu, jpredws, af);
 281       assertTrue("Couldn't get menu entry for service",
 282               nmenu.getItemCount() > 0);
 283       for (Component itm : nmenu.getMenuComponents())
 284       {
 285         if (itm instanceof JMenuItem)
 286         {
 287           JMenuItem i = (JMenuItem) itm;
 288           if (i.getText().equals(
 289                   jpredws.getAlignAnalysisUI().getAAconToggle()))
 290           {
 291             i.doClick();
 292             break;
 293           }
 294         }
 295       }
 296       while (af.getViewport().isCalcInProgress())
 297       {
 298         try
 299         {
 300           Thread.sleep(200);
 301         } catch (Exception x)
 302         {
 303         }
 304         ;
 305       }
 306       AutoCalcSetting acs2 = af.getViewport().getCalcIdSettingsFor(
 307               jpredClient.getCalcId());
 308       assertTrue(
 309               "Calc ID settings after recalculation has not been recovered.",
 310               acs2.getWsParamFile().equals(oldsettings));
 311     }
 312   }
 313 }